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万見
- PDB-5inc: Crystal structure of HLA-B5801, a protective HLA allele for HIV-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5inc
タイトルCrystal structure of HLA-B5801, a protective HLA allele for HIV-1 infection
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • GLN-ALA-THR-GLN-GLU-VAL-LYS-ASN-TRP
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-58 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA / HIV / QW9_S3T
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cellular component / host cell nuclear membrane / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis ...Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cellular component / host cell nuclear membrane / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / viral budding via host ESCRT complex / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Binding and entry of HIV virion / Membrane binding and targetting of GAG proteins / detection of bacterium / negative regulation of receptor binding / secretory granule membrane / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / Assembly Of The HIV Virion / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Budding and maturation of HIV virion / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / defense response / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / host multivesicular body / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / viral nucleocapsid / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / viral translational frameshifting / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / : / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Gag polyprotein / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.881 Å
データ登録者Li, X. / Wang, J.-H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Ragon Institute of MGH, MIT and Harvard 米国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of HLA-B*5801, a protective HLA allele for HIV-1 infection.
著者: Li, X. / Lamothe, P.A. / Ng, R. / Xu, S. / Teng, M. / Walker, B.D. / Wang, J.H.
履歴
登録2016年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-58 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HLA class I histocompatibility antigen, B-58 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: GLN-ALA-THR-GLN-GLU-VAL-LYS-ASN-TRP
F: GLN-ALA-THR-GLN-GLU-VAL-LYS-ASN-TRP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6536
ポリマ－89,6536
非ポリマー00
水28816
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-58 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
E: GLN-ALA-THR-GLN-GLU-VAL-LYS-ASN-TRP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8273
ポリマ－44,8273
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
2
C: HLA class I histocompatibility antigen, B-58 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
F: GLN-ALA-THR-GLN-GLU-VAL-LYS-ASN-TRP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8273
ポリマ－44,8273
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.397, 82.410, 154.615
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 1:64 or resseq 66:78 or resseq...
21(chain C and (resseq 1:64 or resseq 66:78 or resseq...
12(chain B and (resseq 1:73 or resseq 75:99))
22(chain D and (resseq 1:73 or resseq 75:99))
13(chain F and (resseq 1:6 or resseq 8:9))
23(chain E and (resseq 1:6 or resseq 8:9))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resseq 1:64 or resseq 66:78 or resseq...A1 - 64
121(chain A and (resseq 1:64 or resseq 66:78 or resseq...A66 - 78
131(chain A and (resseq 1:64 or resseq 66:78 or resseq...A80 - 120
141(chain A and (resseq 1:64 or resseq 66:78 or resseq...A122 - 127
151(chain A and (resseq 1:64 or resseq 66:78 or resseq...A129 - 193
161(chain A and (resseq 1:64 or resseq 66:78 or resseq...A195 - 277
211(chain C and (resseq 1:64 or resseq 66:78 or resseq...C1 - 64
221(chain C and (resseq 1:64 or resseq 66:78 or resseq...C66 - 78
231(chain C and (resseq 1:64 or resseq 66:78 or resseq...C80 - 120
241(chain C and (resseq 1:64 or resseq 66:78 or resseq...C122 - 127
251(chain C and (resseq 1:64 or resseq 66:78 or resseq...C129 - 193
261(chain C and (resseq 1:64 or resseq 66:78 or resseq...C195 - 277
112(chain B and (resseq 1:73 or resseq 75:99))B1 - 73
122(chain B and (resseq 1:73 or resseq 75:99))B75 - 99
212(chain D and (resseq 1:73 or resseq 75:99))D1 - 73
222(chain D and (resseq 1:73 or resseq 75:99))D75 - 99
113(chain F and (resseq 1:6 or resseq 8:9))F0
213(chain E and (resseq 1:6 or resseq 8:9))E0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-58 alpha chain / Bw-58 / MHC class I antigen B*58


分子量: 31974.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10319, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド GLN-ALA-THR-GLN-GLU-VAL-LYS-ASN-TRP


分子量: 1104.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義) / 参照: UniProt: P04591*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細IT REPRESENTS A NONSENSE MUTATION

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 291 / PH範囲: 6.0-7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→50 Å / Num. obs: 18743 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 10.1 % / Net I/σ(I): 9.06

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A1M

1a1m


解像度: 2.881→43.697 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2481 947 5.05 %
Rwork0.1949 --
obs0.1977 18738 91.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.68 Å2 / Biso mean: 36.792 Å2 / Biso min: 11.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.881→43.697 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6318 0 0 16 6334
Biso mean---30 -
残基数----770
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126511
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2038847
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063899
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0993885
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2475X-RAY DIFFRACTION12.665TORSIONAL
12C2475X-RAY DIFFRACTION12.665TORSIONAL
21B941X-RAY DIFFRACTION12.665TORSIONAL
22D941X-RAY DIFFRACTION12.665TORSIONAL
31F59X-RAY DIFFRACTION12.665TORSIONAL
32E59X-RAY DIFFRACTION12.665TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.881-3.03290.3328860.23351934202071
3.0329-3.22280.30681180.23632310242885
3.2228-3.47160.28121350.22062445258089
3.4716-3.82080.25481300.20082663279397
3.8208-4.37320.26841530.174927492902100
4.3732-5.5080.19981580.167227882946100
5.508-43.70180.22791670.199329023069100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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