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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4d2p | |||||||||
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Title | Structure of MELK in complex with inhibitors | |||||||||
![]() | MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / FRAGMENT STERBASED DRUG DESIGN / KINASE | |||||||||
Function / homology | ![]() neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell cortex / cell population proliferation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase ...neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell cortex / cell population proliferation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / lipid binding / apoptotic process / calcium ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() | |||||||||
![]() | Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. ...Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. / Hamlett, C.C.F. / Howard, S. / Meerpoel, L. / McMenamin, R. / Patel, S. / Rees, D.C. / Sharff, A. / Sommen, F. / Wu, T. / Linders, J.T.M. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Fragment-Based Discovery of Type I Inhibitors of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase Authors: Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. / Hamlett, C.C.F. / Howard, S. / ...Authors: Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. / Hamlett, C.C.F. / Howard, S. / Meerpoel, L. / Mcmenamin, R. / Patel, S. / Rees, D.C. / Sharff, A. / Sommen, F. / Wu, T. / Linders, J.T.M. | |||||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4d2tC ![]() 4d2vC ![]() 4d2wC ![]() 4umpC ![]() 4umqC ![]() 4umrC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 40876.273 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: RESIDUES 1-336 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q14680, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Chemical | ChemComp-6Z7 / #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | HIS TAG ADDED AND C-TERMINAL RESIDUES NOT INCLUDED (304) | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 46 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU SATURN / Detector: CCD / Date: Jul 30, 2009 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: NI FILTER / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→48 Å / Num. obs: 46777 / % possible obs: 84.8 % / Observed criterion σ(I): 0.75 / Redundancy: 1.72 % / Biso Wilson estimate: 80.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 5.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: OTHER Starting model: NONE Resolution: 2.55→41.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8814 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.425 Details: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMSHAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. U VALUES WITH TLS ADDED. THE TEMPERATURE FACTORS OF PARTS OF THIS MODEL ARE VERY HIGH, AND SOME PARTS OF THE ...Details: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMSHAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. U VALUES WITH TLS ADDED. THE TEMPERATURE FACTORS OF PARTS OF THIS MODEL ARE VERY HIGH, AND SOME PARTS OF THE MOLECULE ARE OBVIOUSLY MOBILE
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Displacement parameters | Biso mean: 77.559 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.475 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→41.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.55→2.62 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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