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- PDB-1njr: Crystal structure of yeast ymx7, an ADP-ribose-1''-monophosphatase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1njr
タイトルCrystal structure of yeast ymx7, an ADP-ribose-1''-monophosphatase
要素32.1 kDa protein in ADH3-RCA1 intergenic region
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Dimer / Two domain organization / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Macro-like domain / Macro-like domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xylitol / Probable ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase YML087W
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kumaran, D. / Eswaramoorthy, S. / Studier, F.W. / Swaminathan, S. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Structure and mechanism of ADP-ribose-1''-monophosphatase (Appr-1''-pase), a ubiquitous cellular processing enzyme
著者: Kumaran, D. / Eswaramoorthy, S. / Studier, F.W. / Swaminathan, S.
履歴
登録2003年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / chem_comp
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300BIOMOLECULE: DIMER THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ...BIOMOLECULE: DIMER THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL DIMER.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 32.1 kDa protein in ADH3-RCA1 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7272
ポリマ－32,5751
非ポリマー1521
水2,018112
1
A: 32.1 kDa protein in ADH3-RCA1 intergenic region
ヘテロ分子

A: 32.1 kDa protein in ADH3-RCA1 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4554
ポリマ－65,1502
非ポリマー3042
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21860 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)107.694, 38.149, 64.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second part of the biological assembly is generated by the crystallographic two fold axis

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要素

#1: タンパク質 32.1 kDa protein in ADH3-RCA1 intergenic region / HYPOTHETICAL PROTEIN / YMX7


分子量: 32575.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YMR087W or YM9582.12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04299
#2: 糖 ChemComp-XYL / Xylitol / D-Xylitol / キシリト-ル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 152.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H12O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.91 %
解説: High resolution data for this structure was collected at X25 of NSLS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 6000, Citric acid, Xylitol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月24日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 18988 / Num. obs: 18988 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 46.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.266 / Num. unique all: 1620 / % possible all: 84

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解析

ソフトウェア
名称分類
MARMADデータ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
直接法モデル構築
CNS精密化
MARMADデータ削減
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1288 -random
Rwork0.206 ---
all-18720 --
obs-18720 96 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1977 0 10 112 2099
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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