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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6x9f | ||||||
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Title | Pseudomonas aeruginosa MurC with AZ8074 | ||||||
![]() | UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase | ||||||
![]() | LIGASE / MurC / AZ8074 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | ![]() UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Horanyi, P.S. / Mayclin, S.J. / Durand-Reville, T.F. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Pseudomonas aeruginosa MurC with AZ8074 Authors: Horanyi, P.S. / Mayclin, S.J. / Durand-Reville, T.F. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 92.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 124.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5vvwS S: Starting model for refinement |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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8 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 50404.387 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: murC, PA4411 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q9HW02, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase |
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-Non-polymers , 5 types, 644 molecules ![](data/chem/img/UXP.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-UXP / [( #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-DMS / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Morpheus A2, 60mM Divalents, (0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dehydrate), 100mM Imidazole; MES monohydrate (acid), 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000. 1mM ...Details: Morpheus A2, 60mM Divalents, (0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dehydrate), 100mM Imidazole; MES monohydrate (acid), 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000. 1mM compound was soaked over 4 days |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Apr 12, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→47.67 Å / Num. obs: 126323 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 3.216 % / Biso Wilson estimate: 48.651 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 11.42 / Num. measured all: 406260 / Scaling rejects: 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5vvw Resolution: 2.35→47.67 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.7 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 130.79 Å2 / Biso mean: 48.6931 Å2 / Biso min: 21.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.35→47.67 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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