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- PDB-6x9n: Pseudomonas aeruginosa MurC with AZ5595 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x9n
タイトルPseudomonas aeruginosa MurC with AZ5595
要素UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
キーワードLIGASE / MurC / PsaeA.00137.b / AZ5595 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UYD / VALINE / UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Horanyi, P.S. / Mayclin, S.J. / Durand-Reville, T.F. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pseudomonas aeruginosa MurC with AZ5595
著者: Horanyi, P.S. / Mayclin, S.J. / Durand-Reville, T.F. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
B: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
C: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
D: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
E: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
F: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
G: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
H: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)410,09273
ポリマ－403,2358
非ポリマー6,85765
水15,853880
1
A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1738
ポリマ－50,4041
非ポリマー7687
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,59314
ポリマ－50,4041
非ポリマー1,18913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1738
ポリマ－50,4041
非ポリマー7687
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2519
ポリマ－50,4041
非ポリマー8468
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2519
ポリマ－50,4041
非ポリマー8468
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,31310
ポリマ－50,4041
非ポリマー9099
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1117
ポリマ－50,4041
非ポリマー7066
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2288
ポリマ－50,4041
非ポリマー8237
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)285.650, 109.100, 108.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.280, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase


分子量: 50404.387 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: murC, PA4411
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HW02, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase

-
非ポリマー , 6種, 945分子

#2: 化合物
ChemComp-UYD / (2R)-2-({4-[(5-tert-butyl-1-methyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl}amino)-2-phenylethan-1-ol


分子量: 406.484 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H26N8O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-VAL / VALINE / バリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 880 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.55 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus A2, 60mM Divalents, (0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dehydrate), 100mM Imidazole; MES monohydrate (acid), 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000. 1mM ...詳細: Morpheus A2, 60mM Divalents, (0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dehydrate), 100mM Imidazole; MES monohydrate (acid), 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000. 1mM compound was soaked over 4 days

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→47.748 Å / Num. obs: 145819 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.262 % / Biso Wilson estimate: 37.45 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 11.41 / Num. measured all: 621465 / Scaling rejects: 32
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.25-2.314.2740.5572.64598210779107580.90.63799.8
2.31-2.374.290.4733.14480510466104450.9150.54199.8
2.37-2.444.2870.3953.584367710208101880.9450.45299.8
2.44-2.524.2890.3344.242466992199000.9590.38199.8
2.52-2.64.290.2744.9441254963396160.9720.31399.8
2.6-2.694.2930.222639713926792500.9790.25499.8
2.69-2.794.2890.1757.2538513899789800.9870.299.8
2.79-2.94.2880.1428.8336870861785990.990.16299.8
2.9-3.034.2830.11210.435461828882800.9940.12899.9
3.03-3.184.2740.09412.3633985796779520.9950.10899.8
3.18-3.354.2650.07415.131959750674930.9960.08499.8
3.35-3.564.2410.06217.2130496720871900.9970.07199.8
3.56-3.84.240.05319.4628298668466740.9980.06199.9
3.8-4.114.2330.04721.5826410625262390.9980.05499.8
4.11-4.54.2270.04223.7824535581758040.9980.04899.8
4.5-5.034.2220.0424.6921951521151990.9980.04699.8
5.03-5.814.2070.04223.2219351461146000.9980.04899.8
5.81-7.124.1870.04323.1316383392639130.9980.04999.7
7.12-10.064.160.03627.4812745307630640.9980.04299.6
10.06-47.7483.9470.03528.136611172616750.9980.0497

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2744: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vvw

5vvw


解像度: 2.25→47.748 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2215 2002 1.37 %
Rwork0.1813 143618 -
obs0.1818 145620 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.25 Å2 / Biso mean: 44.4557 Å2 / Biso min: 22.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→47.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17913 0 447 880 19240
Biso mean--53.11 49.95 -
残基数----2439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00818810
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86225585
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0552984
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.46114744
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.25-2.30620.29151380.255910224100
2.3062-2.36860.2821490.246710177100
2.3686-2.43830.31071410.239610234100
2.4383-2.5170.32181460.227910228100
2.517-2.60690.25011460.213810226100
2.6069-2.71130.24961410.200610209100
2.7113-2.83470.20131390.189910240100
2.8347-2.98410.22121380.188210239100
2.9841-3.1710.25371430.191710264100
3.171-3.41580.23121430.182910296100
3.4158-3.75940.21021480.174310293100
3.7594-4.30310.18191370.149710270100
4.3031-5.42020.19891410.149910393100
5.4202-47.7480.19331520.17411032599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -30.3374 Å / Origin y: 1.9229 Å / Origin z: -12.4387 Å
111213212223313233
T0.2881 Å2-0.0015 Å2-0.0176 Å2-0.3145 Å2-0.0145 Å2--0.2526 Å2
L0.155 °20.0126 °20.0034 °2-0.1774 °2-0.0758 °2--0.1697 °2
S0.0272 Å °0.0295 Å °0.0154 Å °-0.0151 Å °-0.0237 Å °0.0213 Å °0.0174 Å °-0.0559 Å °-0.0039 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 674
2X-RAY DIFFRACTION1allS675 - 892
3X-RAY DIFFRACTION1allA15 - 508
4X-RAY DIFFRACTION1allB15 - 319
5X-RAY DIFFRACTION1allB508
6X-RAY DIFFRACTION1allC15 - 319
7X-RAY DIFFRACTION1allC508
8X-RAY DIFFRACTION1allD15 - 319
9X-RAY DIFFRACTION1allD508
10X-RAY DIFFRACTION1allE15 - 319
11X-RAY DIFFRACTION1allE508
12X-RAY DIFFRACTION1allF15 - 319
13X-RAY DIFFRACTION1allF508
14X-RAY DIFFRACTION1allG15 - 319
15X-RAY DIFFRACTION1allG508
16X-RAY DIFFRACTION1allH15 - 319
17X-RAY DIFFRACTION1allH320 - 508
18X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 37
19X-RAY DIFFRACTION1allJ1 - 30
20X-RAY DIFFRACTION1allJ31
21X-RAY DIFFRACTION1allK1 - 8

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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