PDB-6wwx: Crystal structure of truncated bacteriophage hyaluronan lyase Hyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wwx

タイトル

Crystal structure of truncated bacteriophage hyaluronan lyase HylP in complex with unsaturated hyaluronan tetra-saccharides

要素

Hyaluronoglucosaminidase

キーワード

LYASE / HylP / Hyaluronidase / S. pyogenes phage H4489A / Beta-elimination

機能・相同性

機能・相同性情報

hyaluronoglucosaminidase / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / hyalurononglucosaminidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virion component
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes phage H4489A (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Deivanayagam, C. / Schormann, N.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Streptococcal Bacteriophage Hyaluronidase: Presence of a Prokaryotic Collagen and Elucidation of Catalytic Mechanism
著者: Lee, J.H. / Schormann, N. / Rajashankar, K.R. / Deivanaygam, C.

履歴

登録	2020年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wwx.cif.gz	323 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wwx.ent.gz	265.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wwx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/6wwx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/6wwx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wv2SC 6wxaC 6x3mC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wv2-d 6wxa-d 2wb3-1 2yn3-1 2yn5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hyaluronoglucosaminidase

B: Hyaluronoglucosaminidase

C: Hyaluronoglucosaminidase

ヘテロ分子

99.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.535, 86.819, 168.646
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	A	A	107 - 376	21 - 290
2	1	ASN	ASN	B	B	107 - 376	21 - 290
1	2	THR	THR	A	A	106 - 376	20 - 290
2	2	THR	THR	C	C	106 - 376	20 - 290
1	3	ASN	ASN	B	B	107 - 376	21 - 290
2	3	ASN	ASN	C	C	107 - 376	21 - 290

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質

Hyaluronoglucosaminidase / Hyaluronidase / HylP / Hyaluronate Lyase

分子量: 31532.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus pyogenes phage H4489A (ファージ)
遺伝子: HYLP1, HYLP / プラスミド: pET24a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15316, hyaluronoglucosaminidase

#2: 多糖

4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 758.633 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122A-1b_1-5][a21eEA-1a_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_b4-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-4-deoxy-GlcpA]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-NI / NICKEL (II) ION

分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% (v/v) 2-Propanol, 20% (w/v) PEG 4000, 0.1 M Hepes, pH 7.5; incubation of protein HylP with unsaturated Hyaluronan tetra-saccharides at 1:20 molar ratio prior to crystallization

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 51169 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.1 % / B_iso Wilson estimate: 36 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 1.325 / Net I/av σ(I): 30.4 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 5022 / Χ²: 1.185 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6WV2

6wv2

解像度: 2.2→38.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 9.337 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2104	2595	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1824	-	-	-
obs	0.1839	48493	99.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.38 Å² / B_iso mean: 44.9 Å² / B_iso min: 23.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.05 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→38.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6102	0	313	356	6771
B_iso mean	-	-	52.71	44.27	-
残基数	-	-	-	-	816

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	6517
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.307	1.95	8733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.893	3	14259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.579	5	813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.841	26.245	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.876	15	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.018	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7078
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1086

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12748	0.08
1	2	B	12748	0.08
2	1	A	12764	0.07
2	2	C	12764	0.07
3	1	B	12700	0.08
3	2	C	12700	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	192	-
R_work	0.249	3393	-
obs	-	-	96.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1107	-0.0487	0.1875	0.1522	0.192	1.3303	0.0082	-0.0741	0.0284	-0.0595	0.0461	-0.0302	0.0321	-0.0434	-0.0543	0.0701	0.0101	-0.0108	0.0649	-0.0227	0.0264	29.4985	26.868	58.2051
2	0.1369	-0.02	0.1064	0.1149	0.175	1.2405	-0.0095	-0.0837	0.0277	-0.061	0.0321	-0.0169	0.0485	-0.0256	-0.0227	0.0785	0.0059	-0.0125	0.0582	-0.0238	0.0278	29.199	26.6945	58.8644
3	0.0611	-0.0364	0.1398	0.1807	0.14	1.3608	-0.0036	-0.0647	0.012	-0.0677	0.0557	-0.025	0.0262	-0.0201	-0.0521	0.0598	0.0173	-0.0082	0.0853	-0.0221	0.0172	29.5882	26.44	58.4253

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	105 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	176 - 255
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	256 - 327
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	328 - 377
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	107 - 134
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	135 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	195 - 234
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	235 - 274
9	X-RAY DIFFRACTION	2	B	275 - 294
10	X-RAY DIFFRACTION	2	B	295 - 353
11	X-RAY DIFFRACTION	2	B	354 - 377
12	X-RAY DIFFRACTION	3	C	106 - 135
13	X-RAY DIFFRACTION	3	C	136 - 175
14	X-RAY DIFFRACTION	3	C	176 - 235
15	X-RAY DIFFRACTION	3	C	236 - 353
16	X-RAY DIFFRACTION	3	C	354 - 377

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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