PDB-6wn4: Structural basis for the binding of monoclonal antibody 5D2 to th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wn4

タイトル

Structural basis for the binding of monoclonal antibody 5D2 to the tryptophan-rich lipid-binding loop in lipoprotein lipase

要素

5D2 FAB HEAVY CHAIN
5D2 FAB LIGHT CHAIN
Lipoprotein lipase peptide

キーワード

IMMUNE SYSTEM / 5D2 / LIPOPROTEIN LIPASE

機能・相同性

機能・相同性情報

lipoprotein lipase / lipoprotein lipase activity / positive regulation of sequestering of triglyceride / low-density lipoprotein particle mediated signaling / chylomicron remodeling / positive regulation of cholesterol storage / phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / 1-acyl-2-lysophosphatidylserine acylhydrolase activity / phospholipase A1 activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Luz, J.G. / Birrane, G. / Young, S.G. / Meiyappan, M. / Ploug, M.

資金援助

米国,

フランス, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	HL090553	米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	HL087228	米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	HL125335	米国
Leducq Foundation	12CVD04	フランス

引用

ジャーナル: J.Lipid Res. / 年: 2020
タイトル: The structural basis for monoclonal antibody 5D2 binding to the tryptophan-rich loop of lipoprotein lipase.
著者: Luz, J.G. / Beigneux, A.P. / Asamoto, D.K. / He, C. / Song, W. / Allan, C.M. / Morales, J. / Tu, Y. / Kwok, A. / Cottle, T. / Meiyappan, M. / Fong, L.G. / Kim, J.E. / Ploug, M. / Young, S.G. / Birrane, G.

履歴

登録	2020年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wn4.cif.gz	185.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wn4.ent.gz	140.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wn4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wn4_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wn4_full_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示
XML形式データ	6wn4_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	6wn4_validation.cif.gz	41.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/6wn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/6wn4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wt3C 5d8jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6axl-2 6mqe-1 4ocs-d 5v7u-d 5tkj-2 4uin-d 4xbe-d 1nd0-6 1yef-d 2f5a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (2) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (2)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 5D2 FAB HEAVY CHAIN

B: 5D2 FAB LIGHT CHAIN

C: Lipoprotein lipase peptide

D: Lipoprotein lipase peptide

H: 5D2 FAB HEAVY CHAIN

L: 5D2 FAB LIGHT CHAIN

98.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5D2 FAB HEAVY CHAIN

B: 5D2 FAB LIGHT CHAIN

C: Lipoprotein lipase peptide

登録者が定義した集合体
49.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Lipoprotein lipase peptide

H: 5D2 FAB HEAVY CHAIN

L: 5D2 FAB LIGHT CHAIN

登録者が定義した集合体
49.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.624, 67.745, 130.073
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.369, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	5D2 FAB HEAVY CHAIN 分子量: 24296.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Plasmid details: 5D2 HYBRIDOMA
#2: 抗体	5D2 FAB LIGHT CHAIN 分子量: 23368.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Plasmid details: 5D2 HYBRIDOMA
#3: タンパク質・ペプチド	Lipoprotein lipase peptide / LPL 分子量: 1768.814 Da / 分子数: 2 / Fragment: tryptophan-rich lipid-binding loop / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06858
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.71 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 16-22% PEG 3350, 250mM Sodium Thiocyanate / Temp details: NULL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: NULL / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月25日 / 詳細: NULL
放射	モノクロメーター: Si(III) SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→29.264 Å / Num. obs: 23348 / % possible obs: 99.29 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.74→2.84 Å / 冗長度: 5.08 % / R_merge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2178 / CC_1/2: 0.729 / R_pim(I) all: 0.33 / R_rim(I) all: 0.769 / % possible all: 93.72

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Coot	0.8.9.2	モデル構築
HKL-2000	v720	データスケーリング
HKL-2000	v720	データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5D8J

5d8j

解像度: 2.8→29.264 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / WR_factor R_free: 0.216 / WR_factor R_work: 0.184 / SU B: 18.187 / SU ML: 0.321 / Average fsc free: 0.8774 / Average fsc work: 0.8927 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.392 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2427	1066	4.782 %	Random selection
R_work	0.2079	21225	-	-
all	0.21	-	-	-
obs	-	22291	99.816 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.434 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.721 Å²	0 Å²	-2.888 Å²
2-	-	2.905 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.136 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.264 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6797	0	0	29	6826

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	6993
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6093
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.263	1.645	9541
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.073	1.57	14259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.917	5	869
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.766	23.402	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.146	15	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.247	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.039	0.2	932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7773
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1440
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.164	0.2	946
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.165	0.2	5129
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	2997
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.076	5.975	3500
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.076	5.974	3499
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.916	8.957	4361
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.916	8.958	4362
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.865	5.916	3493
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.864	5.914	3491
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.531	8.857	5180
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.531	8.857	5180
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.519	110.532	26643
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.519	110.534	26640
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.104	0.05	6190
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.122	0.05	5828
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.135	0.05	353

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.872	0.344	82	0.33	1592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.872-2.951	0.428	66	0.318	1514	X-RAY DIFFRACTION	99.8736
2.951-3.037	0.399	86	0.296	1478	X-RAY DIFFRACTION	99.6178
3.037-3.13	0.361	72	0.288	1400	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.233	0.331	62	0.275	1425	X-RAY DIFFRACTION	100
3.233-3.346	0.238	74	0.268	1307	X-RAY DIFFRACTION	99.8554
3.346-3.472	0.304	70	0.24	1298	X-RAY DIFFRACTION	99.927
3.472-3.614	0.265	70	0.227	1263	X-RAY DIFFRACTION	99.925
3.614-3.774	0.266	74	0.213	1173	X-RAY DIFFRACTION	99.9199
3.774-3.959	0.238	49	0.197	1187	X-RAY DIFFRACTION	100
3.959-4.172	0.171	65	0.192	1057	X-RAY DIFFRACTION	99.9109
4.172-4.425	0.18	54	0.161	1037	X-RAY DIFFRACTION	100
4.425-4.73	0.18	53	0.153	993	X-RAY DIFFRACTION	99.9045
4.73-5.109	0.175	39	0.15	923	X-RAY DIFFRACTION	100
5.109-5.596	0.282	42	0.164	829	X-RAY DIFFRACTION	99.8853
5.596-6.255	0.141	30	0.2	774	X-RAY DIFFRACTION	99.8758
6.255-7.219	0.193	30	0.187	691	X-RAY DIFFRACTION	100
7.219-8.835	0.159	21	0.153	578	X-RAY DIFFRACTION	99.8333
8.835-12.466	0.17	10	0.135	467	X-RAY DIFFRACTION	100
12.466-29.264	0.224	17	0.216	239	X-RAY DIFFRACTION	91.7563

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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