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- PDB-6b0s: Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain in comp... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6b0s | ||||||
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Title | Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain in complex with 1710 antibody | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Malaria / Circumsporozoite protein / alpha thrombospondin type-1 repeat | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Scally, S.W. / Murugan, R. / Bosch, A. / Triller, G. / Wardemann, H. / Julien, J.P. | ||||||
![]() | ![]() Title: Rare PfCSP C-terminal antibodies induced by live sporozoite vaccination are ineffective against malaria infection. Authors: Scally, S.W. / Murugan, R. / Bosch, A. / Triller, G. / Costa, G. / Mordmuller, B. / Kremsner, P.G. / Sim, B.K.L. / Hoffman, S.L. / Levashina, E.A. / Wardemann, H. / Julien, J.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 166 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 455.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 456.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6b0wC ![]() 3vdjS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules C
#3: Protein | Mass: 9431.616 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: csp / Production host: ![]() |
---|
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#1: Antibody | Mass: 23940.674 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
---|---|
#2: Antibody | Mass: 22629.990 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Non-polymers , 3 types, 382 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-IPA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 200 mM MgCl2, 20% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Jul 14, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97948 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→40 Å / Num. obs: 35815 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.4 % / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 11.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4909 / Rpim(I) all: 0.295 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1710 Fab, 3VDJ Resolution: 1.95→39.789 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→39.789 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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