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万見
- PDB-6xz6: Structure of the trypanosome brucei factor H receptor bound to do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xz6
タイトルStructure of the trypanosome brucei factor H receptor bound to domain D5 of bovine factor H
要素
  • Complement factor H
  • GARP domain-containing protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Trypanosome brucei / immunity / complement system / factor H / factor H receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C3b binding / complement activation / complement activation, alternative pathway / post-transcriptional regulation of gene expression / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Trypanosoma glutamic acid/alanine-rich protein / Glutamic acid/alanine-rich protein of Trypanosoma / : / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement factor H / Trypanosoma glutamic acid/alanine-rich protein domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Macleod, O.J.S. / Carrington, M. / Higgins, M.K.
資金援助1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/P001424/1
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: A receptor for the complement regulator factor H increases transmission of trypanosomes to tsetse flies.
著者: Macleod, O.J.S. / Bart, J.M. / MacGregor, P. / Peacock, L. / Savill, N.J. / Hester, S. / Ravel, S. / Sunter, J.D. / Trevor, C. / Rust, S. / Vaughan, T.J. / Minter, R. / Mohammed, S. / Gibson, ...著者: Macleod, O.J.S. / Bart, J.M. / MacGregor, P. / Peacock, L. / Savill, N.J. / Hester, S. / Ravel, S. / Sunter, J.D. / Trevor, C. / Rust, S. / Vaughan, T.J. / Minter, R. / Mohammed, S. / Gibson, W. / Taylor, M.C. / Higgins, M.K. / Carrington, M.
履歴
登録2020年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GARP domain-containing protein
B: Complement factor H
C: GARP domain-containing protein
D: Complement factor H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5724
ポリマ－63,5724
非ポリマー00
水3,333185
1
A: GARP domain-containing protein
B: Complement factor H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7862
ポリマ－31,7862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area14630 Å2
手法PISA
2
C: GARP domain-containing protein
D: Complement factor H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7862
ポリマ－31,7862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area14680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.505, 66.056, 71.018
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.440, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 GARP domain-containing protein


分子量: 24771.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb927.5.4020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57Z47
#2: タンパク質 Complement factor H / H factor 1


分子量: 7015.022 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CFH, HF1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q28085
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M ammonium acetate, 17 % (w/v) polyethylene glycol 10,000, 0.1 M Bis-(2-hydroxyethyl)imino-tris(hydroxymethyl)methane, pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→27.77 Å / Num. obs: 20315 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 1049 / CC1/2: 0.74

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E4O

4e4o


解像度: 2.7→27.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU R Cruickshank DPI: 0.645 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.668 / SU Rfree Blow DPI: 0.309 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.312
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1049 5.16 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.195 20315 98.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 170.83 Å2 / Biso mean: 43.81 Å2 / Biso min: 5.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.3289 Å20 Å2-8.0828 Å2
2--1.8028 Å20 Å2
3---4.5261 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→27.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4186 0 0 185 4371
Biso mean---37.26 -
残基数----544
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1540SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes754HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4244HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion556SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4746SEMIHARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4244HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5718HARMONIC21.14
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.78
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.72 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3377 25 6.14 %
Rwork0.2298 382 -
all0.2357 407 -
obs--98.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5990.65640.3510.01510.51740.43630.1707-0.18130.28280.092-0.11580.13630.2222-0.0043-0.0550.0064-0.01930.051-0.10330.02030.0095-16.7647-4.3778-0.6545
20.7430.64060.53292.0166-0.1132.426-0.01330.31280.0216-0.0358-0.09150.0526-0.1422-0.24460.1049-0.01620.0015-0.0119-0.04850.0454-0.0644-37.4309-12.3249-31.7654
3-0.0222-0.23030.12051.2199-0.64150.5688-0.0998-0.03490.0514-0.26420.0304-0.21420.1784-0.10320.06940.05020.02580.1015-0.13210.062-0.0166-23.8432-1.287512.7342
41.2480.1858-0.28760.33030.3581.605-0.0708-0.1430.1270.00440.0344-0.03940.22480.41050.03640.0440.09220.0561-0.05950.1134-0.0982-19.5979-25.031142.1148
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A25 - 237
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B264 - 322
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C25 - 237
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D264 - 322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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