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万見
- PDB-6xb7: IRES-targeting Small Molecule Inhibits Enterovirus 71 Replication... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xb7
タイトルIRES-targeting Small Molecule Inhibits Enterovirus 71 Replication via Allosteric Stabilization of a Ternary Complex
要素RNA (41-MER)
キーワードRNA / RNA-small molecule complex / RNA binding protein
機能・相同性Chem-UYS / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Tolbert, B.S. / Davila, J. / Sugarman, A.L. / Chiu, L.Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM126833 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: IRES-targeting small molecule inhibits enterovirus 71 replication via allosteric stabilization of a ternary complex.
著者: Davila-Calderon, J. / Patwardhan, N.N. / Chiu, L.Y. / Sugarman, A. / Cai, Z. / Penutmutchu, S.R. / Li, M.L. / Brewer, G. / Hargrove, A.E. / Tolbert, B.S.
履歴
登録2020年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (41-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4642
ポリマ－13,1411
非ポリマー3231
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 16structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (41-MER)


分子量: 13140.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
#2: 化合物 ChemComp-UYS / 3-amino-N-(diaminomethylidene)-5-(dimethylamino)-6-(phenylethynyl)pyrazine-2-carboxamide


分子量: 323.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N7O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic32D 1H-1H NOESY
122isotropic32D 1H-1H NOESY
133isotropic32D 1H-1H NOESY
144isotropic32D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1200 uM Selective Deuteration; Fully Deuteration for U and C; Selective Deuteration for A and G rNTP, 800 uM DMA135, 100% D2OSL2: DMA135=1:4 molar ratioSL2_DMA135_complex_AG_selective_labeling100% D2O
solution2200 uM Selective Deuteration; EQUIMOLAR MIX:ATP, GTP, CTP, UTP rNTP, 800 uM DMA135, 100% D2OSL2_DMA135_complex_EqualMolar_labeling100% D2O
solution3200 uM Selective Deuteration; Fully Deuteration for U and C; Selective Deuteration for A and G rNTP, 100% D2OSL2 onlySL2_free_AG_selective_labeling100% D2O
solution4200 uM Selective Deuteration; EQUIMOLAR MIX:ATP, GTP, CTP, UTP rNTP, 100% D2OSL2_free_EqualMolar_labeling100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 uMrNTPSelective Deuteration; Fully Deuteration for U and C; Selective Deuteration for A and G1
800 uMDMA135natural abundance1
200 uMrNTPSelective Deuteration; EQUIMOLAR MIX:ATP, GTP, CTP, UTP2
200 uMrNTPSelective Deuteration; Fully Deuteration for U and C; Selective Deuteration for A and G3
200 uMrNTPSelective Deuteration; EQUIMOLAR MIX:ATP, GTP, CTP, UTP4
800 uMDMA135natural abundance2
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

-
解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
SparkyGoddardchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 16 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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