PDB-3btu: Crystal structure of the super-repressor mutant of Gal80p from Sa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3btu

タイトル

Crystal structure of the super-repressor mutant of Gal80p from Saccharomyces cerevisiae; Gal80(S2) [E351K]

要素

Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80

キーワード

TRANSCRIPTION / Eukaryotic transcription complex / Acetylation / Carbohydrate metabolism / DNA-binding / Galactose metabolism / Repressor / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / kinase inhibitor activity / galactose metabolic process / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / transcription repressor complex / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nucleotide binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Kumar, P.R. / Joshua-Tor, L.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: NADP regulates the yeast GAL induction system.
著者: Kumar, P.R. / Yu, Y. / Sternglanz, R. / Johnston, S.A. / Joshua-Tor, L.

履歴

登録	2007年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/3btu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/3btu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3btsC 3btvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2dvm-2 3e1k-3 6xlp-d 2dvm-1 3aib-8 3bts-d 4kca-1 3aic-8 2omt-d 3f4l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80

B: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80

C: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80

D: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80

E: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80

F: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80

292 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80

B: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
97.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80

D: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
97.3 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80

F: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
97.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	495.320, 84.862, 66.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.90, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80 分子量: 48654.355 Da / 分子数: 6 / 変異: E351K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: GAL80 / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: P04387

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.96 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 0.1M CAPS, 0.2M NaCl, 20% PEG 8000, 50mM DTT, 4% Gamma-butyrolactone, 0.2M Sodium formate, 9% Sucrose, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X25	1	1.1
シンクロトロン	APS	19-ID	2	1.2519
シンクロトロン	NSLS	X25	3	0.9792

検出器

タイプ	ID	検出器
ADSC QUANTUM 315	1	CCD
ADSC QUANTUM 315	2	CCD
ADSC QUANTUM 315	3	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
3	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.1	1
2	1.2519	1
3	0.9792	1

反射

解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 57929 / Num. obs: 54557 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 70.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 13.2

反射シェル

解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.372 / % possible all: 83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定
PHENIX		精密化

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.85→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.904 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.838 / SU B: 48.543 / SU ML: 0.429 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.6 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.278	5497	10.1 %	RANDOM
R_work	0.228	-	-	-
obs	-	49054	85.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.676 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.09 Å²	0 Å²	0.37 Å²
2-	-	-0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18389	0	0	0	18389

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.928 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.43	104	-
R_work	0.332	1023	-
obs	-	-	23.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5446	1.3289	0.6446	1.1238	0.2787	-0.3253	0.1173	-0.342	0.0366	-0.0962	-0.1336	-0.2682	0.1445	0.245	0.0001	0.7492	-0.0083	0.0848	0.8065	-0.0454	1.0866	110.057	38.378	33.4308
2	1.2119	-0.3893	-0.6124	1.3188	-0.6775	0.8447	-0.0692	-0.3342	-0.0221	-0.0867	0.0169	-0.2743	-0.0435	0.0607	-0	0.5705	0.0472	0.0075	0.4523	-0.1087	0.653	85.2655	33.5786	44.2849
3	0.7115	0.2661	0.8156	0.5296	-0.0393	1.6311	0.1671	0.2165	0.1852	-0.0405	-0.1026	-0.1567	-0.1656	0.0959	0	0.6553	-0.0128	0.0551	0.5367	-0.1475	0.8716	90.3946	38.6907	31.2586
4	0.9244	0.0723	1.1717	0.2609	-0.7724	0.303	0.0901	0.1144	0.0539	-0.0359	0.3298	-0.2712	-0.0506	-0.5766	0.0001	0.762	0.1691	0.1026	1.0289	0.0752	0.9429	39.5547	37.921	60.3719
5	1.543	0.3769	-0.2226	0.9544	-0.2051	1.438	0.0485	0.1573	0.0039	0.0141	0.154	0.0972	0.0608	-0.1483	0.0001	0.5683	0.0263	0.0401	0.4033	-0.1385	0.6328	63.6058	34.433	47.897
6	0.4817	-0.7338	0.399	0.6788	-0.8626	2.5749	-0.0263	-0.2463	-0.1978	-0.0711	0.2055	-0.3251	-0.0368	-0.4132	0	0.5886	0.0507	0.0584	0.5004	-0.1246	0.7757	59.0303	34.9894	62.2647
7	0.2686	0.8816	-1.9498	0.3743	0.4012	1.3903	-0.0556	-0.1959	-0.3104	0.2153	-0.1715	-0.2949	-0.0062	1.0179	-0	0.6958	0.1378	-0.3119	1.1344	0.2219	1.0047	107.0416	73.1487	62.6906
8	0.7185	0.2308	0.3217	1.9522	-0.1112	0.7975	-0.0876	0.0648	0.117	0.1638	-0.0689	-0.2017	0.0218	0.2512	-0	0.6327	0.0929	-0.0214	0.4586	-0.0557	0.5325	86.944	79.354	45.298
9	0.8878	0.6395	-1.3018	0.4954	0.3885	2.0306	0.1189	-0.3972	0.05	0.1723	-0.0298	-0.3364	0.1204	0.4066	0.0002	0.8178	0.1532	-0.0649	0.6522	-0.0586	0.6398	87.5293	74.4819	59.3982
10	1.5642	-0.292	-0.2477	0.2215	0.2787	0.3523	-0.1791	-0.0189	0.1288	-0.0289	0.3191	-0.2697	0.0726	-0.6125	-0	0.7172	-0.199	-0.1797	0.8977	0.1475	0.6929	46.6956	78.2066	17.5961
11	1.1999	-0.3491	0.0555	1.154	-0.2941	1.6629	-0.1875	-0.2362	0.0387	-0.0396	0.1742	0.1094	0.0129	-0.1736	-0	0.6157	0.0502	-0.0001	0.4325	-0.0717	0.5022	67.0576	80.3212	35.8938
12	0.5222	-0.2965	0.2174	0.0933	0.0531	2.1322	-0.0085	0.1809	0.0314	-0.302	0.2177	0.3112	0.1673	-0.2391	-0.0001	0.6222	-0.0361	-0.0606	0.47	-0.0051	0.5405	66.0696	79.3107	20.9334
13	0.9131	-0.5546	0.4263	1.0219	-1.2696	0.2129	0.3878	0.5244	-0.0425	-0.0252	0.1923	0.0727	0.503	-0.5765	0.0004	0.9642	-0.4232	-0.408	1.4645	0.2267	0.8629	26.0175	-16.9779	-15.6419
14	-0.3259	-0.3634	-0.527	0.1406	-0.5404	0.5467	0.2401	0.2995	-0.2607	-0.0047	0.2242	0.1042	0.0225	-0.9063	0.0027	0.557	-0.209	-0.0792	1.975	0.6159	0.6601	19.6991	5.6967	-1.0269
15	-0.0641	-0.117	1.0459	0.519	1.0376	0.4369	0.497	-0.1874	0.2514	-0.1733	0.1736	-0.074	0.3937	-0.6179	0.0002	0.8856	-0.3509	-0.2377	1.7407	0.5268	0.7959	24.3665	2.5643	-14.5446
16	0.2656	0.5866	-0.1498	0.5458	-0.8162	-0.5046	0.1712	0.0277	0.2981	0.2104	0.633	0.7899	-0.2872	-0.7666	0.0004	1.0705	0.4835	0.5017	1.3599	0.3427	1.392	21.3539	49.1042	21.5619
17	0.7549	-0.1364	0.1883	-0.3564	-0.2375	-0.2365	-0.0411	0.2427	0.3252	-0.0645	0.5192	0.1018	0.2592	-1.0567	0.0001	0.6043	0.2038	0.0802	2.0657	0.6439	0.6041	18.8792	26.4304	5.8875
18	0.5644	0.0274	-0.7748	0.9598	-0.1399	-0.1902	0.3323	0.1556	0.389	0.2256	0.199	0.2095	0.0255	-0.4616	-0	0.7159	0.3087	0.2006	1.6724	0.4556	0.7412	19.8736	29.4673	20.1548

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 1:155	A	1 - 155
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 156:330	A	156 - 330
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 345:435	A	345 - 435
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resid 1:155	B	1 - 155
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and resid 156:330	B	156 - 330
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 345:435	B	345 - 435
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and resid 1:155	C	1 - 155
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain C and resid 156:330	C	156 - 330
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C and resid 345:435	C	345 - 435
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain D and resid 1:155	D	1 - 155
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain D and resid 156:330	D	156 - 330
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain D and resid 345:435	D	345 - 435
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain E and resid 1:155	E	1 - 155
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain E and resid 156:330	E	156 - 330
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain E and resid 345:435	E	345 - 435
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain F and resid 1:155	F	1 - 155
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain F and resid 156:330	F	156 - 330
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain F and resid 345:435	F	345 - 435

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関連情報:EMDBヘッダ

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データ収集

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)