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万見
- PDB-6xwh: Crystal Structure of the Human RXR DNA-Binding Domain Homodimer B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xwh
タイトルCrystal Structure of the Human RXR DNA-Binding Domain Homodimer Bound to the Human Hoxb13 DR0 Response Element
要素
  • Hoxb13 DR0 Response Element, 3'-5' strand
  • Hoxb13 DR0 Response Element, 5'-3' strand
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードTRANSCRIPTION / Protein-DNA complex / Nuclear Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression ...positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / nuclear steroid receptor activity / LBD domain binding / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / response to retinoic acid / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / hormone-mediated signaling pathway / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / peptide binding / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / transcription coregulator binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / Transcriptional regulation of granulopoiesis / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / nervous system development / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Retinoic acid receptor RXR-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者McEwen, A.G. / Poussin-Courmontagne, P. / Peluso-Iltis, C. / Rochel, N.
資金援助 フランス, 5件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-BSV8-023 フランス
Fondation ARCSFI20121205585 フランス
French National Research AgencyFRISBI ANR-10-INBS-05 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-0030-INRT フランス
French National Research AgencyANR-10-IDEX-0002-02 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for DNA recognition and allosteric control of the retinoic acid receptors RAR-RXR.
著者: Osz, J. / McEwen, A.G. / Bourguet, M. / Przybilla, F. / Peluso-Iltis, C. / Poussin-Courmontagne, P. / Mely, Y. / Cianferani, S. / Jeffries, C.M. / Svergun, D.I. / Rochel, N.
履歴
登録2020年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hoxb13 DR0 Response Element, 5'-3' strand
B: Hoxb13 DR0 Response Element, 3'-5' strand
C: Retinoic acid receptor RXR-alpha
D: Retinoic acid receptor RXR-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5858
ポリマ－30,3234
非ポリマー2624
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area13920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.705, 62.522, 53.635
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 Hoxb13 DR0 Response Element, 5'-3' strand


分子量: 4981.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 Hoxb13 DR0 Response Element, 3'-5' strand


分子量: 4816.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1 / Retinoid X receptor alpha


分子量: 10262.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DNA-Binding Domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P19793
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.15 M di-sodium DL-malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→22.22 Å / Num. obs: 15542 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 3.008 % / Biso Wilson estimate: 71.58 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.154 / Net I/σ(I): 9.21 / Num. measured all: 46744
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible allCC1/2
2.1-2.232.05311.0820.0633502755163214.11259.2
2.23-2.382.3682.4610.335048257521323.07482.80.274
2.38-2.572.9921.3160.717313245024441.59599.80.535
2.57-2.823.4120.5591.877551221622130.66399.90.884
2.82-3.153.3850.1755.456803201620100.20999.70.989
3.15-3.633.3330.05414.995890177717670.06599.40.998
3.63-4.443.2840.03725.454945151815060.04599.20.999
4.44-6.263.2480.03231.643800118811700.03898.50.998
6.26-22.223.060.02835.4420446806680.03498.20.997

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.92 Å51.83 Å
Translation3.92 Å51.83 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CN5

4cn5


解像度: 2.1→22.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.349 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.361 / SU Rfree Blow DPI: 0.227 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.226
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 548 4.92 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 11133 64.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 172.83 Å2 / Biso mean: 72.84 Å2 / Biso min: 34.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0277 Å20 Å2-1.4899 Å2
2--10.2189 Å20 Å2
3----7.1912 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→22.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1282 650 4 45 1981
Biso mean--69.7 58.38 -
残基数----190
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d671SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes31HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes227HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2033HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion256SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2042SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2033HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2849HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.87
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 18 6.92 %
Rwork0.23 242 -
all0.231 260 -
obs--6.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.9286-2.6815-1.07584.49870.52137.7023-0.2050.38670.1279-0.14240.3496-0.28480.4530.6655-0.1446-0.27740.018-0.0560.17860.0488-0.260224.3555-12.98663.8667
24.7291-0.25052.14465.7762-1.27897.9723-0.1681-0.51430.45790.3021-0.00710.3025-0.479-0.1840.1751-0.1301-0.0033-0.0741-0.1193-0.0646-0.08334.0045-5.7234-23.9572
30.4653-0.48160.83041.27730.70719.30660.0802-0.34150.05380.02020.0670.01340.6465-0.1704-0.1471-0.1791-0.0795-0.03140.17180.0229-0.176712.6085-13.5597-7.3978
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ C|131 - C|302 }C131 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2{ D|132 - D|302 }D132 - 302
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|1 - A|16 B|1 - B|16 }A1 - 16
4X-RAY DIFFRACTION3{ A|1 - A|16 B|1 - B|16 }B1 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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