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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xia | ||||||
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タイトル | REFINEMENT OF GLUCOSE ISOMERASE FROM STREPTOMYCES ALBUS AT 1.65 ANGSTROMS WITH DATA FROM AN IMAGING PLATE | ||||||
![]() | D-XYLOSE ISOMERASE | ||||||
![]() | ISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Dauter, Z. / Terry, H. / Wilson, K.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Refinement of glucose isomerase from Streptomyces albus at 1.65 A with data from an imaging plate. 著者: Dauter, Z. / Terry, H. / Witzel, H. / Wilson, K.S. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary Analysis of Glucose Isomerase from Streptomyces Albus 著者: Dauter, Z. / Dauter, M. / Hemker, J. / Witzel, H. / Wilson, K.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 415.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE 186 IS A CIS PROLINE. 2: ATOMS WITH AN OCCUPANCY OF 0.0 WERE NOT LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY MAPS. | |||||||||
Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43131.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.92 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / pH: 7.5 / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.65 Å / Num. obs: 54575 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / Num. measured all: 224189 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Biso Wilson estimate: 14.3 Å2 |
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反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 0.165 Å / Rmerge(I) obs: 0.126 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.65→8 Å 詳細: ATOMS WITH AN OCCUPANCY OF 0.0 WERE NOT LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY MAPS.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_dihedral_angle_d / Dev ideal target: 5 |