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- PDB-7l9p: Structure of human SHLD2-SHLD3-REV7-TRIP13(E253Q) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l9p
タイトルStructure of human SHLD2-SHLD3-REV7-TRIP13(E253Q) complex
要素
  • Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
  • Pachytene checkpoint protein 2 homolog
  • Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera
キーワードNUCLEAR PROTEIN / REV7 / SHLD2 / SHLD3 / TRIP13
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / meiotic recombination checkpoint signaling / zeta DNA polymerase complex / synaptonemal complex assembly / positive regulation of isotype switching / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / JUN kinase binding / reciprocal meiotic recombination ...somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / meiotic recombination checkpoint signaling / zeta DNA polymerase complex / synaptonemal complex assembly / positive regulation of isotype switching / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / JUN kinase binding / reciprocal meiotic recombination / oocyte maturation / female meiosis I / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / oogenesis / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / male meiosis I / telomere maintenance in response to DNA damage / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / spermatid development / error-prone translesion synthesis / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / actin filament organization / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / transcription coregulator activity / male germ cell nucleus / regulation of cell growth / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein catabolic process / spindle / transcription corepressor activity / double-strand break repair / actin cytoskeleton / site of double-strand break / chromosome / spermatogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / cell division / DNA repair / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Shieldin complex subunit 2 / Protein FAM35A, C-terminal domain / : / : / Shieldin complex subunit 2, C-terminal / Shieldin complex subunit 2, first OB fold domain / Shieldin complex subunit 2, second OB fold domain / TRIP13-like, AAA+ ATPase lid C-terminal domain / TRIP13 N-terminal domain / Pachytene checkpoint protein 2-like ...Shieldin complex subunit 2 / Protein FAM35A, C-terminal domain / : / : / Shieldin complex subunit 2, C-terminal / Shieldin complex subunit 2, first OB fold domain / Shieldin complex subunit 2, second OB fold domain / TRIP13-like, AAA+ ATPase lid C-terminal domain / TRIP13 N-terminal domain / Pachytene checkpoint protein 2-like / Shieldin complex subunit 3 / Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A / HORMA domain / Mad2-like / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / HORMA domain superfamily / ClpA/B family / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Pachytene checkpoint protein 2 homolog / Shieldin complex subunit 3 / Shieldin complex subunit 2 / Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Xie, W. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Molecular mechanisms of assembly and TRIP13-mediated remodeling of the human Shieldin complex.
著者: Wei Xie / Shengliu Wang / Juncheng Wang / M Jason de la Cruz / Guotai Xu / Maurizio Scaltriti / Dinshaw J Patel /
要旨: The Shieldin complex, composed of REV7, SHLD1, SHLD2, and SHLD3, protects DNA double-strand breaks (DSBs) to promote nonhomologous end joining. The AAA ATPase TRIP13 remodels Shieldin to regulate DNA ...The Shieldin complex, composed of REV7, SHLD1, SHLD2, and SHLD3, protects DNA double-strand breaks (DSBs) to promote nonhomologous end joining. The AAA ATPase TRIP13 remodels Shieldin to regulate DNA repair pathway choice. Here we report crystal structures of human SHLD3-REV7 binary and fused SHLD2-SHLD3-REV7 ternary complexes, revealing that assembly of Shieldin requires fused SHLD2-SHLD3 induced conformational heterodimerization of open (O-REV7) and closed (C-REV7) forms of REV7. We also report the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of the ATPγS-bound fused SHLD2-SHLD3-REV7-TRIP13 complexes, uncovering the principles underlying the TRIP13-mediated disassembly mechanism of the Shieldin complex. We demonstrate that the N terminus of REV7 inserts into the central channel of TRIP13, setting the stage for pulling the unfolded N-terminal peptide of C-REV7 through the central TRIP13 hexameric channel. The primary interface involves contacts between the safety-belt segment of C-REV7 and a conserved and negatively charged loop of TRIP13. This process is mediated by ATP hydrolysis-triggered rotatory motions of the TRIP13 ATPase, thereby resulting in the disassembly of the Shieldin complex.
履歴
登録2021年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年5月28日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23244
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pachytene checkpoint protein 2 homolog
B: Pachytene checkpoint protein 2 homolog
C: Pachytene checkpoint protein 2 homolog
D: Pachytene checkpoint protein 2 homolog
E: Pachytene checkpoint protein 2 homolog
F: Pachytene checkpoint protein 2 homolog
G: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
I: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
J: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
K: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
Y: Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera
X: Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)412,64117
ポリマ－410,02512
非ポリマー2,6165
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Pachytene checkpoint protein 2 homolog / Human papillomavirus type 16 E1 protein-binding protein / HPV16 E1 protein-binding protein / ...Human papillomavirus type 16 E1 protein-binding protein / HPV16 E1 protein-binding protein / Thyroid hormone receptor interactor 13 / Thyroid receptor-interacting protein 13 / TRIP-13


分子量: 48562.547 Da / 分子数: 6 / 変異: E253Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIP13, PCH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15645
#2: タンパク質
Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B / Mitotic arrest deficient 2-like protein 2 / MAD2-like protein 2 / REV7 homolog / hREV7


分子量: 24323.348 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: closed form / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAD2L2, MAD2B, REV7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI95
#3: タンパク質 Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera / Protein FAM35A / RINN1-REV7-interacting novel NHEJ regulator 2 / Shield complex subunit 2 / REV7- ...Protein FAM35A / RINN1-REV7-interacting novel NHEJ regulator 2 / Shield complex subunit 2 / REV7-interacting novel NHEJ regulator 1 / Shield complex subunit 3


分子量: 10678.139 Da / 分子数: 2
Fragment: SHLD2 (UNP residues 5-19) + linker + SHLD3 (UNP residues 2-58)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHLD2, FAM35A, RINN2, SHLD3, FLJ26957, RINN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86V20, UniProt: Q6ZNX1
#4: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE


分子量: 523.247 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SHLD2.3-REV7(4)-TRIP13(E253Q) complex with ATP-gamma-S
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.3
詳細: 20 mM HEPES, pH 7.3, 300 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 0.1 mM ATP-gamma-S, 1 mM DTT
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 1.5-second blot, blot force of 0

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.075 sec. / 電子線照射量: 53 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18_3855: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104023 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00523102
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.96731467
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.9313078
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0553820
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053936

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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