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- PDB-6xuq: Human Ecto-5'-nucleotidase (CD73) in complex with A1618 (compound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xuq
タイトルHuman Ecto-5'-nucleotidase (CD73) in complex with A1618 (compound 1b in publication) in the closed state in crystal form III
要素5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE / non-nucleotide inhibitor / Arcus Biosciences
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process ...thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process / : / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / Nicotinate metabolism / Purine catabolism / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / leukocyte cell-cell adhesion / DNA metabolic process / response to ATP / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / ATP metabolic process / calcium ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / cell surface / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases ...5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O1T / 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.97 Å
Model detailsThe compound is a competitive non-nucleotide inhibitor binding to the active site
データ登録者Strater, N.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Potent and Selective Non-Nucleotide Small Molecule Inhibitors of CD73.
著者: Beatty, J.W. / Lindsey, E.A. / Thomas-Tran, R. / Debien, L. / Mandal, D. / Jeffrey, J.L. / Tran, A.T. / Fournier, J. / Jacob, S.D. / Yan, X. / Drew, S.L. / Ginn, E. / Chen, A. / Pham, A.T. / ...著者: Beatty, J.W. / Lindsey, E.A. / Thomas-Tran, R. / Debien, L. / Mandal, D. / Jeffrey, J.L. / Tran, A.T. / Fournier, J. / Jacob, S.D. / Yan, X. / Drew, S.L. / Ginn, E. / Chen, A. / Pham, A.T. / Zhao, S. / Jin, L. / Young, S.W. / Walker, N.P. / Leleti, M.R. / Moschutz, S. / Strater, N. / Powers, J.P. / Lawson, K.V.
履歴
登録2020年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月22日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4535
ポリマ－61,7011
非ポリマー7524
水3,927218
1
A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,90610
ポリマ－123,4022
非ポリマー1,5038
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)53.090, 93.850, 235.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 5'-nucleotidase / 5'-NT / Ecto-5'-nucleotidase


分子量: 61701.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CD73 construct 8.0 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5E, NT5, NTE / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21589, 5'-nucleotidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-O1T / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-chloranyl-4-[[(1~{S})-1-(4-fluorophenyl)ethyl]amino]pyrazolo[3,4-b]pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]methylphosphonic acid


分子量: 580.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24ClFN4O9P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Reservoir: 7.5 % PEG 6.000, 0.1 M MES pH 6.2. Drop: 1 micro-L crystallization buffer + 1 micro-L of 3 mg/mL CD73 in 10 mM Tris pH 8.0, 10 micro-M ZnCl2 and 1 mM of compound. Cryo: 20% PEG200 ...詳細: Reservoir: 7.5 % PEG 6.000, 0.1 M MES pH 6.2. Drop: 1 micro-L crystallization buffer + 1 micro-L of 3 mg/mL CD73 in 10 mM Tris pH 8.0, 10 micro-M ZnCl2 and 1 mM of compound. Cryo: 20% PEG200 in crystallization drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→47.13 Å / Num. obs: 80202 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.482 % / Biso Wilson estimate: 53.22 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 1.163 / Net I/σ(I): 6.81
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.97-2.093.5283.3810.37128560.1353.98499.2
2.09-2.233.4161.7890.73122460.352.12499.8
2.23-2.413.4780.9511.36113650.6291.12599.8
2.41-2.643.5250.5382.41104530.8460.63499.8
2.64-2.953.4220.2594.5394660.9530.30799.7
2.95-3.43.5550.1229.1883320.9890.14399.8
3.4-4.163.4620.05718.5770430.9960.06799.4
4.16-5.873.4380.04126.5954200.9980.04899.1
5.87-47.133.530.03232.2630200.9990.03899.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
BUSTER2.10.3位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4h2i

4h2i


解像度: 1.97→46.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU R Cruickshank DPI: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.175 / SU Rfree Blow DPI: 0.15 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.149
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1103 2.62 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.213 42108 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 148.14 Å2 / Biso mean: 67.82 Å2 / Biso min: 13.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9834 Å20 Å20 Å2
2---0.6547 Å20 Å2
3---2.6381 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→46.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3997 0 40 218 4255
Biso mean--70.44 58.61 -
残基数----514
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1441SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes719HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4129HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion530SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4898SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4129HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5601HARMONIC21.19
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.48
LS精密化 シェル解像度: 1.97→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3256 22 2.61 %
Rwork0.2824 821 -
all0.2835 843 -
obs--95.38 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.199 Å / Origin y: 20.1271 Å / Origin z: -29.1902 Å
111213212223313233
T-0.2723 Å20.059 Å2-0.024 Å2-0.2773 Å2-0.0629 Å2---0.2018 Å2
L0.5217 °20.1364 °20.7326 °2-0.2976 °2-0.0413 °2--4.4178 °2
S-0.1337 Å °0.0943 Å °0.1317 Å °0.0236 Å °-0.0668 Å °-0.0145 Å °-0.282 Å °0.1306 Å °0.2004 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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