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Yorodumi- PDB-4gzv: Crystal structure of a lipocalin family protein (BACOVA_00364) fr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gzv | ||||||
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Title | Crystal structure of a lipocalin family protein (BACOVA_00364) from Bacteroides ovatus ATCC 8483 at 1.95 A resolution | ||||||
Components | hypothetical protein | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / An eight-stranded beta barrel / lipocalin family / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
Function / homology | Domain of unknown function DUF4488 / Domain of unknown function (DUF4488) / Uncharacterised protein PF14869 family, DUF4488 / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / ACETATE ION / Unknown ligand / DUF4488 domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacteroides ovatus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of a hypothetical protein (BACOVA_00364) from Bacteroides ovatus ATCC 8483 at 1.95 A resolution Authors: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4gzv.cif.gz | 455.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4gzv.ent.gz | 376.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4gzv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/4gzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/4gzv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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-Assembly
Deposited unit |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Details | CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A TETRAMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE. |
-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 16537.361 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides ovatus (bacteria) / Strain: ATCC 8483 / Gene: BACOVA_00364, ZP_02063416.1 / Plasmid: SpeedET / Production host: Escherichia Coli (E. coli) / Strain (production host): PB1 / References: UniProt: A7LRD6 |
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-Non-polymers , 5 types, 566 molecules
#2: Chemical | ChemComp-UNL / Num. of mol.: 5 / Source method: obtained synthetically #3: Chemical | ChemComp-ACT / | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-NA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.085M tris hydrochloride pH 8.5, 15% glycerol, 25.5% polyethylene glycol 4000, 0.17M sodium acetate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.91162,0.9792,0.97905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: May 3, 2012 / Details: double crystal monochromator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.95→29.85 Å / Num. all: 86141 / Num. obs: 86141 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 2.9 % / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.071 / Net I/av σ(I): 7.132 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 250141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: MAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.95→29.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 8.21 / SU ML: 0.118 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.149 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION 6. SODIUM ION (NA), ACETATE ION (ACT) AND GLYCEROL (GOL) MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION ARE MODELED. 7. AN UNKNOWN LIGAND (UNL) IS MODELED IN CHAINS A, D, E, F, AND G.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.677 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→29.85 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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