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- PDB-3mjk: Structure of a growth factor precursor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mjk
タイトルStructure of a growth factor precursor
要素Platelet-derived growth factor subunit A
キーワードHORMONE / cystine-knot / growth factor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by epithelial-mesenchymal signaling / embryonic lung development / negative regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / platelet-derived growth factor complex / platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor-ligand complex / platelet-derived growth factor binding / Signaling by PDGF / cell activation ...regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by epithelial-mesenchymal signaling / embryonic lung development / negative regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / platelet-derived growth factor complex / platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor-ligand complex / platelet-derived growth factor binding / Signaling by PDGF / cell activation / cell projection assembly / regulation of smooth muscle cell migration / platelet-derived growth factor receptor binding / digestive tract development / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / negative chemotaxis / skin development / lung alveolus development / positive regulation of protein autophosphorylation / microvillus / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cell division / Non-integrin membrane-ECM interactions / negative regulation of platelet activation / hair follicle development / collagen binding / positive regulation of MAP kinase activity / Downstream signal transduction / platelet alpha granule lumen / animal organ morphogenesis / regulation of actin cytoskeleton organization / growth factor activity / wound healing / bone development / response to wounding / Golgi lumen / positive regulation of fibroblast proliferation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Platelet degranulation / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / angiogenesis / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / protein heterodimerization activity / Golgi membrane / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Platelet-derived growth factor, N-terminal / Platelet-derived growth factor, N terminal region / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines ...Platelet-derived growth factor, N-terminal / Platelet-derived growth factor, N terminal region / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Platelet-derived growth factor subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Liu, H. / He, X.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structures of a platelet-derived growth factor/propeptide complex and a platelet-derived growth factor/receptor complex.
著者: Shim, A.H. / Liu, H. / Focia, P.J. / Chen, X. / Lin, P.C. / He, X.
履歴
登録2010年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet-derived growth factor subunit A
B: Platelet-derived growth factor subunit A
E: Platelet-derived growth factor subunit A
F: Platelet-derived growth factor subunit A
X: Platelet-derived growth factor subunit A
Y: Platelet-derived growth factor subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4026
ポリマ－116,4026
非ポリマー00
水13,637757
1
A: Platelet-derived growth factor subunit A
B: Platelet-derived growth factor subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8012
ポリマ－38,8012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area15210 Å2
手法PISA
2
E: Platelet-derived growth factor subunit A
F: Platelet-derived growth factor subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8012
ポリマ－38,8012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area14630 Å2
手法PISA
3
X: Platelet-derived growth factor subunit A
Y: Platelet-derived growth factor subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8012
ポリマ－38,8012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area14890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.841, 119.208, 146.712
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Platelet-derived growth factor subunit A / PDGF subunit A / Platelet-derived growth factor A chain / Platelet-derived growth factor alpha ...PDGF subunit A / Platelet-derived growth factor A chain / Platelet-derived growth factor alpha polypeptide / PDGF-1


分子量: 19400.377 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 21-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDGF1, PDGFA / プラスミド: pVL1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: P04085
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 757 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.3 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.0 M sodium citrate, 0.1 M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月14日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 46182 / Num. obs: 45306 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 5661 / Rsym value: 0.566 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry: 1PDG

1pdg


解像度: 2.4→48.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2735506.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1782 5.1 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 35193 98.6 %-
all-35692 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.3119 Å2 / ksol: 0.293525 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 65.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.96 Å20 Å20 Å2
2---9.22 Å20 Å2
3----2.74 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.67 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5975 0 0 757 6732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.961.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it10.332
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it13.712.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 321 5.6 %
Rwork0.385 5384 -
obs-5705 97.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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