PDB-6y0q: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB in complex with Fe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y0q

タイトル

Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB in complex with Fe, AKG and methylated DNA under anaerobic environment using FT-SSX methods

要素

Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB

キーワード

OXIDOREDUCTASE / iron dependant dioxygenase / DNA repair / 2-oxoglutarate

機能・相同性

機能・相同性情報

response to methyl methanesulfonate / oxidative RNA demethylation / DNA oxidative demethylase / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Rabe, P. / Beale, J.H. / Lang, P.A. / Dirr, A.S. / Leissing, T.M. / Butryn, A. / Aller, P. / Kamps, J.J.A.G. / Axford, D. / McDonough, M.A. ...

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Anaerobic fixed-target serial crystallography.
著者: Rabe, P. / Beale, J.H. / Butryn, A. / Aller, P. / Dirr, A. / Lang, P.A. / Axford, D.N. / Carr, S.B. / Leissing, T.M. / McDonough, M.A. / Davy, B. / Ebrahim, A. / Orlans, J. / Storm, S.L.S. / ...

履歴

登録	2020年2月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	6y0nC 6y0oC 6y12C 6ypvC 4jhtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fdf-d 3t3y-d 3i3q-2 1x8u-3 3i3q-1 3t1d-2 6o5d-3 3khb-1 4jht-d 3pec-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB

ヘテロ分子

25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.399, 39.078, 40.840
Angle α, β, γ (deg.)	78.990, 78.040, 66.880
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB / Alkylated DNA repair protein AlkB / DNA oxidative demethylase AlkB 分子量: 24103.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: alkB, aidD, b2212, JW2200 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P05050, DNA oxidative demethylase
#2: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-O5W / [(3~{S},5~{R})-5-(6-azanyl-1-methyl-purin-9-yl)-2-(phosphonooxymethyl)oxolan-3-yl] [(2~{R},3~{S},5~{R})-5-[5-methyl-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate / [(1~{R},3~{R})-1-(6-azanyl-1-methyl-purin-9-yl)-1-oxidanyl-5-phosphonooxy-pentan-3-yl] [(2~{R},3~{S},5~{R})-5-[5-methyl-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate 分子量: 648.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₃P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode 詳細: 25% w/v PEG 3350, 5% v/v glycerol and 200 mM sodium formate

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データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月26日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→39.7 Å / Num. obs: 20346 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 57.57 % / B_iso Wilson estimate: 18.3878665427 Å² / CC_1/2: 0.977 / R split: 0.178 / Net I/σ(I): 37.21
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 10.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.81 / Num. unique obs: 1028 / CC_1/2: 0.255 / R split: 0.789 / % possible all: 100
Serial crystallography measurement	Collimation: KB mirrors / Source size: 49 µm²
Serial crystallography sample delivery	解説: fixed target / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target	解説: Anaerobic chip / Sample holding: thin film mylar sandwich

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
GDA		データ収集
DIALS	1.8	データ削減
DIALS	1.8	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JHT

4jht

解像度: 1.75→39.66 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	1996	9.849 %
R_work	0.162	-	-
obs	0.165	20267	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1531	0	54	136	1721

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1652
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.715	2265
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	240
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	296
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.509	951

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.79	0.29	139	0.29	1302	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.79-1.84	0.29	137	0.27	1309	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.9	0.31	150	0.24	1298	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.96	0.25	148	0.22	1313	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.03	0.23	144	0.19	1303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.11	0.24	138	0.19	1299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.21	0.21	150	0.17	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.32	0.18	136	0.16	1333	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.47	0.18	145	0.17	1267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.66	0.19	143	0.17	1320	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.92	0.19	137	0.16	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.35	0.18	144	0.14	1301	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-4.22	0.15	141	0.12	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-39.65	0.15	144	0.13	1307	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.58198148182	-0.0978750943736	-1.14389951486	3.98229581043	0.705055688754	6.89807824685	0.0436475420791	0.161349275151	0.390002303416	-0.191313048108	0.20172255928	0.133963285207	-0.608825659369	-0.51290616545	-0.0216537693189	0.203498359833	0.00290348330547	-0.00709133151452	0.147548878925	0.0155665428982	0.200398078566	0.920811546184	14.3369864947	-0.633387131579
2	1.60652407684	0.166666509982	0.113146136227	2.31008262263	0.253900889094	1.24531986268	-0.0379748809811	0.0513510553832	-0.140385735193	-0.24082921513	-0.0321566415148	-0.106821051673	0.0861629337404	0.029462987402	0.0324611336176	0.163864775698	0.00840629371032	-0.014101330668	0.139358384607	-0.00877394045674	0.147582673557	0.60494534183	-6.65934304404	-6.76422231883
3	2.36078539372	0.0424018989435	0.111780107604	1.74619333655	0.277125637793	2.06387069295	-0.103768207568	-0.264740141346	-0.76186306083	0.27331409977	0.00101220805589	0.0867030484481	0.330563322054	-0.270998735082	0.0363526125696	0.20561342109	-0.0221572276071	-0.00139797139261	0.186532915832	0.0493984979916	0.244846425631	2.48012396543	-12.2508858696	6.21839667022
4	1.26864178779	1.62893102475	-1.14248780377	5.35752164029	-2.08375356012	1.71005723291	-0.0430556901438	0.101095667498	-0.0950223105386	-0.128266503929	0.0209332129239	-0.0387367779995	0.0485558077113	-0.030664193036	0.0557565601876	0.134658476113	0.025573936146	0.0183747511176	0.156159321053	-0.0217076028324	0.23121867395	8.87044572775	-14.085944955	-2.83050121209
5	0.872628861126	-0.931574346014	0.000727853272878	7.36760581185	4.79504987108	4.0773939339	0.0703282735859	0.0703708289876	0.293730435743	-0.341513300551	0.166744299144	-0.733149988985	-0.290547035719	-0.0287547793003	-0.164817545835	0.143719474984	-0.0260481109853	0.033702785218	0.168403651587	0.00772619755411	0.233595313898	12.4914726407	7.21230445391	-3.23806698376
6	1.84330213232	-0.0321043512728	0.304586691954	1.51189285196	0.177657160217	1.53233854648	0.029841586547	-0.12613525334	-0.0499354344942	0.114624358653	0.0296577687382	-0.0991769911986	0.0631528692478	0.0825010655085	-0.0431532970767	0.157701346601	-0.00408878464077	-0.00801446671703	0.139394983641	0.00837641849935	0.133487099508	1.51030200777	-0.119988369463	4.4320207527
7	1.69943657381	-0.216059719654	0.481359115093	1.05606770427	0.205967449916	1.2726162434	-0.0622293337477	-0.214591271877	0.0105688082685	0.0699695744598	0.0328876047208	0.0387899532003	-0.0623895651144	-0.183367098967	0.0125505548472	0.170355758868	0.0177446836199	0.000428596111631	0.166163087609	0.00434447516106	0.157923211885	-6.09203275574	7.79368635028	1.4733829212
8	3.95832902168	0.863861508556	1.36698974014	1.843475413	-0.103301794541	1.3866072161	0.0206983868236	-0.530883553843	0.183025195153	0.128829558099	-0.0848753066444	-0.0155953653802	0.0747698081587	-0.13293173887	0.011304649507	0.145937566994	0.00156250792103	-0.00188284974656	0.188076008071	-0.00924740319076	0.189327958232	-4.39546592364	5.12322227538	9.71597933949
9	2.04294046851	0.34769408555	-0.615795701266	0.68577302333	-0.557883087397	2.03355343718	-0.0601599151285	0.177321133255	0.0767692670916	-0.197404004085	0.095612099966	0.117025781759	0.122386040359	-0.0864265289563	-0.0307586244804	0.181735649463	-0.0128243535928	-0.0114288868481	0.153834927255	0.00295349585792	0.125311224973	-8.75596231443	2.72577875383	-14.3116138731
10	3.74289397686	-0.174450955123	1.06600718124	4.10052344573	-0.321252021974	5.15953875831	-0.00865824399244	-0.258540223924	0.0189255776998	0.212794297755	0.0178383485642	-0.227320498534	-0.0135861499555	0.17899215341	0.0366159525987	0.129334911532	0.00174166127314	0.000188778938964	0.122476397675	-0.0126340991665	0.140796081732	3.92428332999	-0.688576783091	-0.270855581063

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 65 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 79 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 80 through 93 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 94 through 107 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 108 through 142 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 143 through 179 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 180 through 189 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 190 through 202 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 203 through 215 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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