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- PDB-6xsn: Crystal structure of NHP VD20.5A4 Fab in complex with 16055 V1V2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xsn
タイトルCrystal structure of NHP VD20.5A4 Fab in complex with 16055 V1V2 1FD6 scaffold
要素
  • 16055_V1V2-1FD6
  • VD20.5A4_heavy_chain
  • VD20.5A4_light_chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / VD20.5A4 Fab / antibody / NHPs / Fab / 16055 V1V2 / 1FD6 scaffold
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / THIOCYANATE ION
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Aljedani, S. / Pancera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01 AI104722 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021
タイトル: Structurally related but genetically unrelated antibody lineages converge on an immunodominant HIV-1 Env neutralizing determinant following trimer immunization.
著者: Aljedani, S.S. / Liban, T.J. / Tran, K. / Phad, G. / Singh, S. / Dubrovskaya, V. / Pushparaj, P. / Martinez-Murillo, P. / Rodarte, J. / Mileant, A. / Mangala Prasad, V. / Kinzelman, R. / ...著者: Aljedani, S.S. / Liban, T.J. / Tran, K. / Phad, G. / Singh, S. / Dubrovskaya, V. / Pushparaj, P. / Martinez-Murillo, P. / Rodarte, J. / Mileant, A. / Mangala Prasad, V. / Kinzelman, R. / O'Dell, S. / Mascola, J.R. / Lee, K.K. / Karlsson Hedestam, G.B. / Wyatt, R.T. / Pancera, M.
履歴
登録2020年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: VD20.5A4_heavy_chain
L: VD20.5A4_light_chain
C: 16055_V1V2-1FD6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,53512
ポリマ－62,8683
非ポリマー6679
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.565, 106.565, 128.926
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 VD20.5A4_heavy_chain


分子量: 23837.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Macaca mulatta (アカゲザル)
#2: 抗体 VD20.5A4_light_chain


分子量: 23171.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Macaca mulatta (アカゲザル)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 C

#3: タンパク質 16055_V1V2-1FD6


分子量: 15858.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Macaca mulatta (アカゲザル)
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 53分子

#4: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Na Acet 5.5 pH 10%w/v PEG 8K 10%w/v PEG 1K 0.2M KSCN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→106.6 Å / Num. obs: 17667 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 48.94 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 10.88
反射 シェル解像度: 2.87→2.92 Å / Num. unique obs: 17702 / CC1/2: 0.98 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
Coot1.17.1_3660モデル構築
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6U3Z

6u3z


解像度: 2.87→49.24 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 817 4.93 %
Rwork0.2208 --
obs0.2231 16586 93.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.87→49.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3559 0 40 45 3644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033673
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7655004
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.8991264
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047575
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005642
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.87-3.050.29911000.2751767X-RAY DIFFRACTION65
3.05-3.280.38381300.27312695X-RAY DIFFRACTION98
3.28-3.610.31621580.2432737X-RAY DIFFRACTION100
3.61-4.130.27471230.222789X-RAY DIFFRACTION100
4.13-5.210.19541320.17152828X-RAY DIFFRACTION100
5.21-49.240.24651740.22142953X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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