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- PDB-6xia: REFINEMENT OF GLUCOSE ISOMERASE FROM STREPTOMYCES ALBUS AT 1.65 A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xia
タイトルREFINEMENT OF GLUCOSE ISOMERASE FROM STREPTOMYCES ALBUS AT 1.65 ANGSTROMS WITH DATA FROM AN IMAGING PLATE
要素D-XYLOSE ISOMERASE
キーワードISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces albus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Dauter, Z. / Terry, H. / Wilson, K.S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1990
タイトル: Refinement of glucose isomerase from Streptomyces albus at 1.65 A with data from an imaging plate.
著者: Dauter, Z. / Terry, H. / Witzel, H. / Wilson, K.S.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1989
タイトル: Crystallization and Preliminary Analysis of Glucose Isomerase from Streptomyces Albus
著者: Dauter, Z. / Dauter, M. / Hemker, J. / Witzel, H. / Wilson, K.S.
履歴
登録1990年9月13日処理サイト: BNL
改定 1.01991年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-XYLOSE ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1311
ポリマ－43,1311
非ポリマー00
水8,179454
1
A: D-XYLOSE ISOMERASE

A: D-XYLOSE ISOMERASE

A: D-XYLOSE ISOMERASE

A: D-XYLOSE ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,5244
ポリマ－172,5244
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area30730 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area46220 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)93.900, 99.700, 102.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Atom site foot note1: RESIDUE 186 IS A CIS PROLINE.
2: ATOMS WITH AN OCCUPANCY OF 0.0 WERE NOT LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY MAPS.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-548-

HOH

21A-797-

HOH

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要素

#1: タンパク質 D-XYLOSE ISOMERASE


分子量: 43131.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces albus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24299, xylose isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.92 %
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 7.5 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlenzyme11
20.005 MHEPES11
31 Mammonium sulphate11

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.65 Å / Num. obs: 54575 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / Num. measured all: 224189 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Biso Wilson estimate: 14.3 Å2
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 0.165 Å / Rmerge(I) obs: 0.126

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.65→8 Å
詳細: ATOMS WITH AN OCCUPANCY OF 0.0 WERE NOT LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY MAPS.
Rfactor反射数
obs0.141 54385
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3045 0 0 454 3499
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0340.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0460.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1660.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1810.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2770.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1980.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.15
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.915
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor32.920
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.141
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_dihedral_angle_d / Dev ideal target: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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