[日本語] English
万見
- PDB-5vnv: Crystal structure of Nb.b201 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vnv
タイトルCrystal structure of Nb.b201
要素Nb.b201
キーワードDE NOVO PROTEIN / nanobody / synthetic protein / llama / camelid
機能・相同性FORMIC ACID / :
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Kruse, A.C. / McMahon, C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Smith Family Foundation 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1DP5OD021345 米国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Yeast surface display platform for rapid discovery of conformationally selective nanobodies.
著者: McMahon, C. / Baier, A.S. / Pascolutti, R. / Wegrecki, M. / Zheng, S. / Ong, J.X. / Erlandson, S.C. / Hilger, D. / Rasmussen, S.G.F. / Ring, A.M. / Manglik, A. / Kruse, A.C.
履歴
登録2017年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nb.b201
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2679
ポリマ－13,3501
非ポリマー9178
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.751, 106.751, 52.232
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

1PE

-
要素

#1: 抗体 Nb.b201


分子量: 13349.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: Potassium formate, BIS-TRIS propane pH 9, PEG MME 2000, Sodium chloride, HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→46.9 Å / Num. obs: 29224 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 11.85
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4153 / CC1/2: 0.56 / Rsym value: 0.888 / % possible all: 87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575-0000)精密化
XDSNov 1, 2016データ削減
XDSNov 1, 2016データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IMM

5imm


解像度: 1.4→46.9 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2136 2777 5.03 %
Rwork0.183 --
obs0.1844 29221 96.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→46.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数923 0 39 134 1096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008999
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9941348
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.699361
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089143
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005169
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3983-1.42240.30691050.30371942X-RAY DIFFRACTION72
1.4224-1.44830.31621250.30582335X-RAY DIFFRACTION86
1.4483-1.47620.331370.27912557X-RAY DIFFRACTION96
1.4762-1.50630.25431420.26582696X-RAY DIFFRACTION98
1.5063-1.5390.26621400.25322643X-RAY DIFFRACTION98
1.539-1.57480.31151380.25932657X-RAY DIFFRACTION99
1.5748-1.61420.25881410.24742656X-RAY DIFFRACTION99
1.6142-1.65790.24221450.23212696X-RAY DIFFRACTION98
1.6579-1.70670.21891410.22042678X-RAY DIFFRACTION99
1.7067-1.76180.21531420.18762659X-RAY DIFFRACTION99
1.7618-1.82470.22471410.19212703X-RAY DIFFRACTION99
1.8247-1.89780.24451480.18442682X-RAY DIFFRACTION99
1.8978-1.98420.21941390.16712700X-RAY DIFFRACTION99
1.9842-2.08880.19691410.16132706X-RAY DIFFRACTION99
2.0888-2.21960.17321410.16032706X-RAY DIFFRACTION100
2.2196-2.3910.1841440.17462673X-RAY DIFFRACTION100
2.391-2.63160.21451410.18092700X-RAY DIFFRACTION100
2.6316-3.01230.21081450.1782707X-RAY DIFFRACTION100
3.0123-3.7950.18421380.1612719X-RAY DIFFRACTION100
3.795-46.94340.21321470.16782710X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.12480.00770.10760.03730.04350.1245-0.0870.1953-0.3388-0.5219-0.0115-0.25440.49760.43450.00710.31040.04220.06180.2557-0.04160.232816.3492-14.960110.3239
21.64270.26390.15970.53990.1660.1621-0.1098-0.21940.017-0.1531-0.0675-0.00750.1040.088-0.09910.27510.0009-0.00440.11010.00390.19892.42-25.17623.6146
30.10660.0483-0.05860.23470.11560.0502-0.19390.14120.3071-0.16360.3090.11850.32890.07570.00130.21710.0418-0.00010.2004-0.00380.164612.1907-15.775418.9974
40.20210.2057-0.08590.4551-0.68671.00760.03770.0414-0.0479-0.18450.0166-0.11350.19910.16540.00190.16570.0104-0.00350.1758-0.020.180111.1176-6.666811.9699
50.9955-0.4290.01061.0316-1.38661.38570.06180.02750.0153-0.34050.0480.19850.2462-0.11290.11360.1942-0.014-0.0530.1518-0.0070.16592.0071-8.073914.3029
60.03080.0123-0.17920.6126-0.27160.9870.06920.023-0.0596-0.0073-0.00250.03120.1490.090200.14440.0132-0.01620.1488-0.01180.15976.952-9.807420.8731
70.4143-0.42710.05780.7425-0.02880.3824-0.02280.0571-0.0242-0.27740.01990.15950.3505-0.0682-0.00070.2721-0.0265-0.05920.1587-0.02710.18842.0637-16.890115.4317
80.04720.10750.11680.24090.43650.586-0.03740.1450.0212-0.6740.14290.05620.05060.12180.00010.27830.01880.0050.2092-0.01590.174310.5793-4.71884.3978
90.5068-0.20420.28940.1228-0.05730.1309-0.1809-0.2138-0.423-0.5666-0.09490.19950.3814-0.0417-0.02540.3547-0.01790.01130.1431-0.01140.2730.1722-27.426818.8231
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 7 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 8 through 17 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 18 through 24 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 25 through 39 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 40 through 59 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 60 through 82 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 83 through 98 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 99 through 111 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 112 through 120 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る