PDB-6xpp: Crystal structure of itaconate modified Mycobaterium tuberculosis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xpp

タイトル

Crystal structure of itaconate modified Mycobaterium tuberculosis isocitrate lyase

要素

Isocitrate lyase

キーワード

LYASE / covalent modification

機能・相同性

機能・相同性情報

methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase / glyoxysome / isocitrate lyase activity / isocitrate metabolic process / response to host immune response / zymogen binding / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / cellular response to hypoxia ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Kwai, B.X.C. / Bashiri, G. / Leung, I.K.H.

資金援助

ニュージーランド, 2件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2021
タイトル: Itaconate is a covalent inhibitor of the Mycobacterium tuberculosis isocitrate lyase.
著者: Kwai, B.X.C. / Collins, A.J. / Middleditch, M.J. / Sperry, J. / Bashiri, G. / Leung, I.K.H.

履歴

登録	2020年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xpp.cif.gz	382.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xpp.ent.gz	300.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xpp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xpp_validation.pdf.gz	5.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xpp_full_validation.pdf.gz	5.2 MB	表示
XML形式データ	6xpp_validation.xml.gz	76.9 KB	表示
CIF形式データ	6xpp_validation.cif.gz	114.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1f8iS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6c4a-1 6c4a-2 5dql-d 1f8i-d 6c4c-1 6c4c-2 6wsi-d 1f61-1 6vb9-d 4r68-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Isocitrate lyase

B: Isocitrate lyase

C: Isocitrate lyase

D: Isocitrate lyase

ヘテロ分子

189 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.314, 133.171, 159.318
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains A B
2	2	Chains A C
3	3	Chains A D
4	4	Chains B C
5	5	Chains B D
6	6	Chains C D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Isocitrate lyase / ICL / Isocitrase / Isocitratase 分子量: 47134.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: icl, Rv0467, MTV038.11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WKK7, isocitrate lyase
#2: 化合物	ChemComp-ITN / 2-methylidenebutanedioic acid / イタコン酸分子量: 130.099 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG3350, 0.2M sodium nitrate, 0.1M bis-tris propane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953733 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953733 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→49.377 Å / Num. obs: 242871 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.123 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.128 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 2.057 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 11809 / CC_1/2: 0.613 / R_pim(I) all: 0.56 / R_rim(I) all: 2.133 / Χ²: 1.05 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1F8I

1f8i

解像度: 1.55→49.377 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / WR_factor R_free: 0.171 / WR_factor R_work: 0.151 / SU B: 1.594 / SU ML: 0.055 / Average fsc free: 0.9317 / Average fsc work: 0.9355 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1791	12123	4.994 %
R_work	0.1584	230624	-
all	0.159	-	-
obs	-	242747	99.574 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.236 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.679 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.093 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.773 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→49.377 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13198	0	44	1770	15012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	13579
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	12194
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.303	1.643	18478
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.427	1.576	28259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.285	5	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.359	22.891	754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.779	15	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.312	15	86
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.016	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	15607
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	2823
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	11762
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	6751
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	5362
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.181	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.833	2.033	6825
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.826	2.032	6824
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.399	3.046	8528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.399	3.047	8529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.098	2.362	6754
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.099	2.362	6752
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.597	3.416	9939
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.596	3.416	9939
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.375	25.679	16240
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.277	24.976	15748
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.047	0.05	14105
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.056	0.05	14057
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.048	0.05	14100
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.058	0.05	13887
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.05	0.05	13975
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.047	0.05	14042

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.27	860	0.272	16800	X-RAY DIFFRACTION	98.8746
1.59-1.634	0.267	808	0.254	16444	X-RAY DIFFRACTION	99.0356
1.634-1.681	0.248	869	0.237	15921	X-RAY DIFFRACTION	99.0911
1.681-1.733	0.242	810	0.216	15531	X-RAY DIFFRACTION	99.1746
1.733-1.79	0.226	809	0.198	15075	X-RAY DIFFRACTION	99.3433
1.79-1.853	0.218	780	0.189	14641	X-RAY DIFFRACTION	99.4775
1.853-1.922	0.206	764	0.176	14070	X-RAY DIFFRACTION	99.5704
1.922-2.001	0.209	743	0.168	13607	X-RAY DIFFRACTION	99.7082
2.001-2.09	0.185	657	0.159	13136	X-RAY DIFFRACTION	99.7685
2.09-2.192	0.183	664	0.154	12515	X-RAY DIFFRACTION	99.8333
2.192-2.31	0.173	647	0.143	11944	X-RAY DIFFRACTION	99.8889
2.31-2.45	0.166	601	0.141	11300	X-RAY DIFFRACTION	99.9832
2.45-2.619	0.158	586	0.133	10656	X-RAY DIFFRACTION	99.9911
2.619-2.829	0.173	502	0.141	9988	X-RAY DIFFRACTION	100
2.829-3.099	0.181	484	0.148	9152	X-RAY DIFFRACTION	100
3.099-3.464	0.171	429	0.156	8357	X-RAY DIFFRACTION	100
3.464-3.999	0.148	375	0.14	7404	X-RAY DIFFRACTION	100
3.999-4.896	0.138	323	0.125	6282	X-RAY DIFFRACTION	100
4.896-6.917	0.171	263	0.154	4954	X-RAY DIFFRACTION	100
6.917-49.377	0.145	149	0.161	2848	X-RAY DIFFRACTION	99.502

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