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- PDB-6y09: Crystal structure of Atg16L in complex with GTP-bound Rab33B (Q92L) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y09
タイトルCrystal structure of Atg16L in complex with GTP-bound Rab33B (Q92L)
要素
  • Autophagy-related protein 16-1
  • Ras-related protein Rab-33B
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ATG16L / autophagy / autophagosome formation / Rab33B
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of constitutive secretory pathway / regulation of retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to ER / Atg12-Atg5-Atg16 complex / Macroautophagy / negative regulation of dendrite extension / vacuole-isolation membrane contact site / regulation of Golgi organization / Rab protein signal transduction / microautophagy / dendrite arborization ...negative regulation of constitutive secretory pathway / regulation of retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to ER / Atg12-Atg5-Atg16 complex / Macroautophagy / negative regulation of dendrite extension / vacuole-isolation membrane contact site / regulation of Golgi organization / Rab protein signal transduction / microautophagy / dendrite arborization / Intra-Golgi traffic / protein localization to Golgi apparatus / regulation of exocytosis / xenophagy / corpus callosum development / protein localization to phagophore assembly site / intra-Golgi vesicle-mediated transport / phagophore assembly site membrane / RAB geranylgeranylation / negative stranded viral RNA replication / endolysosome membrane / TBC/RABGAPs / skeletal system morphogenesis / axonal transport / autophagosome membrane / axoneme / autophagosome assembly / protein-membrane adaptor activity / positive regulation of autophagy / sperm midpiece / autophagosome / hippocampus development / macroautophagy / Golgi lumen / protein transport / presynapse / GTPase binding / defense response to virus / endosome / axon / Golgi membrane / GTPase activity / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rab33A/B / Autophagy-related protein 16 / Autophagy-related protein 16 domain / Autophagy protein 16 (ATG16) / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family ...Rab33A/B / Autophagy-related protein 16 / Autophagy-related protein 16 domain / Autophagy protein 16 (ATG16) / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Autophagy-related protein 16-1 / Ras-related protein Rab-33B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pantoom, S. / Wu, Y.W.
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2021
タイトル: RAB33B recruits the ATG16L1 complex to the phagophore via a noncanonical RAB binding protein.
著者: Pantoom, S. / Konstantinidis, G. / Voss, S. / Han, H. / Hofnagel, O. / Li, Z. / Wu, Y.W.
履歴
登録2020年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-33B
C: Autophagy-related protein 16-1
B: Ras-related protein Rab-33B
D: Autophagy-related protein 16-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,53923
ポリマ－72,9854
非ポリマー2,55419
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11440 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area29190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.950, 132.420, 155.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-33B


分子量: 21960.377 Da / 分子数: 2 / 変異: Q92L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB33B / プラスミド: pOPIN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H082
#2: タンパク質 Autophagy-related protein 16-1 / APG16-like 1


分子量: 14532.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Atg16l1, Apg16l / プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C0J2

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非ポリマー , 6種, 233分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.31 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 14% PEG3350, 0.2 M Potassium thiocyanate and 0.1 M Sodium potassium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97714 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97714 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.17 Å / Num. obs: 46731 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 40.26 Å2 / CC1/2: 0.871 / Net I/σ(I): 17.05
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique obs: 4618 / CC1/2: 0.871 / % possible all: 99.87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q8T and 1Z06

3q8t

1z06


解像度: 2.4→48.168 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2311 2330 5 %
Rwork0.1918 --
obs0.1937 46611 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 173.48 Å2 / Biso mean: 64.2674 Å2 / Biso min: 19.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→48.168 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4258 0 157 214 4629
Biso mean--66.77 53.93 -
残基数----523
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.50080.03360.22653.54490.76364.88810.0802-0.3061-0.43450.33990.0771-0.32890.29280.351-0.13510.2706-0.0183-0.05190.2251-0.01620.362515.6816180.612543.3638
27.04661.0760.22534.2746-0.47537.2036-0.0903-0.4096-0.60040.40660.0607-0.51560.2930.18630.0440.30840.0525-0.06120.21830.03880.431217.7626177.371345.6177
32.5390.4076-0.64241.7741-0.43451.5774-0.08960.0284-0.0463-0.08850.08180.11480.0697-0.0854-0.0010.26790.0164-0.00470.2933-0.03990.315811.8455188.823735.5285
49.91876.2731-6.32643.9958-4.03444.04190.3059-0.73940.4421.0721-0.3732-0.1283-0.4831-0.12530.12510.4909-0.0001-0.01070.5173-0.05320.343614.3709189.482151.593
52.95451.8488-2.94892.0929-0.79426.954-0.7339-0.3930.12530.02110.4604-0.43510.71210.19780.39191.24380.31940.12831.00810.07370.972620.2029165.0014-22.7504
63.4638-2.0746-4.21525.84264.27163.8819-0.4156-0.1937-0.41350.3174-0.42680.62280.6169-0.05610.73510.3566-0.0499-0.01110.37910.01540.57115.9272167.089638.8617
75.65320.4607-0.20065.379-0.11455.2686-0.1336-0.45810.52710.3190.16150.2629-0.52-0.0637-0.01470.28630.01460.02960.2458-0.040.384811.6388145.878543.8811
88.23721.63983.18438.770.84636.0109-0.17560.40610.7309-0.3579-0.103-0.6833-0.380.26150.39490.3702-0.02920.04070.30020.04730.545822.8882149.731631.9717
93.0271-0.27650.15072.0811-0.31422.151-0.0247-0.06320.0776-0.09670.0157-0.06190.0406-0.00330.00650.20920.0074-0.00660.24530.03530.261415.3844133.302235.1704
104.66282.10284.47319.04941.37444.4175-0.1692-0.8764-0.16310.9427-0.0106-0.09880.2494-0.07460.04690.3622-0.01190.04320.5554-0.00850.299514.0312135.32450.7184
118.75172.3634-3.64123.4864-3.46793.67260.15360.43120.3597-0.2420.0288-0.30730.3265-0.4091-0.25941.36560.16040.16960.6745-0.17271.53740.175162.4034-39.4437
120.4634-0.11621.13630.0333-0.40063.1923-0.1548-0.6998-0.20180.0817-0.0226-0.17930.649-0.79530.05921.44220.14010.23841.09140.10980.86527.2212170.6665-25.7792
131.6466-1.74710.51443.6693-1.9414.2912-0.05460.01580.3902-0.0058-0.3809-0.5939-0.81570.22790.46570.4405-0.10110.01690.4057-0.07770.580321.4334159.608431.5093
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 55 )A30 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 56 through 89 )A56 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 90 through 187 )A90 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 188 through 202 )A188 - 202
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 140 through 173 )C140 - 173
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 174 through 225 )C174 - 225
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 30 through 89 )B30 - 89
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 90 through 104 )B90 - 104
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 105 through 187 )B105 - 187
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 188 through 202 )B188 - 202
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 140 through 144 )D140 - 144
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 145 through 163 )D145 - 163
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 164 through 225 )D164 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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