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万見
- PDB-3qwy: CED-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qwy
タイトルCED-2
要素Cell death abnormality protein 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cell Engulfment
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of distal tip cell migration / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Downstream signal transduction / : / : / Regulation of signaling by CBL / positive regulation of engulfment of apoptotic cell / engulfment of apoptotic cell / apoptotic process involved in development / programmed cell death ...positive regulation of distal tip cell migration / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Downstream signal transduction / : / : / Regulation of signaling by CBL / positive regulation of engulfment of apoptotic cell / engulfment of apoptotic cell / apoptotic process involved in development / programmed cell death / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / signaling adaptor activity / receptor tyrosine kinase binding / cell migration / actin cytoskeleton organization / apoptotic process / protein-containing complex binding / signal transduction / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Variant SH3 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH3 type barrels. ...: / Variant SH3 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell death abnormality protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Kang, Y. / Sun, J. / Liu, Y. / Sun, D. / Hu, Y. / Liu, Y.F.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the cell corpse engulfment protein CED-2 in Caenorhabditis elegans.
著者: Kang, Y. / Xu, J. / Liu, Y. / Sun, J. / Sun, D. / Hu, Y. / Liu, Y.
履歴
登録2011年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell death abnormality protein 2
B: Cell death abnormality protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1444
ポリマ－67,9562
非ポリマー1882
水2,306128
1
A: Cell death abnormality protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0742
ポリマ－33,9781
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cell death abnormality protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0702
ポリマ－33,9781
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.211, 97.152, 71.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-281-

HOH

21A-321-

HOH

31A-333-

HOH

41A-356-

HOH

51B-281-

HOH

61B-302-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cell death abnormality protein 2 / Cell-corpse engulfment protein CED-2


分子量: 33978.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: ced-2, Y41D4B.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NHC3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.28 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: KURCHATOV SNC / ビームライン: K4.4
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→63.5 Å / Num. obs: 18916

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.52→48.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 9.816 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 965 5.1 %RANDOM
Rwork0.20373 ---
obs0.20703 17951 98.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.76 Å20 Å2-1.62 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→48.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2691 0 11 128 2830
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0340.0222765
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8231.9613744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5625338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.33223.926135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.71415457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.841520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1810.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2630.21108
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3350.21821
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3340.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5741.51760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.55522713
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.04231184
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3074.51031
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.588 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 49 -
Rwork0.39 1059 -
obs--78.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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