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- PDB-7jya: Crystal structure of E3 ligase in complex with peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jya
タイトルCrystal structure of E3 ligase in complex with peptide
要素
  • ASN-ARG-ARG-ARG-ARG-TRP-ARG-GLU-ARG-GLN-ARG
  • Protein fem-1 homolog C
キーワードLIGASE / UPS / ubiquitin / E3 ligase / protein degradation / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleolus / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation ...host cell nucleolus / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA transport / Binding and entry of HIV virion / ubiquitin ligase complex / viral process / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / Neddylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / host cell cytoplasm / protein ubiquitination / DNA-binding transcription factor activity / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Anti-repression trans-activator protein, REV protein / REV protein (anti-repression trans-activator protein) / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Rev / Protein fem-1 homolog C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Yan, X. / Dong, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Min, J.R. / Dong, C. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for ubiquitin ligase CRL2 FEM1C -mediated recognition of C-degron.
著者: Yan, X. / Wang, X. / Li, Y. / Zhou, M. / Li, Y. / Song, L. / Mi, W. / Min, J. / Dong, C.
履歴
登録2020年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein fem-1 homolog C
B: Protein fem-1 homolog C
C: Protein fem-1 homolog C
D: ASN-ARG-ARG-ARG-ARG-TRP-ARG-GLU-ARG-GLN-ARG
E: ASN-ARG-ARG-ARG-ARG-TRP-ARG-GLU-ARG-GLN-ARG
F: ASN-ARG-ARG-ARG-ARG-TRP-ARG-GLU-ARG-GLN-ARG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,30411
ポリマ－128,3046
非ポリマー05
水34219
1
A: Protein fem-1 homolog C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0923
ポリマ－41,0921
非ポリマー02
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein fem-1 homolog C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0924
ポリマ－41,0921
非ポリマー03
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein fem-1 homolog C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0921
ポリマ－41,0921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ASN-ARG-ARG-ARG-ARG-TRP-ARG-GLU-ARG-GLN-ARG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6761
ポリマ－1,6761
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: ASN-ARG-ARG-ARG-ARG-TRP-ARG-GLU-ARG-GLN-ARG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6761
ポリマ－1,6761
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: ASN-ARG-ARG-ARG-ARG-TRP-ARG-GLU-ARG-GLN-ARG


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 1.68 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6761
ポリマ－1,6761
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.133, 100.133, 287.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12C
22A
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYALAALABB310 - 313310 - 313
21GLYGLYALAALAAA310 - 313310 - 313
12GLYGLYALAALACC310 - 313310 - 313
22GLYGLYALAALAAA310 - 313310 - 313
13THRTHRILEILEAA281 - 283281 - 283
23THRTHRILEILEBB281 - 283281 - 283

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.80648, 0.556626, -0.199393), (0.373774, -0.218662, 0.901377), (0.45813, -0.80147, -0.384399)-25.87109, 81.556839, -44.544449

-
要素

#1: タンパク質 Protein fem-1 homolog C / FEM1c / FEM1-gamma


分子量: 41092.117 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FEM1C, KIAA1785 / プラスミド: pET15-MKH8SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -V3R / 参照: UniProt: Q96JP0
#2: タンパク質・ペプチド ASN-ARG-ARG-ARG-ARG-TRP-ARG-GLU-ARG-GLN-ARG


分子量: 1675.927 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04618*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 % / Mosaicity: 0.275 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 16% Jeffamine M-600 pH 7.0 and 0.1 M HEPES 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→50 Å / Num. obs: 53959 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 0.866 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 366983
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.46-2.56.70.9726920.8520.3971.0510.67999.9
2.5-2.556.50.81826070.8970.3410.8890.69399.8
2.55-2.66.30.73626360.8760.3110.8020.69999.7
2.6-2.655.80.57926620.9230.2550.6350.70499.3
2.65-2.716.10.50926390.9460.2180.5560.69699.4
2.71-2.777.20.41926790.9580.1660.4520.706100
2.77-2.847.20.37126370.9660.1460.40.731100
2.84-2.927.30.2826790.9840.110.3020.734100
2.92-37.20.2226620.990.0870.2370.74100
3-3.17.10.18126960.9930.0720.1950.785100
3.1-3.2170.13726670.9940.0550.1480.82599.7
3.21-3.3470.11427150.9960.0460.1240.84299.7
3.34-3.496.80.08226480.9970.0340.0890.90499.8
3.49-3.676.60.06327160.9980.0260.0681.04199.9
3.67-3.95.90.0526850.9980.0220.0551.15698.9
3.9-4.217.10.04427110.9990.0180.0481.1899.6
4.21-4.637.50.03827430.9990.0150.0411.17299.7
4.63-5.37.40.03527620.9990.0130.0371.07199.6
5.3-6.6770.03227940.9990.0130.0350.91798.9
6.67-506.40.02529290.9980.0110.0270.96497.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MA4

5ma4


解像度: 2.46→47.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 23.403 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.375 / ESU R Free: 0.262
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2603 1784 3.3 %RANDOM
Rwork0.2204 ---
obs0.2218 52135 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.65 Å2 / Biso mean: 66.136 Å2 / Biso min: 14.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.18 Å2-0 Å2
3----2.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.46→47.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8448 0 5 21 8474
Biso mean--55.77 52.33 -
残基数----1133
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0138605
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2491.63611678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2271.57217807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.46751126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.21622.015397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.934151365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.821553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.21170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021784
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1B20MEDIUM POSITIONAL0.030.5
1B23TIGHT THERMAL4.20.5
1B20MEDIUM THERMAL3.232
2C20MEDIUM POSITIONAL0.030.5
2C23TIGHT THERMAL2.420.5
2C20MEDIUM THERMAL2.112
3A15MEDIUM POSITIONAL0.030.5
3A18TIGHT THERMAL5.40.5
3A15MEDIUM THERMAL5.292
LS精密化 シェル解像度: 2.46→2.524 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 129 -
Rwork0.298 3749 -
all-3878 -
obs--98.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7301-0.115-0.7830.84620.23551.39870.1654-0.16840.08280.0701-0.12680.0962-0.1738-0.0797-0.03860.0545-0.04710.02780.379-0.09850.03493.660837.5735-28.6873
20.63230.0510.20370.08670.3923.51850.15470.00420.1441-0.08460.01760.0447-0.2605-0.5566-0.17240.30080.0702-0.05970.41820.08350.14885.134347.4133-62.8247
31.40820.32530.09872.2872-0.59322.39240.198-0.0375-0.4928-0.34960.14290.3560.4755-0.2904-0.34080.17780.0288-0.18470.51920.01370.322516.948616.287-54.4378
47.4792-0.079-1.17711.61172.65964.58370.06950.50940.0039-0.13570.1212-0.1958-0.18950.1802-0.19060.27310.03420.04060.38680.04480.44874.188138.3523-33.5539
52.08522.285-2.81618.28123.948812.53420.30230.1321-0.27150.92890.1416-1.02530.4906-0.3686-0.44390.43930.0988-0.12880.6136-0.08720.39425.317943.8345-61.6739
62.3152-0.6105-4.09131.8699-0.77339.27540.075-0.01910.10590.57310.1196-0.0477-0.6816-0.1431-0.19460.4475-0.0311-0.06820.43340.02690.481312.307815.8016-47.7072
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 371
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 371
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 371
4X-RAY DIFFRACTION4D15 - 24
5X-RAY DIFFRACTION5E17 - 24
6X-RAY DIFFRACTION6F19 - 24

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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