PDB-6wzv: Lon protease proteolytic domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wzv

タイトル

Lon protease proteolytic domain

要素

Lon protease homolog, mitochondrial

キーワード

HYDROLASE / proteolytic domain

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidation-dependent protein catabolic process / PH domain binding / endopeptidase La / mitochondrial protein catabolic process / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial DNA metabolic process / mitochondrial genome maintenance / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / mitochondrial nucleoid ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Lee, C.C. / Spraggon, G.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Based Design of Selective LONP1 Inhibitors for Probing In Vitro Biology.
著者: Kingsley, L.J. / He, X. / McNeill, M. / Nelson, J. / Nikulin, V. / Ma, Z. / Lu, W. / Zhou, V.W. / Manuia, M. / Kreusch, A. / Gao, M.Y. / Witmer, D. / Vaillancourt, M.T. / Lu, M. / Greenblatt, ...

履歴

登録	2020年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/6wzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/6wzv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6wysSC 6x1mC 6x27C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ebm-1 6wea-1 3cyn-2 6wea-2 4r9j-4 4elb-8 4ele-7 3w2z-d 4elg-7 1gwm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lon protease homolog, mitochondrial

B: Lon protease homolog, mitochondrial

C: Lon protease homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

72.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lon protease homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lon protease homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Lon protease homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	186.276, 186.276, 159.718
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Lon protease homolog, mitochondrial / LONHs / Lon protease-like protein / LONP / Mitochondrial ATP-dependent protease Lon / Serine protease 15 分子量: 23788.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LONP1, PRSS15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P36776, endopeptidase La
#2: 化合物	ChemComp-UFY / N-[(1R)-1-borono-3-methylbutyl]-Nalpha-(pyrazine-2-carbonyl)-D-phenylalaninamide / N^α-(ピラジン-2-イルカルボニル)-N-[(R)-1-ジヒドロキシボリル-3-メチルブチル](以下略) 分子量: 384.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₅BN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M Bicine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月7日 / 詳細: Mirror: Rh coated flat

放射

モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.51→50 Å / Num. obs: 35939 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.066 / R_rim(I) all: 0.127 / Χ²: 1.359 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 127739

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.51-2.57	3.3	1.388	2548	0.349	0.878	1.65	0.464	99.5
2.57-2.64	3.5	1.095	2572	0.445	0.672	1.29	0.479	99.9
2.64-2.72	3.6	0.879	2552	0.799	0.532	1.031	0.503	99.5
2.72-2.81	3.6	0.641	2576	0.748	0.383	0.749	0.509	99.4
2.81-2.91	3.4	0.459	2570	0.851	0.284	0.542	0.553	99.4
2.91-3.02	3.5	0.307	2537	0.922	0.187	0.361	0.605	98.6
3.02-3.16	3.7	0.243	2571	0.947	0.144	0.284	0.667	99.3
3.16-3.33	3.7	0.184	2563	0.964	0.109	0.214	0.878	99.7
3.33-3.54	3.6	0.14	2540	0.974	0.085	0.164	1.293	98.8
3.54-3.81	3.5	0.109	2576	0.982	0.067	0.128	1.88	99
3.81-4.19	3.7	0.094	2577	0.987	0.056	0.11	2.399	99.3
4.19-4.8	3.4	0.075	2561	0.989	0.046	0.088	2.997	97.5
4.8-6.05	3.7	0.076	2583	0.991	0.045	0.089	2.913	98.8
6.05-50	3.4	0.053	2613	0.997	0.032	0.062	2.829	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.17_3644	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6WYS

6wys

解像度: 2.51→39.1 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2139	1824	5.08 %
R_work	0.1768	34108	-
obs	0.1786	35932	98.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 160.94 Å² / B_iso mean: 69.4967 Å² / B_iso min: 32.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.51→39.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4249	0	76	84	4409
B_iso mean	-	-	75.64	60.93	-
残基数	-	-	-	-	574

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.51-2.58	0.3593	128	0.3052	2561	2689	97
2.58-2.65	0.3256	159	0.2839	2621	2780	100
2.65-2.74	0.2875	123	0.2624	2641	2764	99
2.74-2.84	0.2836	141	0.2326	2604	2745	99
2.84-2.95	0.2947	150	0.2121	2601	2751	99
2.95-3.09	0.2345	146	0.2032	2621	2767	99
3.09-3.25	0.2655	130	0.2083	2628	2758	99
3.25-3.45	0.2389	150	0.198	2628	2778	99
3.45-3.72	0.2284	148	0.1705	2611	2759	99
3.72-4.09	0.1941	139	0.1488	2641	2780	99
4.09-4.68	0.1546	140	0.1239	2611	2751	98
4.68-5.89	0.1681	130	0.1569	2658	2788	98
5.9-39.1	0.1957	140	0.1709	2682	2822	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7019	-1.0409	-3.2175	3.8302	3.0907	6.3344	-0.0039	-0.3175	-0.2729	0.0339	-0.0442	-0.1816	-0.2343	0.3478	0.0058	0.3166	-0.0377	0.0222	0.4844	0.1508	0.4234	30.126	328.058	61.8203
2	3.8834	0.5112	0.2275	7.1969	-2.9405	1.8826	0.0811	0.4901	-0.1195	-0.4562	0.1646	0.2834	0.7124	-0.8846	-0.1407	0.5161	-0.0289	0.0271	0.5777	0.0004	0.4615	16.6031	325.5162	56.1707
3	5.4159	2.7544	-0.7292	2.6278	-2.4717	4.1333	-0.037	0.5985	0.5984	-0.7409	0.2851	0.3871	0.3695	-0.3135	-0.3215	0.5589	-0.0089	0.0285	0.6272	0.0991	0.5981	17.9385	337.5074	53.6085
4	2.5382	1.2876	-0.8815	6.1882	-2.779	6.5426	0.0458	0.3146	0.1295	-0.5636	-0.0447	-0.1412	0.5104	-0.0438	0.0848	0.314	-0.0084	0.0542	0.5048	0.0606	0.4345	21.3322	329.2369	55.3585
5	1.6323	-0.175	1.398	1.4448	0.21	1.8929	0.1344	-0.043	0.2631	-0.0732	-0.0772	-0.4268	-0.219	0.5817	-0.0498	0.4133	-0.0796	0.0472	0.5541	0.095	0.4798	29.9718	337.9314	60.9574
6	3.5387	0.4122	1.5167	2.5303	1.2043	8.7251	0.0574	0.2295	0.0728	-0.1492	0.1049	-0.2977	-0.6273	0.568	-0.0708	0.4158	-0.1703	0.0679	0.4711	0.1096	0.5648	34.4301	345.7173	65.0848
7	4.7753	-2.6853	-4.3321	2.1516	3.9689	7.6022	-0.6166	0.3928	-0.1681	-2.0396	-0.0436	-1.9053	-0.1468	-1.3065	0.0073	0.9115	-0.0065	0.3816	0.9723	0.1638	0.8752	39.3121	343.1001	42.9543
8	3.8017	3.3956	2.9122	8.3899	5.6403	4.0138	-0.0264	-0.3096	-0.4181	0.1341	0.0206	-0.1618	0.4684	0.0641	0.035	0.4303	0.1199	0.1174	0.4919	0.0446	0.5619	21.0699	298.4324	63.1945
9	4.4356	-0.5687	-0.9249	5.4936	0.69	7.043	-0.1241	0.4543	0.2817	-0.6944	0.1191	-0.0755	0.1027	0.133	0.0327	0.4375	-0.0114	0.053	0.3875	0.001	0.3272	18.2418	312.7078	53.6049
10	6.8297	2.8641	-0.8392	3.7587	-0.3242	5.2979	-0.0824	0.6248	-0.2854	-0.3557	0.0898	-0.0463	-0.1383	-0.164	0.0654	0.4006	0.0775	0.0574	0.3777	-0.0099	0.4611	16.4469	307.3536	55.3359
11	1.5379	-0.4986	0.6226	0.7633	-1.4874	2.1487	-0.0673	0.1835	-0.4347	-0.0632	0.0823	-0.1654	0.4008	0.4381	0.0091	0.469	0.0793	0.1115	0.61	-0.0186	0.5246	28.2757	304.1369	61.1751
12	4.3439	-0.4426	2.6623	2.2302	-2.6212	9.3576	0.0833	0.1796	-0.3162	-0.0707	-0.1174	-0.3859	0.7292	0.7276	0.1222	0.3997	0.1257	0.1051	0.6589	0.0042	0.6271	36.7738	304.0721	63.7994
13	0.5459	-0.2703	0.26	4.8272	-1.0997	0.5057	0.0671	-0.081	-0.7274	0.5404	0.272	0.1916	0.1422	-0.1569	-0.3251	0.5993	0.0337	0.1656	0.8184	0.1887	0.7475	43.5705	320.1591	50.3505
14	3.6481	-2.3153	-0.8473	5.6503	-0.1281	7.6297	0.5657	0.7111	1.1163	-1.0535	-0.0075	-0.129	-0.7792	-0.5618	-0.5427	0.793	0.1021	0.275	0.8153	0.2822	0.7031	42.3419	335.2002	31.9593
15	2.79	-2.6939	0.9719	2.7856	0.0524	3.7594	0.3749	0.4239	0.4881	-0.1233	-0.2443	-0.3739	-0.2873	0.1946	-0.1746	0.5625	-0.056	0.1894	0.6896	0.1751	0.5698	48.3854	326.4124	38.1046
16	4.8326	-2.6586	4.497	3.6265	-0.9923	6.3485	0.3748	0.4164	-0.2746	-0.5697	-0.0225	-0.0495	0.4459	-0.0857	-0.2443	0.7371	0.0334	0.1622	0.7333	0.0288	0.4543	52.961	316.0316	36.098

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 754 through 786 )	A	754 - 786
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 787 through 807 )	A	787 - 807
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 808 through 828 )	A	808 - 828
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 829 through 856 )	A	829 - 856
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 857 through 908 )	A	857 - 908
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 909 through 946 )	A	909 - 946
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 947 through 957 )	A	947 - 957
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 754 through 784 )	B	754 - 784
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 785 through 828 )	B	785 - 828
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 829 through 856 )	B	829 - 856
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 857 through 908 )	B	857 - 908
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 909 through 949 )	B	909 - 949
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 745 through 773 )	C	745 - 773
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 774 through 839 )	C	774 - 839
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 840 through 908 )	C	840 - 908
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 909 through 948 )	C	909 - 948

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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