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- PDB-6xwg: Crystal Structure of the Human RXR/RAR DNA-Binding Domain Heterod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xwg
タイトルCrystal Structure of the Human RXR/RAR DNA-Binding Domain Heterodimer Bound to the Human RARb2 DR5 Response Element
要素
  • (RARb2 DR5 Response Element, ...) x 2
  • (Retinoic acid receptor ...) x 2
キーワードTRANSCRIPTION / Protein-DNA complex / Nuclear Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / trachea cartilage development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / embryonic camera-type eye development / chondroblast differentiation / glandular epithelial cell development / negative regulation of granulocyte differentiation / protein kinase B binding / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus ...Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / trachea cartilage development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / embryonic camera-type eye development / chondroblast differentiation / glandular epithelial cell development / negative regulation of granulocyte differentiation / protein kinase B binding / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / growth plate cartilage development / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / prostate gland development / negative regulation of cartilage development / positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-13 production / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / positive regulation of interleukin-5 production / nuclear glucocorticoid receptor binding / Carnitine metabolism / ion binding / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / retinoic acid binding / response to vitamin A / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / apoptotic cell clearance / limb development / regulation of myelination / protein kinase A binding / ureteric bud development / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / DNA-binding transcription repressor activity / nuclear steroid receptor activity / heterocyclic compound binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / positive regulation of interleukin-4 production / LBD domain binding / face development / alpha-actinin binding / germ cell development / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of cell cycle / cellular response to retinoic acid / response to retinoic acid / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / negative regulation of miRNA transcription / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / liver development / response to cytokine / neural tube closure / transcription coregulator binding / female pregnancy / hippocampus development / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptide binding / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / regulation of synaptic plasticity / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / multicellular organism growth / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / chromatin DNA binding / mRNA 5'-UTR binding / transcription coactivator binding / histone deacetylase binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Retinoic acid receptor alpha / Retinoic acid receptor RXR-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者McEwen, A.G. / Poussin-Courmontagne, P. / Peluso-Iltis, C. / Rochel, N.
資金援助 フランス, 5件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-BSV8-023 フランス
Fondation ARCSFI20121205585 フランス
French National Research AgencyFRISBI ANR-10-INBS-05 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-0030-INRT フランス
French National Research AgencyANR-10-IDEX-0002-02 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for DNA recognition and allosteric control of the retinoic acid receptors RAR-RXR.
著者: Osz, J. / McEwen, A.G. / Bourguet, M. / Przybilla, F. / Peluso-Iltis, C. / Poussin-Courmontagne, P. / Mely, Y. / Cianferani, S. / Jeffries, C.M. / Svergun, D.I. / Rochel, N.
履歴
登録2020年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RARb2 DR5 Response Element, 5'-3' strand
B: RARb2 DR5 Response Element, 3'-5' strand
C: Retinoic acid receptor RXR-alpha
D: Retinoic acid receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,17110
ポリマ－33,7824
非ポリマー3896
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area15760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.714, 56.714, 238.364
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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RARb2 DR5 Response Element, ... , 2種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 RARb2 DR5 Response Element, 5'-3' strand


分子量: 6447.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 RARb2 DR5 Response Element, 3'-5' strand


分子量: 6438.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
Retinoic acid receptor ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1 / Retinoid X receptor alpha


分子量: 10262.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DNA-Binding Domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P19793
#4: タンパク質 Retinoic acid receptor alpha / RAR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group B member 1


分子量: 10633.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DNA-Binding Domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RARA, NR1B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10276

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非ポリマー , 4種, 42分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M bis-tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.006 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.006 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→26.51 Å / Num. obs: 16005 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.756 % / Biso Wilson estimate: 81.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 1.388 / Net I/σ(I): 9.77 / Num. measured all: 156137
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.558.8145.9550.2921753252424680.26.29497.8
2.55-2.729.2732.7620.6421847239323560.2982.91798.5
2.72-2.949.8911.421.3121750221821990.6021.599.1
2.94-3.229.5180.5573.4319759208020760.9640.59199.8
3.22-3.610.3850.2169.6419535188618810.9910.22999.7
3.6-4.1510.1980.1416.6917113167916780.9940.14999.9
4.15-5.0810.4870.124.5215406146914690.9960.105100
5.08-7.1610.1650.07729.9911771115911580.9970.08199.9
7.16-26.5110.0040.04937.9172037207200.9990.052100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CN5

4cn5


解像度: 2.4→26.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.397 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.486 / SU Rfree Blow DPI: 0.238 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.228
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 543 4.45 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.192 12203 75.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 197.39 Å2 / Biso mean: 83.26 Å2 / Biso min: 34.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7256 Å20 Å20 Å2
2---1.7256 Å20 Å2
3---3.4512 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→26.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1295 855 11 36 2197
Biso mean--78.55 59.32 -
残基数----201
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d715SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes30HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes237HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2278HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion286SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2255SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2278HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3224HARMONIC20.98
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.96
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.63 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 37 4.52 %
Rwork0.215 781 -
all0.217 818 -
obs--21.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2718-0.7474-0.53266.2332-1.52626.7539-0.0762-0.228-0.17640.1690.1103-0.0161-0.20850.0196-0.0341-0.04130.152-0.0872-0.02240.0372-0.159114.1964-22.1246-17.5576
28.31550.6765-0.73626.26211.48295.6766-0.11480.1161-0.0425-0.1096-0.10890.54420.1654-0.26180.2237-0.15150.0085-0.0513-0.17460.03360.0924-8.3268-0.3352-31.2499
33.9483-2.14281.17836.0475-2.91044.7873-0.1607-0.54420.14280.5442-0.10220.3519-0.04830.48930.2629-0.18650.152-0.147-0.10430.0847-0.16543.0336-6.8335-11.1681
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ C|132 - C|302 }C132 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2{ D|82 - D|302 }D82 - 302
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|1 - A|51 B|1 - B|21 }A1 - 51
4X-RAY DIFFRACTION3{ A|1 - A|51 B|1 - B|21 }B1 - 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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