PDB-6x5h: Human Alpha-1,6-fucosyltransferase (FUT8) bound to GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x5h

タイトル

Human Alpha-1,6-fucosyltransferase (FUT8) bound to GDP

要素

Alpha-(1,6)-fucosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyl transferase / Fucosyl transferase / GT-B fold / Inverting

機能・相同性

機能・相同性情報

glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase / glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase activity / receptor metabolic process / GDP-L-fucose metabolic process / alpha-(1->6)-fucosyltransferase activity / N-glycan fucosylation / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / L-fucose catabolic process / oligosaccharide biosynthetic process / protein N-linked glycosylation via asparagine ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Kadirvelraj, R. / Wood, Z.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Characterizing human alpha-1,6-fucosyltransferase (FUT8) substrate specificity and structural similarities with related fucosyltransferases.
著者: Boruah, B.M. / Kadirvelraj, R. / Liu, L. / Ramiah, A. / Li, C. / Zong, G. / Bosman, G.P. / Yang, J.Y. / Wang, L.X. / Boons, G.J. / Wood, Z.A. / Moremen, K.W.

履歴

登録	2020年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年12月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6x5h.ent.gz	647.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6x5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6x5h_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6x5h_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6x5h_validation.xml.gz	76.9 KB	表示
CIF形式データ	6x5h_validation.cif.gz	112 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/6x5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/6x5h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6x5rC 6x5sC 6x5tC 6x5uC 2de0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vle-d 6vlf-d 6tkv-1 6vld-2 6x5u-1 6x5t-2 6x5t-3 6x5t-1 6x5u-4 3ua5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase

B: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase

C: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase

D: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase

ヘテロ分子

250 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase

ヘテロ分子

D: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
125 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase

C: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	173.490, 173.490, 207.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Alpha-(1,6)-fucosyltransferase / Alpha1-6FucT / Fucosyltransferase 8 / GDP-L-Fuc:N-acetyl-beta-D-glucosaminide alpha1 / 6- ...Alpha1-6FucT / Fucosyltransferase 8 / GDP-L-Fuc:N-acetyl-beta-D-glucosaminide alpha1 / 6-fucosyltransferase / GDP-fucose--glycoprotein fucosyltransferase / Glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase 分子量: 61845.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FUT8 / Cell (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q9BYC5, glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 0.6 M L-proline, 100 mM Hepes pH 7.5 Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月21日
放射	モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→86.75 Å / Num. obs: 165616 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 31.7 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_rim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 10.44
反射シェル	解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 4.1 % / Num. unique obs: 11970 / CC_1/2: 0.556 / R_rim(I) all: 1.1 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2DE0

2de0

解像度: 2.25→86.745 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.202	8312	5.02 %	Random selection
R_work	0.1706	-	-	-
obs	0.1721	165569	99.17 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→86.745 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14933	0	148	1301	16382

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	15554
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.918	21100
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.945	9293
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	2233
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2701

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2503-2.2758	0.3241	261	0.2855	4929	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2758-2.3026	0.2964	273	0.241	5235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3026-2.3307	0.276	284	0.2211	5314	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3307-2.3602	0.2711	269	0.2268	5241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3602-2.3913	0.2584	285	0.2206	5260	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3913-2.424	0.2508	282	0.2074	5287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.424-2.4587	0.2643	273	0.2151	5267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4587-2.4954	0.2655	281	0.2079	5267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4954-2.5344	0.2389	283	0.1977	5226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5344-2.5759	0.2284	277	0.1958	5274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5759-2.6203	0.2439	283	0.1966	5241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6203-2.668	0.2647	280	0.2019	5327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.668-2.7193	0.2214	267	0.1878	5216	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7193-2.7748	0.2132	278	0.1824	5276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7748-2.8351	0.2337	278	0.1802	5265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8351-2.9011	0.2279	281	0.1798	5263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9011-2.9737	0.21	269	0.1751	5258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9737-3.0541	0.2245	275	0.1783	5253	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0541-3.1439	0.2116	277	0.1813	5279	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1439-3.2454	0.2321	280	0.1794	5226	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2454-3.3614	0.2008	276	0.1682	5267	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3614-3.496	0.195	278	0.1642	5227	X-RAY DIFFRACTION	99
3.496-3.6551	0.1893	276	0.1475	5282	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6551-3.8478	0.1734	275	0.1446	5250	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8478-4.0889	0.1582	284	0.137	5223	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0889-4.4046	0.1604	282	0.1288	5190	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4046-4.8478	0.14	276	0.1241	5249	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8478-5.5492	0.1623	275	0.1506	5228	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5492-6.9909	0.1921	283	0.1743	5211	X-RAY DIFFRACTION	98
6.9909-86.745	0.1734	271	0.1765	5226	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2798	0.2451	-0.3434	0.479	-0.0375	0.6172	-0.0883	-0.0223	0.0409	-0.0071	0.0411	0.0351	-0.0166	0.045	0.0429	0.2466	0.0046	-0.0203	0.2342	-0.0426	0.2278	137.1757	16.895	-10.0262
2	2.8538	0.6892	-1.5202	1.3002	-0.1987	2.1679	-0.0993	0.1578	-0.1339	-0.0329	0.0294	0.0451	0.0218	-0.1054	0.0792	0.2276	-0.0439	-0.0083	0.2269	-0.076	0.1951	129.3001	2.3021	-21.2761
3	0.6555	0.0203	-0.1423	0.6221	0.1008	0.6097	-0.063	-0.0915	-0.0445	0.063	0.0292	0.0151	0.0608	0.0368	0.0309	0.2407	0.0129	0.0071	0.2634	-0.0289	0.2617	135.829	6.537	-7.8094
4	5.3018	-1.0645	-1.7244	2.181	-0.041	2.8117	-0.0724	0.0324	0.0837	-0.1768	-0.0607	-0.3641	0.0005	0.2796	0.1332	0.3289	-0.0679	-0.0647	0.2516	0.0759	0.3734	197.2043	58.6279	-57.8703
5	8.1446	3.9785	-3.0269	4.531	-3.3402	3.1181	0.3551	0.0008	0.8263	0.5042	-0.0882	0.781	-0.381	-0.1545	-0.1983	0.2279	0.046	-0.0639	0.2612	-0.054	0.2477	164.1202	49.7361	-43.9047
6	2.2503	0.3122	0.5438	0.769	0.0669	1.3104	0.0091	-0.156	-0.0004	0.0024	-0.0503	0.0474	0.105	-0.1098	0.0482	0.2729	-0.0434	-0.0234	0.2627	0.0104	0.2497	163.9091	26.8345	-37.5217
7	1.4114	0.6509	0.132	1.6924	0.3455	1.1202	-0.0404	0.0034	0.0251	-0.1538	-0.0107	0.0848	0.1461	-0.0359	0.0478	0.2243	-0.0231	-0.0659	0.269	-0.0067	0.2183	162.9236	31.1779	-48.0035
8	3.5283	0.6949	-0.4304	2.1629	-1.5536	1.4126	0.1059	-0.1708	-0.0194	-0.0011	-0.2105	-0.086	-0.1328	0.054	0.096	0.2108	-0.0461	-0.0883	0.2511	0.0453	0.1808	185.5648	36.4642	-33.2702
9	1.558	0.9284	-0.4898	2.088	-1.4983	1.8951	-0.0198	-0.1297	-0.0158	0.0466	-0.0805	-0.0881	-0.0246	0.1002	0.1119	0.202	-0.012	-0.0492	0.252	0.0161	0.2057	191.5319	38.9827	-34.3255
10	1.5018	0.1377	-0.2035	0.9172	-0.257	0.8974	-0.0687	0.1889	-0.0148	-0.2319	0.0133	-0.0483	0.0883	0.0356	0.0521	0.3085	-0.024	-0.0338	0.2339	0.0239	0.2394	180.4562	38.4319	-57.4282
11	7.7494	-3.4222	-0.4942	4.0697	0.0722	2.0093	-0.0585	0.3942	0.0742	-0.3245	-0.0892	-0.3271	0.0894	0.0246	0.1394	0.3088	-0.0895	-0.0203	0.2095	0.0429	0.2354	192.3713	50.6734	-64.0417
12	1.4174	-0.9992	0.1378	3.1399	0.121	0.7092	0.0257	0.4458	0.5657	-0.4967	-0.1466	-0.2658	-0.2686	-0.1131	-0.0137	0.569	0.0225	-0.1048	0.4466	0.3108	0.646	185.7738	92.1408	-72.1337
13	1.2683	-0.4073	0.3845	2.5747	-0.9392	2.5995	0.0397	0.7367	0.2543	-0.8905	-0.0412	-0.2612	-0.0621	-0.0043	0.0533	0.7435	0.0301	0.0452	0.6373	0.1832	0.3836	193.6119	70.5465	-84.7522
14	1.1628	-0.6448	0.3546	2.0048	-0.7671	1.3461	-0.0413	0.0878	0.2793	-0.1314	-0.047	-0.1669	-0.2091	0.0921	0.0982	0.3583	-0.0467	-0.0452	0.2802	0.1306	0.4748	196.57	76.7435	-59.8017
15	1.8318	0.704	-0.6053	1.2148	-0.078	1.0341	-0.0062	-0.2303	-0.2079	0.1584	-0.0127	0.2122	0.0402	-0.15	-0.026	0.2748	-0.0215	0.0829	0.3194	0.0602	0.33	210.6011	98.3555	-25.3097
16	3.7834	-0.2147	1.8412	1.1096	1.5863	3.6273	-0.2321	-0.3871	-0.5336	0.3976	0.4132	0.3348	0.6232	-0.2523	-0.0931	0.4855	-0.0802	0.2958	0.7872	0.1445	0.7933	185.2514	82.9639	-12.0426
17	2.438	0.9619	0.0722	1.7917	0.221	1.0456	-0.2034	0.1657	-0.5525	-0.042	0.1431	0.3122	0.3627	-0.5591	-0.0788	0.3356	-0.1724	0.133	0.5516	0.0512	0.6934	190.2928	84.1039	-27.3168
18	3.4351	1.0727	-1.3011	1.5354	-0.5749	3.0061	0.1569	-0.7231	-0.2407	0.5308	-0.236	0.1141	0.0469	0.2197	0.0916	0.4424	-0.0201	0.0911	0.5465	0.0822	0.3347	214.1339	95.267	-6.1256
19	1.8548	-0.4195	-0.873	1.0997	0.6112	2.5048	-0.116	-0.2867	-0.1729	0.2081	0.053	0.1567	0.3006	-0.0837	0.0932	0.2748	-0.0385	0.0818	0.2974	0.0835	0.4021	211.024	87.4242	-23.3422
20	3.8413	-0.0671	-0.7924	0.0454	-0.3212	1.1713	0.1622	0.0574	-0.1972	-0.052	-0.0043	0.2387	0.1086	-0.3581	-0.1292	0.288	-0.0831	0.066	0.3926	0.0161	0.5168	203.2962	89.2455	-35.849

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 108 through 339 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 340 through 412 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 413 through 574 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 108 through 172 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 173 through 199 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 200 through 267 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 268 through 339 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 340 through 378 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 379 through 458 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 459 through 574 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 108 through 172 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 173 through 378 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 379 through 469 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 470 through 574 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 108 through 237 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 238 through 267 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 268 through 339 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 340 through 427 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 428 through 548 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 549 through 574 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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