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Yorodumi- PDB-3btu: Crystal structure of the super-repressor mutant of Gal80p from Sa... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3btu | ||||||
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Title | Crystal structure of the super-repressor mutant of Gal80p from Saccharomyces cerevisiae; Gal80(S2) [E351K] | ||||||
Components | Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80 | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Eukaryotic transcription complex / Acetylation / Carbohydrate metabolism / DNA-binding / Galactose metabolism / Repressor / Transcription regulation | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / kinase inhibitor activity / galactose metabolic process / negative regulation of phosphorylation / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / transcription repressor complex / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nucleotide binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II ...regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / kinase inhibitor activity / galactose metabolic process / negative regulation of phosphorylation / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / transcription repressor complex / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nucleotide binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MIRAS / Resolution: 2.85 Å | ||||||
Authors | Kumar, P.R. / Joshua-Tor, L. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2008 Title: NADP regulates the yeast GAL induction system. Authors: Kumar, P.R. / Yu, Y. / Sternglanz, R. / Johnston, S.A. / Joshua-Tor, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3btu.cif.gz | 453.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3btu.ent.gz | 375.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3btu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/3btu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/3btu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 48654.355 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: E351K Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Gene: GAL80 / Plasmid: PET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)-RIPL / References: UniProt: P04387 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 3 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 10.5 Details: 0.1M CAPS, 0.2M NaCl, 20% PEG 8000, 50mM DTT, 4% Gamma-butyrolactone, 0.2M Sodium formate, 9% Sucrose, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.85→50 Å / Num. all: 57929 / Num. obs: 54557 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 70.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 13.2 | ||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.85→2.95 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / % possible all: 83 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MIRAS / Resolution: 2.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.838 / SU B: 48.543 / SU ML: 0.429 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.6 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.676 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.85→50 Å
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LS refinement shell | Resolution: 2.85→2.928 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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