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万見
- PDB-5h8o: Crystal structure of an ASC-binding nanobody in complex with the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h8o
タイトルCrystal structure of an ASC-binding nanobody in complex with the CARD domain of ASC
要素
  • Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
  • VHH nanobody
キーワードIMMUNE SYSTEM / VHH nanobody / ASC-binding / antibody fragment / inflammasome
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrin domain binding / NLRP6 inflammasome complex / myosin I binding / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / myeloid dendritic cell activation / IkappaB kinase complex / The AIM2 inflammasome ...Pyrin domain binding / NLRP6 inflammasome complex / myosin I binding / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / myeloid dendritic cell activation / IkappaB kinase complex / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / icosanoid biosynthetic process / macropinocytosis / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / interleukin-6 receptor binding / NLRP3 inflammasome complex assembly / BMP receptor binding / positive regulation of adaptive immune response / NLRP3 inflammasome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity / CLEC7A/inflammasome pathway / osmosensory signaling pathway / negative regulation of interferon-beta production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / pattern recognition receptor activity / tropomyosin binding / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of actin filament polymerization / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of activated T cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / positive regulation of interleukin-10 production / The NLRP3 inflammasome / cellular response to interleukin-1 / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of T cell migration / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / positive regulation of defense response to virus by host / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / activation of innate immune response / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of interleukin-1 beta production / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / apoptotic signaling pathway / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein homooligomerization / regulation of protein stability / positive regulation of T cell activation / positive regulation of interleukin-6 production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / azurophil granule lumen / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / protease binding / secretory granule lumen / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / microtubule / transmembrane transporter binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein dimerization activity / regulation of autophagy / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / neuronal cell body / apoptotic process / Neutrophil degranulation / nucleolus / enzyme binding / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / : / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.206 Å
データ登録者Lu, A. / Schmidt, F.I. / Ruan, J. / Tang, C. / Wu, H. / Ploegh, H.L.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2016
タイトル: A single domain antibody fragment that recognizes the adaptor ASC defines the role of ASC domains in inflammasome assembly.
著者: Schmidt, F.I. / Lu, A. / Chen, J.W. / Ruan, J. / Tang, C. / Wu, H. / Ploegh, H.L.
履歴
登録2015年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22016年5月18日Group: Derived calculations
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VHH nanobody
B: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7172
ポリマ－21,7172
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.625, 30.996, 79.244
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: 抗体 VHH nanobody


分子量: 12253.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD / hASC / Caspase recruitment domain-containing protein 5 / PYD and CARD domain-containing protein / ...hASC / Caspase recruitment domain-containing protein 5 / PYD and CARD domain-containing protein / Target of methylation-induced silencing 1


分子量: 9463.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCARD, ASC, CARD5, TMS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ULZ3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1 M citric acid at pH 3.5 and 3 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→79.24 Å / Num. obs: 2025 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 60.49 Å2 / CC1/2: 0.736 / Rmerge(I) obs: 0.824 / Rpim(I) all: 0.349 / Net I/σ(I): 2.1 / Num. measured all: 12955
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
4.2-4.436.71.158219672940.6380.477100
13.28-79.245.90.3133.2463780.9130.13999.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.206→79.24 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 36.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3556 109 5.38 %
Rwork0.2998 1916 -
obs0.303 2025 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 207.51 Å2 / Biso mean: 86.866 Å2 / Biso min: 22.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.206→79.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1051 0 0 0 1051
残基数----181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1511455
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038172
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.084285
LS精密化 シェル最高解像度: 4.2061 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3556 109 -
Rwork0.2998 1916 -
obs--99 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.7913 Å / Origin y: 7.7117 Å / Origin z: 22.6124 Å
111213212223313233
T0.3714 Å20.0915 Å2-0.2352 Å2-0.4568 Å2-0.0339 Å2---0.1266 Å2
L2.8005 °20.8979 °20.6353 °2-1.9681 °20.5119 °2--1.1547 °2
S-0.362 Å °0.725 Å °-0.2578 Å °-0.4619 Å °0.296 Å °-0.7249 Å °0.0839 Å °-0.403 Å °-0.0317 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 113
2X-RAY DIFFRACTION1allB115 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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