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Yorodumi- PDB-6x1m: Lon protease proteolytic domain complexed with covalent boronic a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6x1m | ||||||
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Title | Lon protease proteolytic domain complexed with covalent boronic acid inhibitor | ||||||
Components | Lon protease homolog, mitochondrial | ||||||
Keywords | HYDROLASE / covalent inhibitor / proteolytic domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information oxidation-dependent protein catabolic process / PH domain binding / endopeptidase La / G-quadruplex DNA binding / response to aluminum ion / mitochondrial DNA metabolic process / mitochondrial genome maintenance / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / mitochondrial nucleoid ...oxidation-dependent protein catabolic process / PH domain binding / endopeptidase La / G-quadruplex DNA binding / response to aluminum ion / mitochondrial DNA metabolic process / mitochondrial genome maintenance / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / mitochondrial nucleoid / insulin receptor substrate binding / chaperone-mediated protein complex assembly / DNA polymerase binding / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / mitochondrion organization / response to hormone / proteolysis involved in protein catabolic process / ADP binding / protein catabolic process / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / sequence-specific DNA binding / single-stranded RNA binding / response to hypoxia / mitochondrial matrix / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / membrane / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.51 Å | ||||||
Authors | Lee, C.C. / Spraggon, G. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2021 Title: Structure-Based Design of Selective LONP1 Inhibitors for Probing In Vitro Biology. Authors: Kingsley, L.J. / He, X. / McNeill, M. / Nelson, J. / Nikulin, V. / Ma, Z. / Lu, W. / Zhou, V.W. / Manuia, M. / Kreusch, A. / Gao, M.Y. / Witmer, D. / Vaillancourt, M.T. / Lu, M. / ...Authors: Kingsley, L.J. / He, X. / McNeill, M. / Nelson, J. / Nikulin, V. / Ma, Z. / Lu, W. / Zhou, V.W. / Manuia, M. / Kreusch, A. / Gao, M.Y. / Witmer, D. / Vaillancourt, M.T. / Lu, M. / Greenblatt, S. / Lee, C. / Vashisht, A. / Bender, S. / Spraggon, G. / Michellys, P.Y. / Jia, Y. / Haling, J.R. / Lelais, G. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6x1m.cif.gz | 326.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6x1m.ent.gz | 272.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6x1m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/6x1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/6x1m | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6wysSC 6wzvC 6x27C C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23788.221 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: LONP1, PRSS15 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P36776, endopeptidase La #2: Chemical | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.72 Å3/Da / Density % sol: 66.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 2% PEG 400; 2.0M (NH4)2SO4 0.1M HEPES pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.3 / Wavelength: 0.9765 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 9, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9765 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.25→50 Å / Num. obs: 16306 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Rpim(I) all: 0.207 / Rrim(I) all: 0.535 / Χ2: 0.965 / Net I/σ(I): 1.9 / Num. measured all: 104716 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB 6WYS Resolution: 3.51→48.39 Å / SU ML: 0.55 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 32.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 299.93 Å2 / Biso mean: 79.4339 Å2 / Biso min: 1.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.51→48.39 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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