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Yorodumi- PDB-3sxy: Metal-free full-length structure of Tm0439, a metal-binding FCD f... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sxy | ||||||
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Title | Metal-free full-length structure of Tm0439, a metal-binding FCD family transcriptional regulator | ||||||
Components | Transcriptional regulator, GntR family | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION REGULATOR / TRANSCRIPTION FACTOR / TRANSCRIPTION / METAL-BINDING / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI / FADR-C / FADR / GNTR / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / TRANSCRIPTION REPRESSOR / ZINC-BINDING / NICKEL-BINDING / DNA-BINDING / SURFACE ENTROPY REDUCTION | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermotoga maritima (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.647 Å | ||||||
Authors | Czelakowski, G.P. / Derewenda, Z.S. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Metal-free full-length structure of Tm0439, a metal-binding FCD family transcriptional regulator Authors: Czelakowski, G.P. / Derewenda, Z.S. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2009 Title: Structure of Thermotoga maritima TM0439: implications for the mechanism of bacterial GntR transcription regulators with Zn2+-binding FCD domains. Authors: Zheng, M. / Cooper, D.R. / Grossoehme, N.E. / Yu, M. / Hung, L.W. / Cieslik, M. / Derewenda, U. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A. / Giedroc, D.P. / Derewenda, Z.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3sxy.cif.gz | 260.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3sxy.ent.gz | 215.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3sxy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/3sxy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/3sxy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3fmsS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.699328, 0.65339, 0.289865), Vector: Details | biological unit is the same as asym. | |
-Components
#1: Protein | Mass: 25495.463 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermotoga maritima (bacteria) / Strain: MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / Gene: TM_0439 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9WYS0 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 50 mM Tris pH 8.0, 300 mM NaCl, 17% PEG 3350, 200 mM NH4NO3, 10mM EDTA, 2mM DTT, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 1, 2009 / Details: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→43 Å / Num. all: 56846 / Num. obs: 56675 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 12.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb: 3fms, Chain A 6-211 Resolution: 1.647→34.65 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8909 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.33 / Phase error: 18.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.732 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 93.22 Å2 / Biso mean: 28.2109 Å2 / Biso min: 9.9 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.647→34.65 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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