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- PDB-6xxo: Crystal structure of NB8, a nanobody targeting prostate specific ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xxo
タイトルCrystal structure of NB8, a nanobody targeting prostate specific membrane antigen
要素NB_8
キーワードANTITUMOR PROTEIN / Nanobody / prostate-specific membrane antigen / antibody drug conjugate / cancer imaging / anti-cancer drugs.
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Shahar, A. / Rosenfeld, L. / Papo, N.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)336041 イスラエル
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Nanobodies Targeting Prostate-Specific Membrane Antigen for the Imaging and Therapy of Prostate Cancer.
著者: Rosenfeld, L. / Sananes, A. / Zur, Y. / Cohen, S. / Dhara, K. / Gelkop, S. / Ben Zeev, E. / Shahar, A. / Lobel, L. / Akabayov, B. / Arbely, E. / Papo, N.
履歴
登録2020年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NB_8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7141
ポリマ－15,7141
非ポリマー00
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.945, 68.857, 75.647
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-365-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NB_8


分子量: 15714.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M tri-Na Citrate pH 3.5, 3M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→28.52 Å / Num. obs: 23283 / % possible obs: 97.94 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0278 / Net I/σ(I): 28.37
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Num. unique obs: 3733 / CC1/2: 0.988 / Rrim(I) all: 0.117

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M7Q

5m7q


解像度: 1.5→28.52 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1832 1107 4.76 %
Rwork0.1623 --
obs0.1634 23276 97.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→28.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数963 0 0 167 1130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071103
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9431525
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.7611040
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06164
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006201
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5004-1.56870.2131310.16862754X-RAY DIFFRACTION99
1.5687-1.65141342787X-RAY DIFFRACTION99
1.6514-1.75480.17881450.1592760X-RAY DIFFRACTION99
1.7548-1.89030.2031340.15452789X-RAY DIFFRACTION99
1.8903-2.08050.20291250.15562777X-RAY DIFFRACTION99
2.0805-2.38140.17871430.15752701X-RAY DIFFRACTION96
2.3814-2.99980.19121470.17972743X-RAY DIFFRACTION97
2.9998-3.180.16961480.15852858X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.514-0.70420.42344.49052.92772.46670.07750.0910.1651-0.15010.1377-0.4453-0.31850.4703-0.30760.1297-0.0649-0.01660.1411-0.00530.1647-6.2741-17.56555.7964
22.99722.2230.63323.89561.80464.3839-0.24030.17680.0244-0.35760.1943-0.054-0.00720.3008-0.01140.11570.00370.02320.12410.00630.0854-7.0582-27.6585-14.7663
31.96390.0693-0.24876.41444.53583.75240.0469-0.1407-0.02560.0757-0.1002-0.07280.0213-0.04740.07030.0544-0.0091-0.00390.05970.0120.0623-8.78-25.30681.8468
40.842-0.68760.41641.26990.41512.66760.0316-0.02440.09580.04350.0321-0.1048-0.06950.1023-0.04460.0875-0.02250.00320.0705-0.01520.0759-16.3294-19.20885.598
51.08490.9286-1.30961.7785-1.60211.82350.21240.28090.3561-0.01250.14360.0608-0.3949-0.26680.32510.18920.04130.06590.11280.04850.129-19.7375-17.2257-6.3264
63.50050.24870.70372.81251.00240.46640.15180.3361-0.2162-0.2882-0.00350.11730.5986-0.10940.12320.1979-0.0137-0.02030.1569-0.01990.1356-23.9022-28.1621-2.1092
71.76370.0666-0.11872.12810.2653.4476-0.00630.04110.03920.0055-0.0449-0.0869-0.06270.04890.05530.04120.0003-0.00870.01620.00680.0441-12.9848-29.2972.3171
80.5306-0.167-1.0750.55190.40473.96830.080.00660.0657-0.10790.023-0.0633-0.1971-0.0226-0.05090.0825-0.00080.00410.06750.01610.0688-14.902-22.1693-8.6655
92.6980.78611.17133.382-0.20946.88460.0382-0.20120.16650.2569-0.02530.13390.113-0.334-0.02640.05610.01560.00470.1079-0.02650.0706-24.9884-19.39478.6325
101.7292-0.4442-0.73110.98570.30453.8592-0.0551-0.05620.1414-0.07310.04640.0491-0.13740.23250.06320.0994-0.03360.00170.02830.01010.0755-13.1354-17.2478-6.1592
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 7 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 8 through 17 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 18 through 25 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 26 through 39 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 40 through 52 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 53 through 67 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 68 through 83 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 84 through 99 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 100 through 107 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 108 through 127 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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