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万見
- PDB-6xlp: Structure of the essential inner membrane lipopolysaccharide-PbgA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xlp
タイトルStructure of the essential inner membrane lipopolysaccharide-PbgA complex
要素LPS binding protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / lipopolysaccharide / LPS / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Inner membrane protein YejM / Inner membrane protein YejM, N-terminal / : / Domain of unknown function (DUF3413) / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Inner membrane protein YejM / Inner membrane protein YejM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Payandeh, J. / Clairefeuille, T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structure of the essential inner membrane lipopolysaccharide-PbgA complex.
著者: Clairfeuille, T. / Buchholz, K.R. / Li, Q. / Verschueren, E. / Liu, P. / Sangaraju, D. / Park, S. / Noland, C.L. / Storek, K.M. / Nickerson, N.N. / Martin, L. / Dela Vega, T. / Miu, A. / ...著者: Clairfeuille, T. / Buchholz, K.R. / Li, Q. / Verschueren, E. / Liu, P. / Sangaraju, D. / Park, S. / Noland, C.L. / Storek, K.M. / Nickerson, N.N. / Martin, L. / Dela Vega, T. / Miu, A. / Reeder, J. / Ruiz-Gonzalez, M. / Swem, D. / Han, G. / DePonte, D.P. / Hunter, M.S. / Gati, C. / Shahidi-Latham, S. / Xu, M. / Skelton, N. / Sellers, B.D. / Skippington, E. / Sandoval, W. / Hanan, E.J. / Payandeh, J. / Rutherford, S.T.
履歴
登録2020年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPS binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,88922
ポリマ－68,4921
非ポリマー6,39721
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.272, 56.328, 97.359
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.450, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 LPS binding protein / DUF3413 domain-containing protein / Hydrolase of alkaline phosphatase superfamily / Hydrolase / ...DUF3413 domain-containing protein / Hydrolase of alkaline phosphatase superfamily / Hydrolase / inner membrane / Inner membrane protein YejM / Membrane protein / Putative hydrolase / Putative sulfatase / Sulfatase


分子量: 68491.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yejM, pbgA, yejM_2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3T3G2, UniProt: P0AD27*PLUS
#2: 多糖 2-deoxy-3-O-[(1R,3R)-1,3-dihydroxytetradecyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-1-O-phosphono- ...2-deoxy-3-O-[(1R,3R)-1,3-dihydroxytetradecyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose-(6-1)-[3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)]1,5-anhydro-2-deoxy-2-{[(1S,3R)-1-hydroxy-3-(pentanoyloxy)undecyl]amino}-4-O-phosphono-D-glucitol


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1445.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5_1*OPO/3O/3=O_2*NCCC^RCCCCCCCCCCC/5O/3=O_3*OC^RCC^RCCCCCCCCCCC/5O/3O][a2122h-1a_1-5_2*NC^SCC^ROCCCCC/7=O/5CCCCCCCC/3O_4*OPO/3O/3=O][Aad1122h-2a_2-6]/1-2-3/a6-b1_b6-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][P]{[(0+1)][a-D-GlcpN]{[(2+1)][<C14O2>]{}[(3+1)][<C14O2>]{}[(6+1)][b-D-GlcpN]{[(2+1)][<C16O3>]{}[(4+0)][P]{}[(6+2)][a-D-Kdop]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 166分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8
詳細: LCP was formulated from monoolein (Sigma): phosphatidylethanolamine (E. coli PE, Avanti Polar Lipids) 99.5:0.5% m/m mixture at 40% hydration; crystallization solution contained 0.1 M Tris pH ...詳細: LCP was formulated from monoolein (Sigma): phosphatidylethanolamine (E. coli PE, Avanti Polar Lipids) 99.5:0.5% m/m mixture at 40% hydration; crystallization solution contained 0.1 M Tris pH 8.0, 0.2 M ammonium sulfate, 40% PEG200
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→24.242 Å / Num. obs: 53215 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3926 / CC1/2: 0.741 / % possible all: 62.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXDEV_2747精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I5H

5i5h


解像度: 2→24.24 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 1791 3.37 %
Rwork0.193 51424 -
obs0.194 53215 88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138 Å2 / Biso mean: 51.56 Å2 / Biso min: 20.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→24.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4672 0 342 146 5160
Biso mean--77.68 48.1 -
残基数----586
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.05410.30671000.271287964
2.0541-2.11450.2631090.253311170
2.1145-2.18270.2891180.2379338276
2.1827-2.26060.24271240.2267355279
2.2606-2.35110.26461290.2203374184
2.3511-2.4580.23251440.2202412492
2.458-2.58740.2321480.2033426195
2.5874-2.74930.22171480.1929428196
2.7493-2.96130.20891520.185434296
2.9613-3.25860.2241530.189439098
3.2586-3.72870.18131530.1825438897
3.7287-4.69220.19431560.1745446999
4.6922-24.240.19731570.1884450497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9444-0.33660.41021.6903-1.04613.2777-0.0236-0.0265-0.04470.1550.03240.07990.0976-0.0261-0.01720.26710.00660.00650.1311-0.02310.24455.67232.65986.284
21.4967-0.1893-0.09232.16-0.36452.21490.03660.3136-0.0709-0.1722-0.0510.24750.07190.11460.0190.2316-0.0049-0.01050.4701-0.05590.304310.8832.11542.619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:246 )A1 - 246
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 247:586 )A247 - 586

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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