PDB-6xl1: crystal structure of cA4-activated Card1(D294N)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xl1

タイトル

crystal structure of cA4-activated Card1(D294N)

要素

Card1
cA4

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/RNA / Cad1 / Dnase / cyclic oligoadenylates / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

Protein of unknown function DUF1887 / Card1-like, endonuclease domain / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / nucleic acid binding / metal ion binding / : / RNA / Card1 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Treponema succinifaciens DSM 2489 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Rostol, J. / Xie, W. / Patel, D.J. / Marraffini, L.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: The Card1 nuclease provides defence during type III CRISPR immunity.
著者: Rostol, J.T. / Xie, W. / Kuryavyi, V. / Maguin, P. / Kao, K. / Froom, R. / Patel, D.J. / Marraffini, L.A.

履歴

登録	2020年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月20日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / entity / struct Item: _citation.title / _entity.pdbx_description ..._citation.title / _entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor / _struct.title
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2021年2月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.4	2021年3月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.5	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xl1.cif.gz	187.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xl1.ent.gz	142.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xl1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xl1_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xl1_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	6xl1_validation.xml.gz	34.2 KB	表示
CIF形式データ	6xl1_validation.cif.gz	51 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/6xl1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/6xl1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wxwC 6wxxC 6wxyC 6wwxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wxx-2 6wxx-1 5vr8-3 4z4d-d 1h4l-d 5cm0-d 5inc-d 1unh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Card1

B: Card1

C: cA4

ヘテロ分子

91.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.946, 111.946, 172.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Card1 分子量: 45012.059 Da / 分子数: 2 / 変異: D294N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Treponema succinifaciens DSM 2489 (バクテリア) 株: ATCC 33096 / DSM 2489 / 6091 / 遺伝子: Tresu_2185 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F2NWD3
#2: RNA鎖	cA4 分子量: 1271.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES 7.0, 30% (v/v) Jeffamine M-600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 80132 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 15 % / B_iso Wilson estimate: 31.61 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.08062 / R_pim(I) all: 0.02133 / R_rim(I) all: 0.08345 / Net I/σ(I): 23.41
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 15.2 % / R_merge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 4.08 / Num. unique obs: 7872 / CC_1/2: 0.936 / CC star: 0.983 / R_pim(I) all: 0.1742 / R_rim(I) all: 0.684 / % possible all: 99.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18_3855	精密化
PHENIX	1.18_3855	精密化
autoXDS		データ削減
autoXDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6wwx

6wwx

解像度: 1.95→39.58 Å / SU ML: 0.1693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.3025
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2016	4033	5.03 %
R_work	0.1779	76088	-
obs	0.1791	80121	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→39.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6200	88	19	552	6859

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	6444
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8428	8706
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0605	946
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	1094
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.3917	2435

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.97	0.2067	151	0.1911	2569	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.97-2	0.2384	113	0.1894	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.02	0.2371	142	0.1871	2532	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.02-2.05	0.2268	132	0.1941	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.2424	129	0.1909	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.11	0.2278	147	0.1982	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.14	0.2452	125	0.1904	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.14-2.17	0.2281	140	0.1801	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.17-2.21	0.203	142	0.1774	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.25	0.2333	133	0.1853	2537	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.25-2.29	0.2022	129	0.1898	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.33	0.2148	139	0.1875	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.38	0.2187	136	0.192	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.43	0.2479	146	0.1971	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.49	0.2498	125	0.2002	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.49-2.55	0.2103	130	0.1947	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.62	0.2384	148	0.198	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.69	0.2252	161	0.2	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.78	0.22	141	0.2011	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.78-2.88	0.2207	168	0.1912	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3	0.2556	142	0.202	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.13	0.211	132	0.1879	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.3	0.2152	116	0.1801	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.3-3.5	0.1926	146	0.1712	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.77	0.166	149	0.1678	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.15	0.1737	138	0.1584	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
4.15-4.75	0.1515	118	0.1414	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
4.75-5.98	0.1825	150	0.1721	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.98-39.58	0.1857	165	0.1729	2876	X-RAY DIFFRACTION	99.9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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