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Yorodumi- PDB-3vdj: Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, R32 na... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vdj | ||||||
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Title | Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, R32 native form | ||||||
Components | Circumsporozoite (CS) protein | ||||||
Keywords | CELL INVASION / TSR / aTSR | ||||||
Function / homology | Function and homology information host cell surface binding / symbiont entry into host / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / heparan sulfate proteoglycan binding / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.698 Å | ||||||
Authors | Doud, M.B. / Koksal, A.C. / Mi, L.Z. / Song, G. / Lu, C. / Springer, T.A. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2012 Title: Unexpected fold in the circumsporozoite protein target of malaria vaccines. Authors: Doud, M.B. / Koksal, A.C. / Mi, L.Z. / Song, G. / Lu, C. / Springer, T.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3vdj.cif.gz | 45.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3vdj.ent.gz | 31.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3vdj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3vdj_validation.pdf.gz | 412.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3vdj_full_validation.pdf.gz | 412 KB | Display | |
Data in XML | 3vdj_validation.xml.gz | 6.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3vdj_validation.cif.gz | 8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/3vdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/3vdj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3vdkSC 3vdlC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 8902.075 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: alpha-TSR domain (UNP residues 310-374) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Strain: 3D7 / Gene: PFC0210c / Production host: Pichia pastoris (fungus) / Strain (production host): GS115 / References: UniProt: Q7K740 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4 Details: 0.1 M citrate, pH 4.0, 1 M lithium chloride, 20% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97949 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 15, 2010 |
Radiation | Monochromator: single crystal Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.698→50 Å / Num. all: 8234 / Num. obs: 8160 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 5 / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 22.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.698→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 91.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3VDK Resolution: 1.698→47.774 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 0 / Phase error: 21.69 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.857 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.698→47.774 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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