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万見
- PDB-6xv2: Full structure of RYMV P1 protein, derived from crystallographic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xv2
タイトルFull structure of RYMV P1 protein, derived from crystallographic and NMR data.
要素p1
キーワードVIRAL PROTEIN / putative RNA binding protein / silencing suppressor
機能・相同性metal ion binding / p1
機能・相同性情報
生物種Rice yellow mottle virus (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Poignavent, V. / Hoh, F. / Vignols, F. / Demene, H. / Yang, Y. / Gillet, F.X.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-INBS-05 フランス
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: A Flexible and Original Architecture of Two Unrelated Zinc Fingers Underlies the Role of the Multitask P1 in RYMV Spread.
著者: Poignavent, V. / Hoh, F. / Terral, G. / Yang, Y. / Gillet, F.X. / Kim, J.H. / Allemand, F. / Lacombe, E. / Brugidou, C. / Cianferani, S. / Demene, H. / Vignols, F.
履歴
登録2020年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0823
ポリマ－17,9511
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10630 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / 30structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 p1


分子量: 17951.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rice yellow mottle virus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q709H6
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 1H-15N NOESY
133isotropic13D CBCA(CO)NH
143isotropic13D HNCA
153isotropic13D HNCO
163isotropic13D HN(CA)CB
173isotropic13D (H)CCH-TOCSY
182anisotropic22D TROSY
191anisotropic22D HSQC IPAP

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1300 uM [U-99% 15N] RYMV P1, 100 mM None NaCl, 1 mM None DTT, 60 mM None Na2SO4, 25 mM None TRIS, 90% H2O/10% D2O15N90% H2O/10% D2O
filamentous virus2500 uM 15N RYMV P1, 7 mg/mL None Pf1 phage, 200 mM None NaCl, 25 mM None TRIS, 1 mM None DTT, 90% H2O/10% D2O15N aligned90% H2O/10% D2O
solution3200 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] RYMV P1, 100 mM None sodium chloride, 25 mM None TRIS, 1 mM None DTT, 60 mM None Na2SO4, 95% H2O/5% D2O15N,13C95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMRYMV P1[U-99% 15N]1
100 mMNaClNone1
1 mMDTTNone1
60 mMNa2SO4None1
25 mMTRISNone1
500 uMRYMV P115N2
7 mg/mLPf1 phageNone2
200 mMNaClNone2
25 mMTRISNone2
1 mMDTTNone2
200 uMRYMV P1[U-99% 13C; U-99% 15N]3
100 mMsodium chlorideNone3
25 mMTRISNone3
1 mMDTTNone3
60 mMNa2SO4None3
試料状態イオン強度: 220 mM / Ionic strength err: 10 / Label: 15N / pH: 8 / PH err: 0.01 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001Cryprobe 15N, 13C, 1H
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002Cryprobe 15N, 13C, 1H

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
GifaDelsuc解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5 / 詳細: rigid body
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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