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- PDB-6mw7: Crystal structure of ATPase module of SMCHD1 bound to ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mw7
タイトルCrystal structure of ATPase module of SMCHD1 bound to ATP
要素Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
キーワードHYDROLASE / GHKL-ATPase / epigenetic repressor / Bosma arhinia microphthalmia / fascioscapulohumeral muscular dystrophy type 2
機能・相同性
機能・相同性情報


nose development / Barr body / dosage compensation by inactivation of X chromosome / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / chromosome organization / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of DNA repair / double-strand break repair / site of double-strand break ...nose development / Barr body / dosage compensation by inactivation of X chromosome / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / chromosome organization / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of DNA repair / double-strand break repair / site of double-strand break / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1 / SMCHD1, ribosomal S5 domain 2-like domain / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.194 Å
データ登録者Pedersen, L.C. / Inoue, K. / Kim, S. / Perera, L. / Shaw, N.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS) 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / : 2019
タイトル: A ubiquitin-like domain is required for stabilizing the N-terminal ATPase module of human SMCHD1.
著者: Pedersen, L.C. / Inoue, K. / Kim, S. / Perera, L. / Shaw, N.D.
履歴
登録2018年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
B: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
C: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
D: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,23114
ポリマ-260,9864
非ポリマー2,24510
16,700927
1
A: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
B: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,5566
ポリマ-130,4932
非ポリマー1,0634
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area43880 Å2
手法PISA
2
C: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
D: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,6758
ポリマ-130,4932
非ポリマー1,1826
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8360 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area43880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.756, 148.012, 191.138
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1 / SMC hinge domain-containing protein 1


分子量: 65246.504 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 24-580 / 変異: E147A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMCHD1, KIAA0650 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)
参照: UniProt: A6NHR9, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

-
非ポリマー , 5種, 937分子

#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 927 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25 mM Bis Tris Propane pH 6.8, 50mM Ammonium sulfate, 5% glycerol, 7.5% PEG 8000, 5mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 153427 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 9.1 % / Rpim(I) all: 0.039 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6560 / CC1/2: 0.841 / Rpim(I) all: 0.287 / Rsym value: 0.799 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.194→47.785 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2301 7708 5.04 %random selection
Rwork0.1965 ---
obs0.1982 152943 96.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.194→47.785 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16207 0 134 927 17268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00416735
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66422706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0446098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042919
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.194-2.2190.35412290.33083780X-RAY DIFFRACTION77
2.219-2.24510.38112100.32234372X-RAY DIFFRACTION88
2.2451-2.27240.35812490.30384411X-RAY DIFFRACTION90
2.2724-2.30120.31462420.29354597X-RAY DIFFRACTION93
2.3012-2.33150.28862640.28564682X-RAY DIFFRACTION95
2.3315-2.36340.3042390.28694801X-RAY DIFFRACTION96
2.3634-2.39720.30332620.27224854X-RAY DIFFRACTION99
2.3972-2.4330.29282740.26824909X-RAY DIFFRACTION99
2.433-2.4710.29462400.25754857X-RAY DIFFRACTION97
2.471-2.51150.29382510.25594671X-RAY DIFFRACTION95
2.5115-2.55480.28232740.23954921X-RAY DIFFRACTION99
2.5548-2.60120.24132390.2364966X-RAY DIFFRACTION100
2.6012-2.65130.26732590.23334972X-RAY DIFFRACTION100
2.6513-2.70540.24782420.2294944X-RAY DIFFRACTION100
2.7054-2.76420.24653060.22454889X-RAY DIFFRACTION100
2.7642-2.82850.25282590.2184981X-RAY DIFFRACTION100
2.8285-2.89920.23272720.21284944X-RAY DIFFRACTION100
2.8992-2.97760.25372570.2114983X-RAY DIFFRACTION100
2.9776-3.06520.23592610.1984972X-RAY DIFFRACTION100
3.0652-3.16410.23942700.20774934X-RAY DIFFRACTION100
3.1641-3.27720.24552410.20485018X-RAY DIFFRACTION100
3.2772-3.40840.23852580.19684981X-RAY DIFFRACTION100
3.4084-3.56340.18582770.17934918X-RAY DIFFRACTION99
3.5634-3.75120.19042210.17044699X-RAY DIFFRACTION93
3.7512-3.98620.20532510.16365021X-RAY DIFFRACTION100
3.9862-4.29380.17132550.14885026X-RAY DIFFRACTION100
4.2938-4.72550.16312580.14165086X-RAY DIFFRACTION100
4.7255-5.40850.19672810.15265053X-RAY DIFFRACTION100
5.4085-6.8110.25272770.18555067X-RAY DIFFRACTION99
6.811-47.79580.23142900.18524926X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.83230.94552.07243.11980.13977.6373-0.29760.9381-0.1074-0.41950.29050.07070.36650.248-0.02060.7505-0.0515-0.06690.64870.00860.402422.106651.98144.3088
25.28622.6325.94671.31962.96746.6944-0.77361.0177-0.1257-1.90080.90961.3585-0.9992-0.5436-0.10181.0923-0.2256-0.30551.14350.09090.646417.651242.427235.4664
37.25982.1391.88592.42611.88795.76780.0920.2137-0.2255-0.47790.01230.53341.0207-0.7947-0.09440.8225-0.1627-0.06410.5923-0.03570.461215.715848.623250.8541
40.3850.65750.71743.45491.77661.834-0.0188-0.02260.0035-0.1144-0.05790.30550.0517-0.18770.0680.36460.0042-0.03410.30490.03850.370625.883575.425181.2431
55.1071-0.47980.94743.0215-0.15622.89830.130.20640.6105-0.0864-0.053-0.0654-0.6266-0.1001-0.0120.5504-0.02080.06290.2790.0120.377728.137796.359183.7331
61.1647-0.2663-1.05318.56151.64613.04780.0519-0.0704-0.0033-0.54380.1623-0.5381-0.15050.5688-0.16180.34420.00210.00750.3627-0.0010.351439.131681.302476.3043
70.3818-0.1230.27561.45070.08812.28480.07480.05070.143-0.4615-0.05520.1262-0.3342-0.1079-0.00180.48120.0251-0.02440.32740.02330.411827.436688.88575.6108
80.6212-0.2461.11611.8479-1.58692.5423-0.0735-0.2960.110.22630.13670.0469-0.3816-0.232-0.05010.3538-0.02120.00980.3973-0.04180.379533.802387.1634104.4597
91.838-0.37181.38952.0546-0.38873.98010.0601-0.2326-0.14830.19140.0214-0.07690.2927-0.0885-0.05670.2546-0.0119-0.01370.34060.0290.344737.788571.5814105.8041
103.894-2.0442-2.0522.80231.79582.1157-0.1041-0.5189-0.05470.210.0418-0.0335-0.01770.26050.06820.43310.0056-0.02880.61910.01820.356144.098277.8518122.4274
113.60352.6199-1.21174.0473-0.36733.8035-0.0740.5972-0.0367-1.05890.1745-0.3872-0.68710.5839-0.08480.9968-0.05020.11380.59160.00160.485840.757789.299552.9868
123.24882.5507-1.53014.1033-0.48113.11990.0738-0.22040.07920.1489-0.10820.2020.10490.01120.03770.37720.0755-0.03270.27690.01430.379223.262456.868684.5821
131.67060.4886-0.22773.6768-0.28982.44290.07090.1258-0.1089-0.3113-0.05040.13510.2527-0.0161-0.04340.4116-0.0004-0.040.2739-0.02780.296723.184451.206576.2536
145.01950.9984-2.87272.7556-1.15494.41190.15790.41560.236-0.21230.02050.54970.0174-0.652-0.18230.3977-0.046-0.07570.317-0.0270.384315.875459.254582.5388
154.97242.48730.32864.2463-0.02332.4032-0.04550.2136-0.0806-0.43270.1013-0.08690.270.0185-0.03920.66450.03410.01030.311-0.00990.327729.282253.316665.89
169.3745-0.22810.18482.55441.44643.6418-0.2858-0.1137-0.3757-0.49090.1021-0.06960.38420.12730.18090.76190.03180.04040.33520.00950.43829.719938.228570.7366
173.4249-0.4167-1.49462.53970.24764.32230.057-0.34110.04560.2936-0.07140.05350.26620.09380.02320.4313-0.0239-0.0120.22550.0120.355823.044448.646391.1364
181.558-0.7096-2.05792.24221.63412.9895-0.0689-0.14570.05170.4766-0.00230.27840.3955-0.03620.10210.5486-0.06740.03830.40150.00550.480514.476950.9896103.044
191.45950.0236-1.03172.1837-0.57285.75910.1134-0.16460.15870.4669-0.02170.5454-0.4779-0.4412-0.05640.4639-0.0070.08160.4345-0.04490.57219.964166.1155102.5524
202.7867-0.60412.93341.7403-0.51243.0630.1467-0.40560.33060.08420.15270.88190.0049-1.0567-0.27110.8421-0.02240.31270.8434-0.01510.8491-1.320360.5995115.5694
216.21520.5661-1.58293.02930.74545.1262-0.14960.80390.1609-0.3430.1912-0.1676-0.41350.3833-0.0560.8125-0.13480.07240.65010.02830.4221-19.237197.592679.7424
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371.2084-0.70031.11941.8613-1.41961.4807-0.248-0.2510.03520.60840.1544-0.3552-0.3242-0.0720.11520.75830.0079-0.14890.4001-0.0460.5113-15.666896.8351135.2606
381.7113-0.42140.77272.9944-0.13913.8511-0.1289-0.2395-0.06980.63940.0991-0.54090.05770.29970.00810.50010.0335-0.11540.38260.00850.5106-10.825381.9564135.1424
394.1474-4.9732-3.17429.1956-1.45642.00090.1199-3.18420.64521.92180.1283-2.30050.33492.5231-0.07040.76180.1025-0.3941.22360.04951.2135.046878.386142.2782
404.735-0.3824-1.64195.31241.39255.442-0.3812-0.52410.11411.26740.228-0.996-0.35311.0820.14191.05220.0679-0.45150.6951-0.07130.8056-1.79388.8642150.6899
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 25:65)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 66:69)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 70:111)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 112:157)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 158:181)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 182:221)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 222:339)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 340:465)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 466:547)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 548:578)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 26:119)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 120:164)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 165:206)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 207:249)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 250:291)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 292:316)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 317:372)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 373:464)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and (resid 465:495 or resid 499:548))
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 549:574)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 25:107)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 108:128)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain C and resid 129:157)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain C and resid 158:177)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain C and resid 178:192)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain C and resid 193:257)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain C and resid 258:316)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain C and resid 317:372)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain C and resid 373:480)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain C and resid 481:577)
31X-RAY DIFFRACTION31(chain D and resid 26:87)
32X-RAY DIFFRACTION32(chain D and resid 88:138)
33X-RAY DIFFRACTION33(chain D and resid 139:181)
34X-RAY DIFFRACTION34(chain D and resid 182:290)
35X-RAY DIFFRACTION35(chain D and resid 291:316)
36X-RAY DIFFRACTION36(chain D and resid 317:372)
37X-RAY DIFFRACTION37(chain D and resid 373:446)
38X-RAY DIFFRACTION38(chain D and resid 463:551)
39X-RAY DIFFRACTION39(chain D and resid 552:555)
40X-RAY DIFFRACTION40(chain D and resid 556:572)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る