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- PDB-6x1j: The homing endonuclease I-WcaI bound to its DNA recognition sequence -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x1j
タイトルThe homing endonuclease I-WcaI bound to its DNA recognition sequence
要素
  • (DNA (25-mer)) x 2
  • Probable intron-encoded endonuclease 1
キーワードHYDROLASE / intron-encoded DNA homing endonuclease / enzyme / protein-DNA interactions / isoschizomers
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG DNA endonuclease family / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Probable intron-encoded endonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Wickerhamomyces canadensis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.945 Å
データ登録者Nawimanage, R. / Lohman, J.R. / Gimble, F.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structure-Function Studies of Two Yeast Homing Endonucleases that Evolved to Cleave Identical Targets with Dissimilar Rates and Specificities.
著者: Nawimanage, R.R. / Yuan, Z. / Casares, M. / Joshi, R. / Lohman, J.R. / Gimble, F.S.
履歴
登録2020年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable intron-encoded endonuclease 1
C: DNA (25-mer)
D: DNA (25-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3697
ポリマ－43,2133
非ポリマー1564
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8420 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area16790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.601, 37.281, 94.064
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.440, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-489-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Probable intron-encoded endonuclease 1


分子量: 27855.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Wickerhamomyces canadensis (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q34807, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (25-mer)


分子量: 7741.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Wickerhamomyces canadensis (菌類)
#3: DNA鎖 DNA (25-mer)


分子量: 7615.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Wickerhamomyces canadensis (菌類)
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.09 % / 解説: Needles
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 21% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl, 0.2M Lithium sulfate, 2 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月17日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.945→30 Å / Num. obs: 33735 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / CC1/2: 0.964 / CC star: 0.991 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.198 / Χ2: 1.063 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.945→2.02 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3306 / CC1/2: 0.807 / CC star: 0.945 / Rpim(I) all: 0.461 / Rrim(I) all: 0.858 / Χ2: 0.882 / % possible all: 99.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.42 Å29.86 Å
Translation6.42 Å29.86 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0258精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R7M

1r7m


解像度: 1.945→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 8.699 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2612 1627 4.8 %RANDOM
Rwork0.2272 ---
obs0.229 31986 97.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.33 Å2 / Biso mean: 37.752 Å2 / Biso min: 12.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.945→29.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1926 1004 4 141 3075
Biso mean--38.92 35.54 -
残基数----276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0123202
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182483
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.761.4584468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4071.9125818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0735.498483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.75924.257101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.93515398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.072155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.23446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022753
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02656
LS精密化 シェル解像度: 1.9451→1.996 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 96 -
Rwork0.421 1650 -
obs--69.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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