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万見
- PDB-6x0t: Structure of human plasma factor XIIa in complex with (2S)-1-(N,3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x0t
タイトルStructure of human plasma factor XIIa in complex with (2S)-1-(N,3-dicyclohexyl-D-alanyl)-4-[(4R,5S)-4-methyl-5-phenyl-4,5-dihydro-1,3-oxazol-2-yl]-N-[(thiophen-2-yl)methyl]piperazine-2-carboxamide (compound 8h)
要素Coagulation factor XII
キーワードBLOOD CLOTTING / Protease / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor XIIa / plasma kallikrein-kinin cascade / Factor XII activation / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / response to misfolded protein / positive regulation of plasminogen activation / blood coagulation, intrinsic pathway / misfolded protein binding / positive regulation of fibrinolysis / zymogen activation ...coagulation factor XIIa / plasma kallikrein-kinin cascade / Factor XII activation / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / response to misfolded protein / positive regulation of plasminogen activation / blood coagulation, intrinsic pathway / misfolded protein binding / positive regulation of fibrinolysis / zymogen activation / Defective factor XII causes hereditary angioedema / protein autoprocessing / positive regulation of blood coagulation / rough endoplasmic reticulum / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / protein processing / blood coagulation / collagen-containing extracellular matrix / innate immune response / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor XII/hepatocyte growth factor activator / Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. ...Coagulation factor XII/hepatocyte growth factor activator / Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / EGF-like domain / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Epidermal growth factor-like domain. / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UJ7 / Coagulation factor XII
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.388 Å
データ登録者Orth, P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human plasma factor XIIa in complex with (2S)-1-(N,3-dicyclohexyl-D-alanyl)-4-[(4R,5S)-4-methyl-5-phenyl-4,5-dihydro-1,3-oxazol-2-yl]-N-[(thiophen-2-yl)methyl]piperazine-2- ...タイトル: Structure of human plasma factor XIIa in complex with (2S)-1-(N,3-dicyclohexyl-D-alanyl)-4-[(4R,5S)-4-methyl-5-phenyl-4,5-dihydro-1,3-oxazol-2-yl]-N-[(thiophen-2-yl)methyl]piperazine-2-carboxamide (compound 8h)
著者: Rao, A.U. / Chu, H.D.
履歴
登録2020年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor XII
B: Coagulation factor XII
C: Coagulation factor XII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7657
ポリマ－83,8103
非ポリマー1,9564
水5,459303
1
A: Coagulation factor XII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6523
ポリマ－27,9371
非ポリマー7162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Coagulation factor XII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5562
ポリマ－27,9371
非ポリマー6201
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Coagulation factor XII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5562
ポリマ－27,9371
非ポリマー6201
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.121, 133.413, 88.858
Angle α, β, γ (deg.)90, 104.4, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Coagulation factor XII / Hageman factor / HAF


分子量: 27936.568 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 357-615 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00748, coagulation factor XIIa
#2: 化合物 ChemComp-UJ7 / (2S)-1-(N,3-dicyclohexyl-D-alanyl)-4-[(4R,5S)-4-methyl-5-phenyl-4,5-dihydro-1,3-oxazol-2-yl]-N-[(thiophen-2-yl)methyl]piperazine-2-carboxamide


分子量: 619.860 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H49N5O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 18% PEG3350, 200 mM lithium sulfate, 0.7 mM cadmium chloride, 100 mM Bis-Tris, pH 6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月19日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.388→47.258 Å / Num. obs: 112839 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.388→1.52 Å / Num. unique obs: 5643 / CC1/2: 0.568

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (6-FEB-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
autoBUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDb entry 2WUB

2wub


解像度: 1.388→47.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.851 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.833 / SU R Cruickshank DPI: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.118 / SU Rfree Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.115
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3112 2229 -RANDOM
Rwork0.2889 ---
obs0.2893 110904 63.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 10.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1895 Å20 Å20.2019 Å2
2---1.9698 Å20 Å2
3---4.1593 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.388→47.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5379 0 137 303 5819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085685HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.057766HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1796SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes975HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5685HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion688SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4986SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.18
LS精密化 シェル解像度: 1.39→1.47 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1723 41 -
Rwork0.1973 --
obs0.1968 2219 7.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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