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- PDB-5jp2: Fcho1 Mu homology domain (Danio Rerio) with bound Eps15 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jp2
タイトルFcho1 Mu homology domain (Danio Rerio) with bound Eps15 peptide
要素
  • Epidermal growth factor receptor substrate 15
  • F-BAR domain only protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / FCHO Eps15 Mu homology domain Endocytosis
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic endocytic zone / Golgi to endosome transport / clathrin coat of coated pit / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / clathrin coat assembly / vesicle organization / endocytic recycling / aggresome / endosomal transport / positive regulation of receptor recycling ...postsynaptic endocytic zone / Golgi to endosome transport / clathrin coat of coated pit / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / clathrin coat assembly / vesicle organization / endocytic recycling / aggresome / endosomal transport / positive regulation of receptor recycling / polyubiquitin modification-dependent protein binding / clathrin-coated pit / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / basal plasma membrane / EGFR downregulation / Negative regulation of MET activity / SH3 domain binding / endocytosis / protein transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of cell population proliferation / Clathrin-mediated endocytosis / early endosome membrane / cadherin binding / apical plasma membrane / symbiont entry into host cell / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / glutamatergic synapse / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FCHo1, F-BAR domain / : / GEM-interacting protein-like, FCH domain / Muniscin C-terminal / Muniscin C-terminal mu homology domain / EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Fes/CIP4 homology domain ...FCHo1, F-BAR domain / : / GEM-interacting protein-like, FCH domain / Muniscin C-terminal / Muniscin C-terminal mu homology domain / EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Ubiquitin-interacting motif. / AH/BAR domain superfamily / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
F-BAR domain only protein 1 / : / Epidermal growth factor receptor substrate 15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者McCoy, A.J. / Wrobel, A. / Owen, D.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust090909Z 英国
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2016
タイトル: Transient Fcho1/2Eps15/RAP-2 Nanoclusters Prime the AP-2 Clathrin Adaptor for Cargo Binding.
著者: Ma, L. / Umasankar, P.K. / Wrobel, A.G. / Lymar, A. / McCoy, A.J. / Holkar, S.S. / Jha, A. / Pradhan-Sundd, T. / Watkins, S.C. / Owen, D.J. / Traub, L.M.
履歴
登録2016年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Epidermal growth factor receptor substrate 15
A: F-BAR domain only protein 1
F: Epidermal growth factor receptor substrate 15
B: F-BAR domain only protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2245
ポリマ－68,1594
非ポリマー651
水72140
1
E: Epidermal growth factor receptor substrate 15
A: F-BAR domain only protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1453
ポリマ－34,0792
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15130 Å2
手法PISA
2
F: Epidermal growth factor receptor substrate 15
B: F-BAR domain only protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0792
ポリマ－34,0792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)239.778, 239.778, 44.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Epidermal growth factor receptor substrate 15 / Protein Eps15 / Protein AF-1p


分子量: 2849.990 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 615-637 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPS15, AF1P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42566
#2: タンパク質 F-BAR domain only protein 1


分子量: 31229.480 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 615-900 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: fcho1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0R4IJ14, UniProt: A0A0R4IA99*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.63 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM Bis-Tris propane pH, 6.0, 200 mM sodium citrate, 22% PEG 3350 and 10 mM DTT Crystals were cryopretetcted in 22% glycerol before flash cooling

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92001 1.60
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.920011
21.61
反射解像度: 2.4→45.314 Å / Num. obs: 35451 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): -99 / Observed criterion σ(I): -99 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 1.401 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→45.314 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 1799 5.07 %
Rwork0.1992 --
obs0.201 35451 95.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.314 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4427 0 1 40 4468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9166427
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9962824
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052707
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006845
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4002-2.46510.36791400.3222692X-RAY DIFFRACTION99
2.4651-2.53760.32331610.31412619X-RAY DIFFRACTION99
2.5376-2.61950.38441600.29132656X-RAY DIFFRACTION99
2.6195-2.71310.30731180.28242673X-RAY DIFFRACTION98
2.7131-2.82170.31951500.27122609X-RAY DIFFRACTION98
2.8217-2.95010.33931170.26862685X-RAY DIFFRACTION97
2.9501-3.10560.2851280.24562545X-RAY DIFFRACTION95
3.1056-3.30020.25311170.22412257X-RAY DIFFRACTION84
3.3002-3.55490.26971600.21632622X-RAY DIFFRACTION98
3.5549-3.91240.19421620.18372625X-RAY DIFFRACTION98
3.9124-4.47820.22091330.15812645X-RAY DIFFRACTION97
4.4782-5.64030.16481420.1452550X-RAY DIFFRACTION95
5.6403-45.32180.17571110.16552474X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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