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- PDB-3sxz: Metal-free FCD domain of TM0439 a putative transcriptional regulator -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sxz | ||||||
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Title | Metal-free FCD domain of TM0439 a putative transcriptional regulator | ||||||
![]() | Transcriptional regulator, GntR family | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION REGULATOR / TRANSCRIPTION FACTOR / TRANSCRIPTION / METAL-BINDING / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI / FADR-C / FADR / GNTR / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / TRANSCRIPTION REPRESSOR / ZINC-BINDING / NICKEL-BINDING / DNA-BINDING / SURFACE ENTROPY REDUCTION | ||||||
Function / homology | ![]() DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Czelakowski, G.P. / Derewenda, Z.S. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI) | ||||||
![]() | ![]() Title: Metal-free FCD domain of TM0439 a putative transcriptional regulator Authors: Czelakowski, G.P. / Derewenda, Z.S. #1: ![]() Title: Structure of Thermotoga maritima TM0439: implications for the mechanism of bacterial GntR transcription regulators with Zn2+-binding FCD domains. Authors: Zheng, M. / Cooper, D.R. / Grossoehme, N.E. / Yu, M. / Hung, L.W. / Cieslik, M. / Derewenda, U. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A. / Giedroc, D.P. / Derewenda, Z.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 131.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 104.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3sxmC ![]() 3fmsS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.775357, -0.129024, 0.618202), Vector: Details | biological unit is the same as asym. | |
-
Components
#1: Protein | Mass: 16633.926 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 50 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 1M tri-sodium citrate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 10 mM EDTA, 2 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 92 / Detector: CCD / Date: Sep 3, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Confocal mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.32→42 Å / Num. all: 15582 / Num. obs: 15441 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 37.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 14.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdb: 3fms, Chain A, 72-211 Resolution: 2.322→27.838 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8313 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.3 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.216 Å2 / ksol: 0.409 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 137.3 Å2 / Biso mean: 45.2134 Å2 / Biso min: 16.93 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.322→27.838 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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