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万見
- PDB-6xhp: Crystal structure of S. aureus TarI (space group C121) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xhp
タイトルCrystal structure of S. aureus TarI (space group C121)
要素Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / cytidylyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


D-ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase / D-ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase activity / poly(ribitol phosphate) teichoic acid biosynthetic process / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / cell wall organization
類似検索 - 分子機能
: / Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase, conserved site / Cytidylyltransferase IspD/TarI / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase signature. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, F.K.K. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 3件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Crystallographic analysis of TarI and TarJ, a cytidylyltransferase and reductase pair for CDP-ribitol synthesis in Staphylococcus aureus wall teichoic acid biogenesis.
著者: Li, F.K.K. / Gale, R.T. / Petrotchenko, E.V. / Borchers, C.H. / Brown, E.D. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2020年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
B: Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4593
ポリマ－58,2642
非ポリマー1941
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.960, 37.905, 87.507
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 9 or (resid 20...
21(chain B and (resid 2 through 148 or (resid 149...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSGLYGLY(chain A and (resid 2 through 9 or (resid 20...AA2 - 92 - 9
12LEULEULEULEU(chain A and (resid 2 through 9 or (resid 20...AA2020
13METMETGLYGLY(chain A and (resid 2 through 9 or (resid 20...AA1 - 2331 - 233
14METMETGLYGLY(chain A and (resid 2 through 9 or (resid 20...AA1 - 2331 - 233
15METMETGLYGLY(chain A and (resid 2 through 9 or (resid 20...AA1 - 2331 - 233
16METMETGLYGLY(chain A and (resid 2 through 9 or (resid 20...AA1 - 2331 - 233
21LYSLYSSERSER(chain B and (resid 2 through 148 or (resid 149...BB2 - 1482 - 148
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 2 through 148 or (resid 149...BB149149
23LYSLYSARGARG(chain B and (resid 2 through 148 or (resid 149...BB2 - 2322 - 232
24LYSLYSARGARG(chain B and (resid 2 through 148 or (resid 149...BB2 - 2322 - 232
25LYSLYSARGARG(chain B and (resid 2 through 148 or (resid 149...BB2 - 2322 - 232
26LYSLYSARGARG(chain B and (resid 2 through 148 or (resid 149...BB2 - 2322 - 232

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要素

#1: タンパク質 Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1


分子量: 29132.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: tarI, SAOUHSC_00225 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q2G1C0, D-ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M MIB buffer, pH 9, 25% PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月23日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.95 Å / Num. obs: 34543 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.0518 / Net I/σ(I): 9.14
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 3 % / Num. unique obs: 3387 / CC1/2: 0.593 / Rpim(I) all: 0.6185 / % possible all: 99.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4JIS

4jis


解像度: 1.9→42.95 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 1727 5 %
Rwork0.1918 32799 -
obs0.1937 34526 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.9 Å2 / Biso mean: 51.9472 Å2 / Biso min: 18.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→42.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3463 0 13 179 3655
Biso mean--64.8 46.36 -
残基数----447
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1326X-RAY DIFFRACTION2.886TORSIONAL
12B1326X-RAY DIFFRACTION2.886TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-1.95590.32531400.3143266999
1.9559-2.0190.34741420.27852704100
2.019-2.09120.28011440.2593272199
2.0912-2.17490.2751430.22972727100
2.1749-2.27390.28281420.22512704100
2.2739-2.39380.27621430.2175271199
2.3938-2.54380.2631450.2072740100
2.5438-2.74010.23951430.19772729100
2.7401-3.01580.27381440.2019272799
3.0158-3.4520.26731460.1957276599
3.452-4.34860.18481440.1627274599
4.3486-42.950.18061510.1575285799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.04143.4089-1.42585.905-1.10254.5263-0.0591-0.10610.75020.0139-0.0432-0.3287-0.25170.75520.08010.20550.0364-0.08280.28630.05640.3131-23.23979.32277.334
21.8670.34850.13312.5909-1.02472.036-0.00890.00210.16610.15350.02670.0332-0.059-0.1646-0.04430.20770.0012-0.02580.1896-0.00720.2418-32.05939.68347.8518
33.8477-0.43510.89030.9636-0.70352.97240.0913-0.2657-0.05120.0028-0.00370.04870.14920.0086-0.08410.2410.0008-0.02490.1611-0.03230.2384-26.6359-4.352617.1063
47.11230.63484.41471.92170.35253.52110.6099-0.8515-0.58750.203-0.0767-0.14550.25350.3264-0.61420.3491-0.0292-0.02810.56160.02660.3581-12.8692-5.461728.8509
52.6905-0.97720.99346.47034.04773.6698-0.2609-0.8160.1960.99050.14680.56140.2945-0.73820.2670.3630.040.05290.42960.02990.2891-37.7221.143623.8699
66.05511.77063.15376.20163.292.8114-0.5029-1.08041.21740.35790.2443-0.3899-0.908-0.04450.25080.7250.0749-0.13380.7397-0.1690.6291-30.24224.772630.9622
79.37992.8297-3.35733.609-4.02318.28630.1443-0.6582-0.03390.164-0.12820.00140.1929-0.0652-0.04530.20010.0226-0.08590.2134-0.03670.2421-22.4758-4.277418.626
84.60684.47964.5984.40344.42824.6336-0.1771.64390.77830.01540.3656-0.44770.41971.794-0.27580.40280.0352-0.04280.67270.11080.5266-9.69532.78225.5561
94.855-1.9913-1.25932.57260.52383.15220.1230.2519-0.1328-0.0259-0.2008-0.10950.70861.71940.0250.43720.299-0.00671.29680.09120.402513.983-10.852418.5892
102.5321-0.761-0.2181.6642-0.81982.74240.09-0.66590.280.1124-0.0742-0.1832-0.06970.6897-0.00540.3142-0.0367-0.06610.5899-0.0480.2534-2.2016-2.226428.2632
117.2891-4.77220.88047.00820.73853.9716-0.2144-0.3572-1.21010.72550.11150.8082.02771.6343-0.00090.88190.22260.03410.93150.12440.4243.6139-13.204436.9427
124.7194-0.82510.36371.70030.38965.02560.18530.34250.15020.009-0.0899-0.06850.27280.1953-0.07540.2349-0.0243-0.03180.44420.02410.268-2.0504-2.791218.4557
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 31 )A1 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 99 )A32 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 100 through 150 )A100 - 150
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 151 through 169 )A151 - 169
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 170 through 182 )A170 - 182
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 183 through 201 )A183 - 201
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 202 through 220 )A202 - 220
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 221 through 233 )A221 - 233
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 99 )B2 - 99
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 100 through 169 )B100 - 169
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 170 through 202 )B170 - 202
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 203 through 232 )B203 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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