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- PDB-6xco: Immune receptor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xco
タイトルImmune receptor complex
要素
  • (T-CELL-RECEPTOR, A1.9- ...) x 2
  • Hybrid Insulin Peptide, MHC class II HLA-DQ-beta-1 fusion
  • MHC class II HLA-DQ-alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / adaptive immune response / endosome membrane / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / MHC class II HLA-DQ-beta-1 / MHC class II HLA-DQ-alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tran, T.M. / Faridi, P. / Lim, J.J. / Ting, T.Y. / Onwukwe, G. / Bhattacharjee, P. / Jones, M.C. / Tresoldi, E. / Cameron, J.F. / La-Gruta, L.N. ...Tran, T.M. / Faridi, P. / Lim, J.J. / Ting, T.Y. / Onwukwe, G. / Bhattacharjee, P. / Jones, M.C. / Tresoldi, E. / Cameron, J.F. / La-Gruta, L.N. / Purcell, W.A. / Mannering, I.S. / Rossjohn, J. / Reid, H.H.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1123586 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: T cell receptor recognition of hybrid insulin peptides bound to HLA-DQ8.
著者: Tran, M.T. / Faridi, P. / Lim, J.J. / Ting, Y.T. / Onwukwe, G. / Bhattacharjee, P. / Jones, C.M. / Tresoldi, E. / Cameron, F.J. / La Gruta, N.L. / Purcell, A.W. / Mannering, S.I. / Rossjohn, J. / Reid, H.H.
履歴
登録2020年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
B: Hybrid Insulin Peptide, MHC class II HLA-DQ-beta-1 fusion
D: T-CELL-RECEPTOR, A1.9-alpha chain
E: T-CELL-RECEPTOR, A1.9-beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,16314
ポリマ－97,8094
非ポリマー1,35310
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14700 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area35910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.288, 104.310, 69.316
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.914, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-alpha chain


分子量: 21929.256 Da / 分子数: 1 / 変異: I72C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Class II histocompatibility antigen, alpha domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Skin, lymphoid, lungs, stomach and intestines / Cell: B Lymphocytes, dendritic cells, macrophages / 遺伝子: HLA-DQA1 / 器官: Parenchyma / プラスミド: pZip3 / 細胞株 (発現宿主): High Five (BTI-Tn-5B1-4) / 器官 (発現宿主): ovary / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): DH10B / 組織 (発現宿主): cabbage looper ovarian / 参照: UniProt: Q30069
#2: タンパク質 Hybrid Insulin Peptide, MHC class II HLA-DQ-beta-1 fusion


分子量: 26070.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A fusion of proinsulin C-peptide fragments and IAPP2 fragments
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Islets of Langerhans / Cell: Beta cells / 器官: Pancreas / プラスミド: pZip3 / 遺伝子: HLA-DQB1 / Cell (発現宿主): cabbage looper ovarian / 細胞株 (発現宿主): High Five (BTI-Tn-5B1-4) / 器官 (発現宿主): ovary / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: O19707

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T-CELL-RECEPTOR, A1.9- ... , 2種, 2分子 DE

#3: タンパク質 T-CELL-RECEPTOR, A1.9-alpha chain


分子量: 22723.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: human islet-infiltrating CD4+ T cell clone isolated from the residual pancreatic islets from of a deceased organ donor who had T1D
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Islets of Langerhans / Cell: Beta cells / 遺伝子: TRAV20*02 / 器官: Pancreas / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: タンパク質 T-CELL-RECEPTOR, A1.9-beta chain


分子量: 27086.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: human islet-infiltrating CD4+ T cell clone isolated from the residual pancreatic islets from of a deceased organ donor who had T1D
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Islets of Langerhans / Cell: Beta cells / 遺伝子: TRBV5-1*01 / 器官: Pancreas / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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糖 , 1種, 3分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 74分子

#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.5, 13% polyethylene glycol (PEG) 20,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40.14 Å / Num. obs: 19889 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 49.79 Å2 / CC1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.0853 / Rpim(I) all: 0.0853 / Rrim(I) all: 0.1206 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.9→3.004 Å / Rmerge(I) obs: 0.4017 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 1983 / CC1/2: 0.724 / Rpim(I) all: 0.4017 / Rrim(I) all: 0.5681

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z7U

4z7u


解像度: 2.9→40.14 Å / SU ML: 0.3952 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.9426
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 967 4.86 %
Rwork0.2066 18919 -
obs0.2086 19886 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6297 0 83 67 6447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00426529
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56258883
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0464983
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00491158
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.17222358
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.050.31921580.29412647X-RAY DIFFRACTION99.96
3.05-3.240.28791170.25332712X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.490.26841080.22192718X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.850.26511260.20332718X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.40.21641560.18092687X-RAY DIFFRACTION99.96
4.4-5.540.21381740.17342664X-RAY DIFFRACTION100
5.54-40.140.25431280.20832773X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.53240.3348-0.96650.2524-0.57851.53920.00780.1141-0.30480.0137-0.0663-0.23180.34950.17320.04530.5140.0185-0.22580.5680.01960.5052-10.4525.072-14.9
21.11870.14980.42751.6635-0.64321.6218-0.0739-0.236-0.08970.1479-0.1608-0.04810.14690.1133-0.05880.57040.0171-0.37540.4723-0.04850.4312-14.64330.076-7.473
30.7925-0.84640.50061.09660.00891.71240.0225-0.27950.08580.1770.16380.1156-0.1002-0.12150.03390.6798-0.0702-0.30930.4958-0.01940.4286-17.75338.325-4.624
41.1731-0.61940.63470.345-0.28791.0876-0.07020.03560.1271-0.0621-0.1468-0.02270.10390.0678-0.01970.4912-0.0308-0.26730.50250.02180.4447-20.42332.018-13.125
52.0679-0.4533.62190.103-0.79476.34570.38710.2905-0.75920.13120.1822-0.06360.55320.1556-0.56590.7924-0.1279-0.380.64150.05890.6016-20.8239.135-6.181
62.8878-0.55380.36030.8452-1.22391.8132-0.1618-0.30950.23240.21810.063-0.3252-0.18940.1188-0.0170.62170.03-0.28470.69730.01250.48852.42126.80511.042
72.12130.75842.04231.6381.42383.0089-0.0427-0.2764-0.03830.2104-0.0258-0.1090.2239-0.0376-0.09820.6802-0.0219-0.30560.5940.05910.44-10.18221.636.017
80.9644-0.0923-0.48881.9646-2.02123.0071-0.097-0.4657-0.03430.39030.1626-0.0055-0.1002-0.5144-0.10040.70320.0889-0.28860.8512-0.04750.5783-11.65129.09115.394
91.1211-0.06480.79120.1519-0.44111.59540.1095-0.1376-0.22720.1550.0189-0.1290.32160.0929-0.11320.5184-0.0266-0.57570.5202-0.02320.5452-10.71320.962-6.454
102.1983-0.20860.46061.5510.00750.09670.0194-0.79490.06510.51750.1587-0.1835-0.0163-0.2352-0.07740.6111-0.0642-1.06330.68280.02410.0928-3.73328.12814.997
111.16520.2517-0.35512.4587-0.09661.26150.1963-0.6475-0.03260.42550.1086-0.22370.0771-0.1638-0.17780.9001-0.046-0.46070.67720.18860.4766-9.45216.90512.075
122.2907-0.17180.45721.4102-0.07541.83890.1402-0.2571-0.31840.0251-0.1972-0.07540.13870.2345-0.05330.5480.0433-0.27320.4973-0.01160.3551-14.03321.333-16.194
131.31660.2633-0.13781.6512-0.89731.74620.07980.0234-0.4482-0.0324-0.1568-0.12610.29460.228-0.1080.62480.0199-0.79560.5094-0.05030.2303-15.98916.33-24.07
141.48520.36440.21210.8338-1.49253.22160.25510.4149-0.2554-0.3738-0.1310.07610.3206-0.0202-0.1420.8417-0.1734-0.89180.3234-0.27290.1946-24.99118.671-29.821
155.01420.39562.15453.24421.73693.7320.03920.32520.066-0.2332-0.01130.13770.00280.09470.040.43180.1075-0.68120.54620.07070.2099-17.65930.576-30.131
163.0008-1.07471.91190.99020.56223.8506-0.02970.19030.3551-0.05260.0609-0.2565-0.26940.38890.10.5362-0.0473-0.25450.57230.0390.4548-5.29138.566-20.454
173.9161-1.63242.52251.5798-0.39982.38150.00160.01360.2190.24430.2063-0.3-0.09440.00280.07890.5487-0.0259-0.34890.5862-0.03040.534610.26931.6471.112
185.2132-2.39411.88851.7498-0.86791.66730.12830.32280.0413-0.0148-0.2035-0.30930.10260.44060.02420.6329-0.0025-0.33710.62970.00890.604616.82426.725-3.077
193.1573-0.76581.17761.2471-0.17661.1645-0.04760.26210.0012-0.1298-0.0313-0.36630.03220.2798-0.00360.5497-0.0448-0.28970.65170.01110.574112.46923.497-0.398
200.93820.2184-0.35762.04090.0810.49310.1339-0.259-0.33740.42890.0908-0.41110.26690.2212-0.10060.70680.0391-0.35540.6449-0.07650.759819.99821.2137.234
211.9456-1.16151.2882.3313-1.90332.83490.0520.0590.14580.2927-0.1152-0.38970.07470.37540.11760.6797-0.0305-0.52910.6676-0.02090.805920.62131.4551.458
223.89932.1181.77915.54571.16562.68660.0408-0.0681-0.34830.1782-0.2224-0.01890.223-0.2446-0.07940.5593-0.0171-0.1970.5563-0.02420.4162-22.04230.33-20.783
232.2781-0.55051.04941.8653-0.77611.2753-0.2370.1250.1738-0.21540.0213-0.1389-0.43190.19180.1930.5947-0.0015-0.22240.51820.01180.4464-25.23250.393-37.338
242.1150.10871.09081.3504-0.562.30340.12660.54830.1214-0.27370.0928-0.11450.10270.34160.08460.59160.0473-0.29670.60790.00870.4603-23.25543.329-39.77
251.2027-0.58750.2931.146-1.19922.86040.00820.20680.26660.1722-0.06480.21510.1377-0.03140.01440.4854-0.0736-0.65190.54790.05160.1999-29.48346.789-35.23
262.038-0.63221.52511.8499-0.79872.58770.01140.2828-0.1243-0.155-0.08250.26420.1349-0.07570.17680.6259-0.022-0.28920.5446-0.00440.5466-51.5261.003-55.79
271.99960.42750.14651.0363-0.11721.89610.0750.16040.2520.0161-0.0124-0.186-0.32840.39330.12420.688-0.0037-0.31990.6482-0.00840.602-49.57263.692-52.402
281.7641-0.72540.31951.0426-0.04041.13440.406-0.13490.04610.40310.22350.3962-0.5238-0.4203-0.01190.3321-0.0991-0.47340.6481-0.04980.3186-45.80240.567-25.095
291.0813-0.73850.65960.6369-0.24670.9594-0.0551-0.31490.05320.02660.040.01750.0043-0.1432-0.02010.5678-0.0592-0.19740.56710.03970.4571-38.38139.882-18.113
300.955-1.08520.64321.2347-0.77340.5664-0.1657-0.4251-0.00040.2780.11210.1204-0.1068-0.25560.01370.53380.0104-0.19640.7441-0.01870.5013-47.64447.767-18.09
310.25660.22610.53851.2288-0.12781.56410.0846-0.0923-0.13650.0563-0.05740.11690.03850.1482-0.00370.46350.0015-0.22430.52390.01770.4271-36.07337.787-28.09
322.336-0.62231.61720.7604-1.0491.7456-0.0941-0.52080.41020.20880.00780.2314-0.3778-0.37340.06370.67630.0105-0.28120.6675-0.08620.4834-57.60354.424-26.944
333.12970.1344-1.32931.6398-1.70383.8430.16230.2130.1856-0.2666-0.00430.129-0.2932-0.09650.00510.7050.0189-0.43030.5739-0.0620.5763-59.6158.113-60.377
340.7853-0.3645-0.04390.63960.62141.8529-0.151-0.1464-0.08540.28010.00480.2335-0.05840.11520.03890.60290.0326-0.40050.5673-0.0140.4872-57.12252.167-45.684
351.7191-0.28840.24471.37410.12191.1350.1658-0.10010.14420.32170.2249-0.0264-0.28260.12030.00920.6815-0.0233-0.27960.6277-0.04130.5714-53.53255.765-42.752
360.8049-0.32170.73630.2702-0.16621.77050.03770.07-0.124-0.061-0.04730.09410.0924-0.01210.01840.5990.0128-0.28560.5672-0.06330.5376-59.69449.741-54.707
371.6032-0.4550.76210.95310.15012.9256-0.1608-0.3334-0.10690.0965-0.13210.20170.0254-0.3214-0.04070.5194-0.056-0.22370.66020.03120.5999-66.48249.259-36.099
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 15 )A0 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 35 )A16 - 35
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 36 through 45 )A36 - 45
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 46 through 76 )A46 - 76
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 77 through 87 )A77 - 87
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 88 through 102 )A88 - 102
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 103 through 123 )A103 - 123
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 124 through 134 )A124 - 134
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 135 through 146 )A135 - 146
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 147 through 160 )A147 - 160
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 161 through 180 )A161 - 180
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 43 through 74 )B43 - 74
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 75 through 96 )B75 - 96
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 97 through 106 )B97 - 106
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 107 through 119 )B107 - 119
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 120 through 130 )B120 - 130
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 131 through 164 )B131 - 164
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 165 through 175 )B165 - 175
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 176 through 196 )B176 - 196
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 197 through 212 )B197 - 212
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 213 through 231 )B213 - 231
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid -2 through 12 )B-2 - 12
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 3 through 44 )D3 - 44
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 45 through 91 )D45 - 91
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 92 through 120 )D92 - 120
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 121 through 152 )D121 - 152
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 153 through 207 )D153 - 207
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 3 through 45 )E3 - 45
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 46 through 86 )E46 - 86
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 87 through 99 )E87 - 99
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 100 through 118 )E100 - 118
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 119 through 133 )E119 - 133
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 134 through 149 )E134 - 149
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 150 through 171 )E150 - 171
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 172 through 197 )E172 - 197
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 198 through 224 )E198 - 224
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 225 through 253 )E225 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る