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- PDB-6xcp: Immune receptor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xcp
タイトルImmune receptor complex
要素
  • (T-CELL-RECEPTOR, A2.13- ...) x 2
  • Hybrid insulin peptide, MHC class II HLA-DQ8-beta chain fusion
  • MHC class II HLA-DQ-alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / adaptive immune response / endosome membrane / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / MHC class II HLA-DQ-beta-1 / MHC class II HLA-DQ-alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Tran, T.M. / Faridi, P. / Lim, J.J. / Ting, T.Y. / Onwukwe, G. / Bhattacharjee, P. / Jones, M.C. / Tresoldi, E. / Cameron, J.F. / La-Gruta, L.N. ...Tran, T.M. / Faridi, P. / Lim, J.J. / Ting, T.Y. / Onwukwe, G. / Bhattacharjee, P. / Jones, M.C. / Tresoldi, E. / Cameron, J.F. / La-Gruta, L.N. / Purcell, W.A. / Mannering, I.S. / Rossjohn, J. / Reid, H.H.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1123586 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: T cell receptor recognition of hybrid insulin peptides bound to HLA-DQ8.
著者: Tran, M.T. / Faridi, P. / Lim, J.J. / Ting, Y.T. / Onwukwe, G. / Bhattacharjee, P. / Jones, C.M. / Tresoldi, E. / Cameron, F.J. / La Gruta, N.L. / Purcell, A.W. / Mannering, S.I. / Rossjohn, J. / Reid, H.H.
履歴
登録2020年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
C: Hybrid insulin peptide, MHC class II HLA-DQ8-beta chain fusion
D: T-CELL-RECEPTOR, A2.13-alpha chain
E: T-CELL-RECEPTOR, A2.13-beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4708
ポリマ－97,8414
非ポリマー6294
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13420 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area36380 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)65.977, 116.788, 124.187
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-alpha chain


分子量: 21929.256 Da / 分子数: 1 / 変異: I72C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Skin, lymphoid, lungs, stomach and intestines / Cell: B Lymphocytes, dendritic cells, macrophages / 遺伝子: HLA-DQA1 / 器官: Parenchyma / プラスミド: pZip3 / 細胞株 (発現宿主): High Five (BTI-Tn-5B1-4) / 器官 (発現宿主): ovary / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: Q30069
#2: タンパク質 Hybrid insulin peptide, MHC class II HLA-DQ8-beta chain fusion / HIP


分子量: 26070.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Islets of Langerhans / Cell: Beta cells / 器官: Pancreas / プラスミド: pZip3 / 遺伝子: HLA-DQB1 / 細胞株 (発現宿主): High Five (BTI-Tn-5B1-4) / 器官 (発現宿主): ovary / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: O19707

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T-CELL-RECEPTOR, A2.13- ... , 2種, 2分子 DE

#3: タンパク質 T-CELL-RECEPTOR, A2.13-alpha chain


分子量: 22633.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Islets of Langerhans / Cell: Beta cells / 遺伝子: TRAV26-1*01 / 器官: Pancreas / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: タンパク質 T-CELL-RECEPTOR, A2.13-beta chain


分子量: 27207.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Islets of Langerhans / Cell: Beta cells / 遺伝子: TRBV5-1*01 / 器官: Pancreas / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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糖 , 1種, 2分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 37分子

#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.68 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 13% PEG 8000, 0.2M Potassium dihydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→43.73 Å / Num. obs: 15005 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 79.38 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.0686 / Rpim(I) all: 0.0686 / Rrim(I) all: 0.09701 / Net I/σ(I): 8.46
反射 シェル解像度: 3.3→3.418 Å / Rmerge(I) obs: 0.4183 / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique obs: 1466 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.93 / Rpim(I) all: 0.4183 / Rrim(I) all: 0.5916 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z7U

4z7u


解像度: 3.3→43.73 Å / SU ML: 0.4033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.9851
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2683 754 5.03 %
Rwork0.2343 14242 -
obs0.2359 14996 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→43.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6268 0 39 35 6342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00196476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50028845
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0438988
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00381155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.69382274
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.550.29481690.28782761X-RAY DIFFRACTION99.97
3.55-3.910.29631490.26292809X-RAY DIFFRACTION99.97
3.91-4.480.28491370.21242839X-RAY DIFFRACTION100
4.48-5.640.22711460.20722851X-RAY DIFFRACTION100
5.64-43.730.26611530.24032982X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.87604467638-0.298283295232-1.650115348921.62791450044-1.054076671723.538742046552.12950154239-0.367637239378-0.176338207111-0.433416445989-0.770490688313-0.1708922725630.417063823632-1.047187378950.5029892891280.38181362-0.2326318854130.1994273323850.6464936389010.3328543925190.85399618442510.2336262094216.825943568139.630379119
20.6029461963880.4378121788960.9099151196132.852677086332.111348288943.067268172570.378622631994-0.192995048725-0.4979900154070.328666720042-0.242354085848-0.879396995266-0.1521352207640.4528953395820.1754924902680.711561202308-0.0456200751213-0.0347770341570.555744588280.08720837850790.94303046237526.9405876408215.113581309137.718268794
35.35872828772.14745700405-0.5074162152690.871118769028-0.2075179187260.671693064671-0.9826924111591.28499748111-0.708064139267-0.5522087553081.41357719318-1.451769068060.738716781656-0.3101730149450.3126576850670.931595749631-0.0920017045609-3.31052096848E-50.488435496567-0.03406026540440.99179299977521.576604343210.710238488125.67330255
42.996546628370.252526802607-0.7522042829413.21372192514-0.7998747481934.21899903060.199063841816-0.44700812979-0.134457234360.881869471614-0.54640668546-0.104108872571-1.025849072950.285066798770.1673106228650.646455057428-0.0102299558262-0.09609324102050.3571557842330.07273872482520.62698683700927.5519883452225.700033093148.355765583
52.33369124821.127668337640.2651374188533.04906848554-2.418677662052.62425194344-0.587418882525-0.630716250422-0.235333361750.5714647128440.9368973130690.34341259301-0.7001762611491.476373885690.411161575391.070954740030.0503060528318-0.03095054446760.549073091350.1108126384970.98544443004721.5664423105192.325921446145.096741573
60.411594118071.19801588945-0.5158506541814.17171802577-1.840739125951.97297847577-0.12168209825-1.18503116008-0.9789985795381.652020615250.633510945679-1.233189849220.2374645091511.331734074670.5163748122190.8100855789750.114070712809-0.1747759552270.5199509219180.2185218080051.1010250423829.4589478224204.758859112150.986876367
70.6423753634420.42420967186-0.5487612287041.3944248515-0.4178376065470.6022308533960.426675027231-0.695745238051.380316214481.57683829984-1.29458898894-1.94696763168-0.0565871625904-0.690428656620.5734729293820.7772921695210.190080426303-0.001169883356120.799124810809-0.05330530160141.3117358838534.9185749875195.173556204144.380895272
82.541040040212.014167759241.142406942043.353297983020.2218494927115.64934448703-0.347340798707-0.3142410353230.453904788414-0.197534138565-0.9334473352630.519965780489-0.59210083751-1.314746686190.1071485700790.802616897240.115505199656-0.1547440559890.402695602757-0.03393137794331.0314699598420.0345194926212.011596628147.259574602
90.362030154061.430827985140.2775753985934.201569059030.9231376292510.201330472139-0.5559291431450.1097696390340.279003125165-0.0949359716903-0.00791994490668-1.305591526370.8724274504831.133645199410.3041860428030.9600952889310.356812823271-0.04203674891740.6032398760880.1770502031931.2664032669928.4439282227192.316384154146.484468838
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66chain 'A' and (resid 111 through 123 )AA111 - 123113 - 125
77chain 'A' and (resid 124 through 134 )AA124 - 134126 - 136
88chain 'A' and (resid 135 through 146 )AA135 - 146137 - 148
99chain 'A' and (resid 147 through 166 )AA147 - 166149 - 168
1010chain 'A' and (resid 167 through 180 )AA167 - 180169 - 182
1111chain 'C' and (resid 30 through 43 )CC30 - 431 - 14
1212chain 'C' and (resid 44 through 81 )CC44 - 8115 - 52
1313chain 'C' and (resid 82 through 91 )CC82 - 9153 - 62
1414chain 'C' and (resid 92 through 104 )CC92 - 10463 - 75
1515chain 'C' and (resid 105 through 115 )CC105 - 11576 - 86
1616chain 'C' and (resid 116 through 147 )CC116 - 14787 - 111
1717chain 'C' and (resid 148 through 171 )CC148 - 171112 - 135
1818chain 'C' and (resid 172 through 190 )CC172 - 190136 - 154
1919chain 'C' and (resid 191 through 219 )CC191 - 219155 - 183
2020chain 'C' and (resid -2 through 7 )CC-2 - 71 - 10
2121chain 'C' and (resid 8 through 14 )CC8 - 1411 - 17
2222chain 'D' and (resid 2 through 76 )DD2 - 761 - 59
2323chain 'D' and (resid 77 through 120 )DD77 - 12060 - 103
2424chain 'D' and (resid 121 through 152 )DD121 - 152104 - 136
2525chain 'D' and (resid 153 through 167 )DD153 - 167137 - 151
2626chain 'D' and (resid 168 through 217 )DD168 - 217152 - 189
2727chain 'E' and (resid 3 through 86 )EE3 - 861 - 71
2828chain 'E' and (resid 87 through 133 )EE87 - 13372 - 118
2929chain 'E' and (resid 134 through 171 )EE134 - 171119 - 156
3030chain 'E' and (resid 172 through 211 )EE172 - 211157 - 196
3131chain 'E' and (resid 212 through 224 )EE212 - 224197 - 209
3232chain 'E' and (resid 225 through 254 )EE225 - 254210 - 239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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