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- PDB-1ljm: DNA recognition is mediated by conformational transition and by D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ljm
タイトルDNA recognition is mediated by conformational transition and by DNA bending
要素RUNX1 transcription factor
キーワードTRANSCRIPTION / immunoglobulin fold / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of connective tissue replacement / peripheral nervous system neuron development / positive regulation of granulocyte differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / Organic cation transport / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / myeloid leukocyte differentiation ...regulation of connective tissue replacement / peripheral nervous system neuron development / positive regulation of granulocyte differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / Organic cation transport / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / myeloid leukocyte differentiation / regulation of cardiac muscle cell proliferation / cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / negative regulation of granulocyte differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / positive regulation of extracellular matrix organization / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of plasminogen activation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / myeloid cell differentiation / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / hematopoietic stem cell proliferation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / hemopoiesis / regulation of cell differentiation / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of collagen biosynthetic process / chondrocyte differentiation / positive regulation of interleukin-2 production / ossification / transcription corepressor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / transcription coactivator binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Transcriptional regulation of granulopoiesis / neuron differentiation / positive regulation of angiogenesis / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / Immunoglobulin-like - #720 / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily ...Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / Immunoglobulin-like - #720 / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Runt-related transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bartfeld, D. / Shimon, L. / Couture, G.C. / Rabinovich, D. / Frolow, F. / Levanon, D. / Groner, Y. / Shakked, Z.
引用ジャーナル: Structure
タイトル: DNA Recognition by the RUNX1 Transcription Factor Is Mediated by an Allosteric Transition in the RUNT Domain and by DNA Bending.
著者: Bartfeld, D. / Shimon, L. / Couture, G. / Rabinovich, D. / Frolow, F. / Levanon, D. / Groner, Y. / Shakked, Z.
履歴
登録2002年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RUNX1 transcription factor
B: RUNX1 transcription factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3377
ポリマ－29,1592
非ポリマー1775
水3,621201
1
A: RUNX1 transcription factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6152
ポリマ－14,5801
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RUNX1 transcription factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7215
ポリマ－14,5801
非ポリマー1424
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: RUNX1 transcription factor
B: RUNX1 transcription factor
ヘテロ分子

A: RUNX1 transcription factor
B: RUNX1 transcription factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,67314
ポリマ－58,3194
非ポリマー35510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_455y-1/3,x+1/3,-z+1/31
Buried area5810 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area20950 Å2
手法PISA
4
B: RUNX1 transcription factor
ヘテロ分子

B: RUNX1 transcription factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,44310
ポリマ－29,1592
非ポリマー2848
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_455y-1/3,x+1/3,-z+1/31
Buried area1860 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area11440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.230, 121.230, 186.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3114-

HOH

21B-3112-

HOH

31B-3148-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RUNX1 transcription factor / Runt-related transcription factor 1 / Acute myeloid leukemia 1 protein / Core-binding factor / alpha 2 subunit


分子量: 14579.675 Da / 分子数: 2 / 断片: Runt domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: human / プラスミド: RUNT-PV-8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PHS2 / 参照: UniProt: Q01196
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.76 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ethanol, Sodium Chloride, Tris-HCl, Hepes, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
18-12 mg/mlprotein1drop
26 %ethanol1reservoir
31.4-1.5 M1reservoirNaCl
4100 mMTris1reservoirpH7.5
520 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年1月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→43 Å / Num. all: 17501 / Num. obs: 17379 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 31.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.295 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
Num. all: 17379 / Num. obs: 15686 / Num. measured all: 243124 / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.295

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MTF/ULTIMAモデル構築
CNS精密化
MTF位相決定
ULTIMA位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E50

1e50


解像度: 2.5→43 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 842 -RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.1947 17501 --
obs0.1947 17379 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.29 Å
Luzzati d res low-43 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1759 0 5 201 1965
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
精密化
*PLUS
最低解像度: 43 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.1947 / Rfactor Rfree: 0.249 / Rfactor Rwork: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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