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Yorodumi- PDB-6wv2: Crystal Structure of Streptococcal Bacteriophage Hyaluronidase: P... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wv2 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Streptococcal Bacteriophage Hyaluronidase: Presence of a Prokaryotic Collagen and Elucidation of Catalytic Mechanism | ||||||
Components | Hyaluronan Lyase | ||||||
Keywords | LYASE / HylP / Hyaluronidase / S. pyogenes phage H4489A / Beta-elimination | ||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / hyaluronoglucosaminidase / hyalurononglucosaminidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virion component Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pyogenes phage H4489A (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.21 Å | ||||||
Authors | Deivanayagam, C. / Schormann, N. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of Streptococcal Bacteriophage Hyaluronidase: Presence of a Prokaryotic Collagen and Elucidation of Catalytic Mechanism Authors: Lee, J.H. / Schormann, N. / Rajashankar, K.R. / Deivanaygam, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wv2.cif.gz | 317.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wv2.ent.gz | 259.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wv2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wv2_validation.pdf.gz | 934.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6wv2_full_validation.pdf.gz | 942.1 KB | Display | |
Data in XML | 6wv2_validation.xml.gz | 32.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6wv2_validation.cif.gz | 44.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/6wv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/6wv2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6wwxC 6wxaC 6x3mC 2c3fS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 107 - 377 / Label seq-ID: 21 - 291
|
-Components
#1: Protein | Mass: 31532.449 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pyogenes phage H4489A (virus) Gene: HYLP1, HYLP / Plasmid: pET24a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P15316, hyaluronate lyase #2: Chemical | ChemComp-NI / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 10% (V/V) 2-PROPANOL AND 20% (W/V) PEG 4000 IN 0.1 M HEPES, PH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97949 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 1, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 50393 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Redundancy: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 31.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.337 / Net I/av σ(I): 26.9 / Net I/σ(I): 9.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Redundancy: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 4986 / Χ2: 1.35 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2C3F Resolution: 2.21→38.609 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.95 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 144.15 Å2 / Biso mean: 42.9976 Å2 / Biso min: 16.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.21→38.609 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Resolution: 2.21→2.289 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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