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- PDB-6xt4: C3_HD-1069 (1BH-69) - fusion protein of helical bundle and repeat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xt4
タイトルC3_HD-1069 (1BH-69) - fusion protein of helical bundle and repeat protein
要素1BH_69
キーワードDE NOVO PROTEIN / helical bundle repeat protein
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bick, M.J. / Hsia, Y. / Sankaran, B. / Baker, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1629214 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Design of multi-scale protein complexes by hierarchical building block fusion.
著者: Yang Hsia / Rubul Mout / William Sheffler / Natasha I Edman / Ivan Vulovic / Young-Jun Park / Rachel L Redler / Matthew J Bick / Asim K Bera / Alexis Courbet / Alex Kang / T J Brunette / Una ...著者: Yang Hsia / Rubul Mout / William Sheffler / Natasha I Edman / Ivan Vulovic / Young-Jun Park / Rachel L Redler / Matthew J Bick / Asim K Bera / Alexis Courbet / Alex Kang / T J Brunette / Una Nattermann / Evelyn Tsai / Ayesha Saleem / Cameron M Chow / Damian Ekiert / Gira Bhabha / David Veesler / David Baker /
要旨: A systematic and robust approach to generating complex protein nanomaterials would have broad utility. We develop a hierarchical approach to designing multi-component protein assemblies from two ...A systematic and robust approach to generating complex protein nanomaterials would have broad utility. We develop a hierarchical approach to designing multi-component protein assemblies from two classes of modular building blocks: designed helical repeat proteins (DHRs) and helical bundle oligomers (HBs). We first rigidly fuse DHRs to HBs to generate a large library of oligomeric building blocks. We then generate assemblies with cyclic, dihedral, and point group symmetries from these building blocks using architecture guided rigid helical fusion with new software named WORMS. X-ray crystallography and cryo-electron microscopy characterization show that the hierarchical design approach can accurately generate a wide range of assemblies, including a 43 nm diameter icosahedral nanocage. The computational methods and building block sets described here provide a very general route to de novo designed protein nanomaterials.
履歴
登録2020年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1BH_69


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3801
ポリマ－29,3801
非ポリマー00
水724
1
A: 1BH_69

A: 1BH_69

A: 1BH_69


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1393
ポリマ－88,1393
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area8990 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area26930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.313, 107.313, 56.066
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 1BH_69


分子量: 29379.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.84 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: JCSG+ condition D3 (0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium/potassium phosphate, pH 6.2, 50% v/v PEG200), no additional cryoprotection added

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen vapor stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9993 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月14日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9993 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→48.01 Å / Num. obs: 11562 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 64175 / Scaling rejects: 683
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.24-2.35.10.86541828140.8620.4420.9731.8100
10.02-48.015.80.1117461290.9880.0510.12213.299

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.12 Å48.01 Å
Translation4.12 Å48.01 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALS1.2.2-g62d8f5d-releaseデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Computational design model

解像度: 2.4→48.006 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 32.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2719 439 4.7 %
Rwork0.2253 8901 -
obs0.2273 9340 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.41 Å2 / Biso mean: 59.1155 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→48.006 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1614 0 0 4 1618
Biso mean---53.08 -
残基数----235
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4001-2.74730.33351620.287289399
2.7473-3.46120.28971370.24683034100
3.4612-48.0060.24691400.2033297499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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