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- PDB-6xkc: Crystal structure of E3 ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xkc
タイトルCrystal structure of E3 ligase
要素Protein fem-1 homolog C
キーワードLIGASE / UPS / ubiquitin / E3 ligase / protein degradation / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Neddylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein fem-1 homolog C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Yan, X. / Dong, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Min, J.R. / Dong, C. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for ubiquitin ligase CRL2 FEM1C -mediated recognition of C-degron.
著者: Yan, X. / Wang, X. / Li, Y. / Zhou, M. / Li, Y. / Song, L. / Mi, W. / Min, J. / Dong, C.
履歴
登録2020年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein fem-1 homolog C
B: Protein fem-1 homolog C
C: Protein fem-1 homolog C
D: Protein fem-1 homolog C
E: Protein fem-1 homolog C
F: Protein fem-1 homolog C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,7476
ポリマ－159,7476
非ポリマー00
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14490 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area53990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.003, 97.003, 148.341
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Protein fem-1 homolog C / FEM1c / FEM1-gamma


分子量: 26624.516 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FEM1C, KIAA1785 / プラスミド: pET15-MKH8SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -V3R / 参照: UniProt: Q96JP0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.24 % / Mosaicity: 0.673 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 16% Jeffamine M-600 pH 7.0 and 0.1 M HEPES 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 99464 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 38.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 1.424 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 521083
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.03-2.073.60.83641940.5990.4410.951.16582.1
2.07-2.140.81945290.0070.4730.9561.58588.9
2.1-2.144.40.68347520.7290.3390.7651.14193.4
2.14-2.194.60.61148940.7940.3010.6841.13296.1
2.19-2.234.80.52549510.8780.2570.5871.15698.4
2.23-2.2950.50450800.870.2480.5631.64399.3
2.29-2.345.30.40751210.9340.1940.4521.144100
2.34-2.415.30.32350990.9540.1540.3591.19199.9
2.41-2.485.10.26550530.9670.130.2961.21199.5
2.48-2.565.20.22150090.9770.1070.2461.21397.8
2.56-2.655.80.19150630.9850.0870.211.225100
2.65-2.765.80.15750890.9870.0720.1731.29399.9
2.76-2.885.70.12551090.9920.0570.1381.215100
2.88-3.035.70.08950970.9960.0410.0981.30299.9
3.03-3.225.30.0750600.9970.0340.0781.3799.5
3.22-3.475.70.05250270.9980.0240.0581.59499.1
3.47-3.8260.04150930.9990.0180.0451.768100
3.82-4.375.80.03650990.9990.0160.0391.85999.9
4.37-5.515.50.03450420.9990.0160.0381.89399.3
5.51-505.80.03351030.9990.0150.0362.01599.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MA4

5ma4


解像度: 2.03→49.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.221 / SU Rfree Blow DPI: 0.172 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.179
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 4820 4.89 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.219 98614 97.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 151.62 Å2 / Biso mean: 48.96 Å2 / Biso min: 20.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3206 Å20 Å20 Å2
2--3.3206 Å20 Å2
3----6.6411 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→49.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10456 0 0 154 10610
Biso mean---41.58 -
残基数----1458
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4223SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2273HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13120HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1864SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15358SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d13120HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17875HARMONIC21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.65
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2968 119 6.03 %
Rwork0.2356 1854 -
all0.2395 1973 -
obs--83.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.42282.94291.26054.52152.32262.64840.4033-0.0999-0.36190.9381-0.1776-0.4320.9348-0.2167-0.22570.0188-0.0661-0.1012-0.44150.0208-0.081530.9771-32.811857.8247
20.6457-0.8783-0.11274.49530.61620.88290.033-0.0236-0.067-0.1048-0.07760.4138-0.0878-0.15080.0446-0.16070.01640.0142-0.1323-0.02960.157820.219320.527762.2003
31.3392-0.25390.07070.6963-0.12870.4896-0.00040.01260.1610.1006-0.0267-0.0876-0.010.21160.0271-0.0673-0.0515-0.0327-0.0785-0.02730.094274.25313.254561.5089
43.2962-2.8625-1.21194.42782.33632.08150.43810.09880.3634-1.0474-0.2045-0.4483-0.8923-0.1932-0.23350.06260.0830.1054-0.42690.016-0.060230.899332.845840.4929
50.61380.8930.10724.40910.59830.81320.02450.01910.06570.1132-0.07310.44310.0828-0.15520.0486-0.1718-0.0179-0.0191-0.1454-0.03170.158220.2222-20.411536.1041
61.80640.3578-0.06760.8438-0.19750.531-0.0081-0.0136-0.1837-0.1021-0.0332-0.1093-0.00330.21880.0412-0.0650.04960.0293-0.0888-0.02940.073174.3961-3.276236.784
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|244 }A2 - 244
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|244 }B2 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|2 - C|244 }C2 - 244
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|2 - D|244 }D2 - 244
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|2 - E|244 }E2 - 244
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|2 - F|244 }F2 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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