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- PDB-6xi2: Apo form of POMGNT2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xi2
タイトルApo form of POMGNT2
要素
  • (Protein O-linked-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase ...) x 4
  • ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA
  • ALA-GLY-ALA-GLY-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA
キーワードTRANSFERASE / muscular dystrophy / alpha-dystroglycan / O-mannosylation / POMGNT2
機能・相同性
機能・相同性情報


protein O-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase / O-linked glycosylation / protein O-linked glycosylation via mannose / protein O-acetylglucosaminyltransferase activity / acetylglucosaminyltransferase activity / protein O-linked glycosylation / neuron migration / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase 61 / : / Glycosyltransferase 61 / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Protein O-linked-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Halmo, S.M. / Yeh, J. / Wells, L. / Moremen, K.W. / Lanzilotta, W.N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase 2: structural basis for inherited muscular dystrophies.
著者: Yang, J.Y. / Halmo, S.M. / Praissman, J. / Chapla, D. / Singh, D. / Wells, L. / Moremen, K.W. / Lanzilotta, W.N.
履歴
登録2020年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein O-linked-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase 2
B: Protein O-linked-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase 2
D: Protein O-linked-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase 2
C: Protein O-linked-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase 2
G: ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA
H: ALA-GLY-ALA-GLY-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,84134
ポリマ－243,8036
非ポリマー3,03828
水2,666148
1
A: Protein O-linked-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase 2
B: Protein O-linked-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase 2
H: ALA-GLY-ALA-GLY-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,73119
ポリマ－121,9593
非ポリマー1,77216
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Protein O-linked-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase 2
C: Protein O-linked-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase 2
G: ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,11015
ポリマ－121,8443
非ポリマー1,26612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.322, 153.979, 187.494
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Protein O-linked-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase ... , 4種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質 Protein O-linked-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase 2 / POMGnT2 / Extracellular O-linked N-acetylglucosamine transferase-like / Glycosyltransferase-like ...POMGnT2 / Extracellular O-linked N-acetylglucosamine transferase-like / Glycosyltransferase-like domain-containing protein 2


分子量: 61017.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POMGNT2, AGO61, C3orf39, EOGTL, GTDC2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8NAT1, protein O-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase
#2: タンパク質 Protein O-linked-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase 2 / POMGnT2 / Extracellular O-linked N-acetylglucosamine transferase-like / Glycosyltransferase-like ...POMGnT2 / Extracellular O-linked N-acetylglucosamine transferase-like / Glycosyltransferase-like domain-containing protein 2


分子量: 60240.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POMGNT2, AGO61, C3orf39, EOGTL, GTDC2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8NAT1, protein O-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase
#3: タンパク質 Protein O-linked-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase 2 / POMGnT2 / Extracellular O-linked N-acetylglucosamine transferase-like / Glycosyltransferase-like ...POMGnT2 / Extracellular O-linked N-acetylglucosamine transferase-like / Glycosyltransferase-like domain-containing protein 2


分子量: 60972.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POMGNT2, AGO61, C3orf39, EOGTL, GTDC2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8NAT1, protein O-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase
#4: タンパク質 Protein O-linked-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase 2 / POMGnT2 / Extracellular O-linked N-acetylglucosamine transferase-like / Glycosyltransferase-like ...POMGnT2 / Extracellular O-linked N-acetylglucosamine transferase-like / Glycosyltransferase-like domain-containing protein 2


分子量: 60143.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POMGNT2, AGO61, C3orf39, EOGTL, GTDC2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8NAT1, protein O-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 GH

#5: タンパク質・ペプチド ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA


分子量: 728.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: タンパク質・ペプチド ALA-GLY-ALA-GLY-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA


分子量: 700.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 1種, 3分子

#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 173分子

#8: 化合物...
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M potassium/sodium tartrate, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.9, 10% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月13日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→50 Å / Num. obs: 131723 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 14.6 % / CC1/2: 0.864 / CC star: 0.963 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.57→2.66 Å / Num. unique obs: 12111 / CC1/2: 0.864 / CC star: 0.963

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.57→45.99 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2373 2018 1.55 %
Rwork0.2135 128275 -
obs0.2138 130293 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 144.08 Å2 / Biso mean: 48.964 Å2 / Biso min: 21.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.57→45.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16873 0 167 148 17188
Biso mean--67.95 42.2 -
残基数----2106
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.57-2.630.31731500.258203835390
2.63-2.70.27841300.24389147927799
2.7-2.780.27481350.251790989233100
2.78-2.870.29921540.255891579311100
2.87-2.970.32031430.259791279270100
2.97-3.090.33591400.25191889328100
3.09-3.230.25371530.246691909343100
3.23-3.40.24441440.238591859329100
3.4-3.620.24221380.209892269364100
3.62-3.90.21471520.194892389390100
3.9-4.290.19971410.18692649405100
4.29-4.910.19341450.17593329477100
4.91-6.180.21191460.198993909536100
6.18-45.990.22521470.21279530967798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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