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- PDB-6ww9: Crystal structure of human REV7(R124A)-SHLD3(35-58) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ww9
タイトルCrystal structure of human REV7(R124A)-SHLD3(35-58) complex
要素
  • Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
  • Shieldin complex subunit 3
キーワードNUCLEAR PROTEIN / REV7 / SHLD3
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / zeta DNA polymerase complex / positive regulation of isotype switching / positive regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / JUN kinase binding / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition ...somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / zeta DNA polymerase complex / positive regulation of isotype switching / positive regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / JUN kinase binding / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / telomere maintenance in response to DNA damage / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / error-prone translesion synthesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / actin filament organization / regulation of cell growth / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of protein catabolic process / spindle / double-strand break repair / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / site of double-strand break / chromosome / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell division / DNA repair / chromatin / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Shieldin complex subunit 3 / Mad2-like / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / HORMA domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Shieldin complex subunit 3 / Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Xie, W. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Molecular mechanisms of assembly and TRIP13-mediated remodeling of the human Shieldin complex.
著者: Wei Xie / Shengliu Wang / Juncheng Wang / M Jason de la Cruz / Guotai Xu / Maurizio Scaltriti / Dinshaw J Patel /
要旨: The Shieldin complex, composed of REV7, SHLD1, SHLD2, and SHLD3, protects DNA double-strand breaks (DSBs) to promote nonhomologous end joining. The AAA ATPase TRIP13 remodels Shieldin to regulate DNA ...The Shieldin complex, composed of REV7, SHLD1, SHLD2, and SHLD3, protects DNA double-strand breaks (DSBs) to promote nonhomologous end joining. The AAA ATPase TRIP13 remodels Shieldin to regulate DNA repair pathway choice. Here we report crystal structures of human SHLD3-REV7 binary and fused SHLD2-SHLD3-REV7 ternary complexes, revealing that assembly of Shieldin requires fused SHLD2-SHLD3 induced conformational heterodimerization of open (O-REV7) and closed (C-REV7) forms of REV7. We also report the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of the ATPγS-bound fused SHLD2-SHLD3-REV7-TRIP13 complexes, uncovering the principles underlying the TRIP13-mediated disassembly mechanism of the Shieldin complex. We demonstrate that the N terminus of REV7 inserts into the central channel of TRIP13, setting the stage for pulling the unfolded N-terminal peptide of C-REV7 through the central TRIP13 hexameric channel. The primary interface involves contacts between the safety-belt segment of C-REV7 and a conserved and negatively charged loop of TRIP13. This process is mediated by ATP hydrolysis-triggered rotatory motions of the TRIP13 ATPase, thereby resulting in the disassembly of the Shieldin complex.
履歴
登録2020年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
X: Shieldin complex subunit 3
B: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
Y: Shieldin complex subunit 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6644
ポリマ－56,6644
非ポリマー00
水00
1
A: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
X: Shieldin complex subunit 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3322
ポリマ－28,3322
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area10650 Å2
手法PISA
2
B: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
Y: Shieldin complex subunit 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3322
ポリマ－28,3322
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area11090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.723, 75.723, 220.087
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B / Mitotic arrest deficient 2-like protein 2 / MAD2-like protein 2 / REV7 homolog / hREV7


分子量: 24237.232 Da / 分子数: 2 / 変異: R124A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAD2L2, MAD2B, REV7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UI95
#2: タンパク質・ペプチド Shieldin complex subunit 3 / REV7-interacting novel NHEJ regulator 1 / Shield complex subunit 3


分子量: 4094.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHLD3, FLJ26957, RINN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6ZNX1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Na citrate pH 5.6, 30% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→29.04 Å / Num. obs: 18113 / % possible obs: 97.75 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 63.8 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1652 / Rpim(I) all: 0.08723 / Rrim(I) all: 0.1884 / Net I/σ(I): 8.87
反射 シェル解像度: 2.7→2.796 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 1.319 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / Num. unique obs: 1755 / CC1/2: 0.453 / CC star: 0.79 / Rpim(I) all: 0.6845 / Rrim(I) all: 1.497 / % possible all: 99.26

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ABD

3abd


解像度: 2.7→29.04 Å / SU ML: 0.3107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.6071
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 892 4.95 %
Rwork0.2147 17119 -
obs0.2163 18011 97.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3526 0 0 0 3526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00243636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52864948
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0398571
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036628
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.68611377
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.870.35031620.29382769X-RAY DIFFRACTION98.45
2.87-3.090.36551180.28562808X-RAY DIFFRACTION98.15
3.09-3.40.32251300.26192857X-RAY DIFFRACTION98.74
3.4-3.890.25141620.21372796X-RAY DIFFRACTION97.17
3.89-4.90.1881530.17272858X-RAY DIFFRACTION97.51
4.9-29.040.22851670.20483031X-RAY DIFFRACTION97.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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