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- PDB-6wmw: GFRAL receptor bound with two antibody Fabs (3P10, 25M22) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wmw
タイトルGFRAL receptor bound with two antibody Fabs (3P10, 25M22)
要素
  • FAB25M22 heavy chain fragment
  • FAB25M22 light chain
  • FAB3P10 heavy chain fragment
  • FAB3P10 light chain
  • GDNF family receptor alpha-like
キーワードIMMUNE SYSTEM / RECEPTOR / SIGNALING / ANTIBODES
機能・相同性
機能・相同性情報


response to metformin / glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity / reduction of food intake in response to dietary excess / GDF15-GFRAL signaling pathway / negative regulation of appetite / stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / hormone activity / receptor tyrosine kinase binding / nervous system development ...response to metformin / glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity / reduction of food intake in response to dietary excess / GDF15-GFRAL signaling pathway / negative regulation of appetite / stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / hormone activity / receptor tyrosine kinase binding / nervous system development / actin cytoskeleton / signaling receptor activity / negative regulation of neuron apoptotic process / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / external side of plasma membrane / focal adhesion / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor / GDNF receptor alpha / GDNF/GAS1 / GDNF/GAS1 domain / GDNF/GAS1 domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GDNF family receptor alpha-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者White, A. / Lakshminarasimhan, D. / Olland, A. / Suto, R.K.
引用ジャーナル: Nat Med / 年: 2020
タイトル: Antibody-mediated inhibition of GDF15-GFRAL activity reverses cancer cachexia in mice.
著者: Suriben, R. / Chen, M. / Higbee, J. / Oeffinger, J. / Ventura, R. / Li, B. / Mondal, K. / Gao, Z. / Ayupova, D. / Taskar, P. / Li, D. / Starck, S.R. / Chen, H.H. / McEntee, M. / Katewa, S.D. ...著者: Suriben, R. / Chen, M. / Higbee, J. / Oeffinger, J. / Ventura, R. / Li, B. / Mondal, K. / Gao, Z. / Ayupova, D. / Taskar, P. / Li, D. / Starck, S.R. / Chen, H.H. / McEntee, M. / Katewa, S.D. / Phung, V. / Wang, M. / Kekatpure, A. / Lakshminarasimhan, D. / White, A. / Olland, A. / Haldankar, R. / Solloway, M.J. / Hsu, J.Y. / Wang, Y. / Tang, J. / Lindhout, D.A. / Allan, B.B.
履歴
登録2020年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: GDNF family receptor alpha-like
H: FAB3P10 heavy chain fragment
L: FAB3P10 light chain
M: FAB25M22 heavy chain fragment
N: FAB25M22 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,0575
ポリマ－127,0575
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.498, 116.052, 227.053
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GDNF family receptor alpha-like


分子量: 27665.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GFRAL, C6orf144, UNQ9356/PRO34128
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6UXV0
#2: 抗体 FAB3P10 heavy chain fragment


分子量: 24098.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 FAB3P10 light chain


分子量: 23745.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 FAB25M22 heavy chain fragment


分子量: 24894.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 FAB25M22 light chain


分子量: 26652.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M IMIDAZOLE Ph 7.0 AND 12% (w/w) peg 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 31586 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.91-3.015.90.78730180.7180.3490.864198.8
3.01-3.136.20.55531060.8430.240.606198.9
3.13-3.286.30.36131090.920.1550.3940.98799.2
3.28-3.456.40.24530980.9670.1040.2671.00599.8
3.45-3.676.60.15931220.9840.0660.1721.00299.8
3.67-3.956.90.1231410.9920.0490.131.003100
3.95-4.3570.08931820.9960.0360.0961.007100
4.35-4.977.10.06631610.9970.0270.0710.993100
4.97-6.276.90.07732330.9960.0310.0830.999100
6.27-506.50.04434160.9990.0180.0470.96799.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vz4

5vz4


解像度: 2.91→47.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 20.882 / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.446
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2897 1591 5 %RANDOM
Rwork0.2216 ---
obs0.2251 29927 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 209.9 Å2 / Biso mean: 75.054 Å2 / Biso min: 26.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.98 Å20 Å2
3---1.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.91→47.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8097 0 0 0 8097
残基数----1060
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0148301
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0177287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.241.65511286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7891.63917134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.54351053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.01423.425362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.764151347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6681530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.21103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021543
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 117 -
Rwork0.332 2037 -
all-2154 -
obs--95.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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